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- PDB-4nip: GVIGIAQ segment 147-153 from Human Superoxide Dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nip
タイトルGVIGIAQ segment 147-153 from Human Superoxide Dismutase
要素GVTGIAQ segment from Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードPROTEIN FIBRIL / steric zipper / cross-beta spine / amyloid fiber
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / placenta development / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo Sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Ivanova, M.I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Aggregation-triggering segments of SOD1 fibril formation support a common pathway for familial and sporadic ALS.
著者: Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Guenther, E.L. / Johnson, L.M. / Winkler, D.D. / Galaleldeen, A. / Sawaya, M.R. / Hart, P.J. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GVTGIAQ segment from Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6571
ポリマ－6571
非ポリマー00
水543
1
A: GVTGIAQ segment from Superoxide dismutase [Cu-Zn]
x 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,56810
ポリマ－6,56810
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_535-x+1/2,y-3/2,-z1
crystal symmetry operation4_565-x+1/2,y+3/2,-z1
crystal symmetry operation4_575-x+1/2,y+5/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.128, 4.843, 18.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is a pair of beta-sheets. One sheet is composed of symmetry operators X,Y,Z; X,Y-1,Z; X,Y+1,Z; X,Y-2,Z; X,Y+2,Z, etc.: the opposing sheet is composed of symmetry operators 1/2-x,1/2+y,-z; 1/2-x,-1/2+y,-z; 1/2-x, 3/2+y,-z; 1/2-x,-3/2+y,-z; 1/2-x, 5/2+y,-z, etc.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GVTGIAQ segment from Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 656.772 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 148-154 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00441
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1 M sodium acetate pH 4.5, 1.75 M ammonium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.895432 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled single crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.895432 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→90 Å / Num. all: 415 / Num. obs: 415 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.515 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-2.052.40.206741.865189.2
2.05-2.252.50.228901.872196.8
2.25-2.582.40.204771.056191.7
2.58-3.252.50.196701.582197.2
3.25-902.30.1111041.1961100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å24.86 Å
Translation2.3 Å24.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2872 / WRfactor Rwork: 0.241 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8529 / SU B: 3.436 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.2405 / SU Rfree: 0.1787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 43 10.2 %RANDOM
Rwork0.2321 ---
obs0.2339 378 96.12 %-
all-378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 40.82 Å2 / Biso mean: 17.1302 Å2 / Biso min: 2.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å2-0.74 Å2
2---2.33 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46 0 0 3 49
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3162.00860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.28656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg0.639301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.609157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0850.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1420.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0680.224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.377244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.278215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.949351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.287213
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.15839
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.509 2 -
Rwork0.264 26 -
all-28 -
obs--96.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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