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万見
- PDB-4nic: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae RstA BeF3-activated N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nic
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae RstA BeF3-activated N-terminal receiver domain
要素DNA-binding transcriptional regulator RstA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Two-Component System / response regulator
機能・相同性Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / :
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Li, Y.C. / Hsiao, C.D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural dynamics of the two-component response regulator RstA in recognition of promoter DNA element.
著者: Li, Y.C. / Chang, C.K. / Chang, C.F. / Cheng, Y.H. / Fang, P.J. / Yu, T. / Chen, S.C. / Li, Y.C. / Hsiao, C.D. / Huang, T.H.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding transcriptional regulator RstA
B: DNA-binding transcriptional regulator RstA
C: DNA-binding transcriptional regulator RstA
D: DNA-binding transcriptional regulator RstA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,08412
ポリマ－57,7234
非ポリマー3618
水68538
1
A: DNA-binding transcriptional regulator RstA
B: DNA-binding transcriptional regulator RstA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0426
ポリマ－28,8612
非ポリマー1814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10930 Å2
手法PISA
2
C: DNA-binding transcriptional regulator RstA
D: DNA-binding transcriptional regulator RstA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0426
ポリマ－28,8612
非ポリマー1814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.475, 113.475, 243.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
DNA-binding transcriptional regulator RstA / RstA protein


分子量: 14430.747 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal receiver domain (UNP residues 2-119) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: rstA, KPN2242_10390, KPR_2822 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0GNT0
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.65 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月17日
放射モノクロメーター: LN2-cooled, fixed-exit double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 16342 / Num. obs: 15850 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15.689
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.18→26.598 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 1584 10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1906 15845 97.23 %-
all-15845 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→26.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3652 0 20 38 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3695040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7671432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.18-3.28270.29411360.26381230X-RAY DIFFRACTION95
3.2827-3.39980.36011410.22851268X-RAY DIFFRACTION97
3.3998-3.53570.26331390.22121254X-RAY DIFFRACTION96
3.5357-3.69620.23171390.21051253X-RAY DIFFRACTION97
3.6962-3.89050.2421410.19631263X-RAY DIFFRACTION97
3.8905-4.13340.22851430.18171288X-RAY DIFFRACTION97
4.1334-4.45120.22721450.1711302X-RAY DIFFRACTION99
4.4512-4.89660.18011440.15061300X-RAY DIFFRACTION98
4.8966-5.59940.21161480.18091334X-RAY DIFFRACTION99
5.5994-7.0330.23371510.20171357X-RAY DIFFRACTION99
7.033-26.59940.17351570.16821412X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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