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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nip | ||||||
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タイトル | GVIGIAQ segment 147-153 from Human Superoxide Dismutase | ||||||
要素 | GVTGIAQ segment from Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / steric zipper / cross-beta spine / amyloid fiber | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / positive regulation of catalytic activity / superoxide dismutase / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / reactive oxygen species metabolic process / removal of superoxide radicals / glutathione metabolic process / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / Platelet degranulation / peroxisome / gene expression / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo Sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Ivanova, M.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Aggregation-triggering segments of SOD1 fibril formation support a common pathway for familial and sporadic ALS. 著者: Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Guenther, E.L. / Johnson, L.M. / Winkler, D.D. / Galaleldeen, A. / Sawaya, M.R. / Hart, P.J. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nip.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nip.ent.gz | 5.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nip_validation.pdf.gz | 405.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nip_full_validation.pdf.gz | 405.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nip_validation.xml.gz | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nip_validation.cif.gz | 2.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4nip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4nip | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 10||||||||
単位格子 |
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詳細 | biological unit is a pair of beta-sheets. One sheet is composed of symmetry operators X,Y,Z; X,Y-1,Z; X,Y+1,Z; X,Y-2,Z; X,Y+2,Z, etc.: the opposing sheet is composed of symmetry operators 1/2-x,1/2+y,-z; 1/2-x,-1/2+y,-z; 1/2-x, 3/2+y,-z; 1/2-x,-3/2+y,-z; 1/2-x, 5/2+y,-z, etc. |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 656.772 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 148-154 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1 M sodium acetate pH 4.5, 1.75 M ammonium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.895432 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.895432 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→90 Å / Num. all: 415 / Num. obs: 415 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.515 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2872 / WRfactor Rwork: 0.241 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8529 / SU B: 3.436 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.2405 / SU Rfree: 0.1787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 40.82 Å2 / Biso mean: 17.1302 Å2 / Biso min: 2.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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