登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nhl |
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タイトル | Crystal structure of Tpa1p from Saccharomyces cerevisiae, termination and polyadenylation protein 1, in complex with N-oxalylglycine (NOG) |
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要素 | PKHD-type hydroxylase TPA1 |
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キーワード | Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / 2-oxoglutarate oxygenase / oxygen sensing / protein synthesis regulation / double-stranded beta helix / jellyroll fold / prolyl hydroxylase (プロコラーゲン-プロリンジオキシゲナーゼ) / translation (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
peptidyl-proline di-hydroxylation / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation of translational termination / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / poly(A) binding / L-ascorbic acid binding / ヒドロキシル化 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of translational fidelity / translational termination ...peptidyl-proline di-hydroxylation / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation of translational termination / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / poly(A) binding / L-ascorbic acid binding / ヒドロキシル化 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of translational fidelity / translational termination / ferrous iron binding / 細胞核 / 細胞質類似検索 - 分子機能 Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / TPA1/Ofd1, C-terminal / Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / Prolyl 3,4-dihydroxylase TPA1/OFD1, N-terminal domain / Oxoglutarate and iron-dependent oxygenase degradation C-term / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Double-stranded beta-helix / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain ...Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / TPA1/Ofd1, C-terminal / Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / Prolyl 3,4-dihydroxylase TPA1/OFD1, N-terminal domain / Oxoglutarate and iron-dependent oxygenase degradation C-term / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Double-stranded beta-helix / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / 4-Layer Sandwich / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 : / N-OXALYLGLYCINE / Prolyl 3,4-dihydroxylase TPA1類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å |
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データ登録者 | Scotti, J.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. |
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Structure of the Ribosomal Oxygenase OGFOD1 Provides Insights into the Regio- and Stereoselectivity of Prolyl Hydroxylases. 著者: Horita, S. / Scotti, J.S. / Thinnes, C. / Mottaghi-Taromsari, Y.S. / Thalhammer, A. / Ge, W. / Aik, W. / Loenarz, C. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A. |
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履歴 | 登録 | 2013年11月5日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2014年11月19日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2015年3月18日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2015年4月29日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2017年11月22日 | Group: Refinement description / カテゴリ: software |
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改定 1.4 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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