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万見
- PDB-4nhh: Structure of 2G12 IgG Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhh
タイトルStructure of 2G12 IgG Dimer
要素
  • 2G12 IgG dimer heavy chain
  • 2G12 IgG dimer light chain
  • Hepatitis B virus receptor binding protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis B virus receptor binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Wu, Y. / West Jr., A.P. / Kim, H.J. / Thornton, M.E. / Ward, A.B. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Structural basis for enhanced HIV-1 neutralization by a dimeric immunoglobulin G form of the glycan-recognizing antibody 2G12.
著者: Wu, Y. / West, A.P. / Kim, H.J. / Thornton, M.E. / Ward, A.B. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 2G12 IgG dimer light chain
H: Hepatitis B virus receptor binding protein
K: 2G12 IgG dimer light chain
M: Hepatitis B virus receptor binding protein
A: 2G12 IgG dimer heavy chain
B: 2G12 IgG dimer heavy chain
G: 2G12 IgG dimer light chain
E: Hepatitis B virus receptor binding protein
F: 2G12 IgG dimer light chain
I: Hepatitis B virus receptor binding protein
C: 2G12 IgG dimer heavy chain
D: 2G12 IgG dimer heavy chain
Q: 2G12 IgG dimer light chain
O: Hepatitis B virus receptor binding protein
P: 2G12 IgG dimer light chain
R: Hepatitis B virus receptor binding protein
J: 2G12 IgG dimer heavy chain
N: 2G12 IgG dimer heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,57718
ポリマ－428,57718
非ポリマー00
水00
1
L: 2G12 IgG dimer light chain
H: Hepatitis B virus receptor binding protein
K: 2G12 IgG dimer light chain
M: Hepatitis B virus receptor binding protein
A: 2G12 IgG dimer heavy chain
B: 2G12 IgG dimer heavy chain
G: 2G12 IgG dimer light chain
E: Hepatitis B virus receptor binding protein
F: 2G12 IgG dimer light chain
I: Hepatitis B virus receptor binding protein
C: 2G12 IgG dimer heavy chain
D: 2G12 IgG dimer heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,71812
ポリマ－285,71812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: 2G12 IgG dimer light chain
O: Hepatitis B virus receptor binding protein
P: 2G12 IgG dimer light chain
R: Hepatitis B virus receptor binding protein
J: 2G12 IgG dimer heavy chain
N: 2G12 IgG dimer heavy chain

Q: 2G12 IgG dimer light chain
O: Hepatitis B virus receptor binding protein
P: 2G12 IgG dimer light chain
R: Hepatitis B virus receptor binding protein
J: 2G12 IgG dimer heavy chain
N: 2G12 IgG dimer heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,71812
ポリマ－285,71812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)374.731, 374.731, 64.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain L and (resseq 2:212 )
21chain K and (resseq 2:212 )
31chain G and (resseq 2:212 )
41chain F and (resseq 2:212 )
51chain Q and (resseq 2:212 )
61chain P and (resseq 2:212 )
12chain A and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
22chain B and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
32chain C and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
42chain D and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
52chain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
62chain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )
13chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )
23chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )
33chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )
43chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )
53chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )
63chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain L and (resseq 2:212 )L2 - 212
211chain K and (resseq 2:212 )K2 - 212
311chain G and (resseq 2:212 )G2 - 212
411chain F and (resseq 2:212 )F2 - 212
511chain Q and (resseq 2:212 )Q2 - 212
611chain P and (resseq 2:212 )P2 - 212
112chain A and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )A238 - 285
122chain A and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )A287 - 292
132chain A and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )A301 - 443
212chain B and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )B238 - 285
222chain B and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )B287 - 292
232chain B and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )B301 - 443
312chain C and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )C238 - 285
322chain C and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )C287 - 292
332chain C and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )C301 - 443
412chain D and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )D238 - 285
422chain D and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )D287 - 292
432chain D and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )D301 - 443
512chain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )J238 - 285
522chain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )J287 - 292
532chain J and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )J301 - 443
612chain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )N238 - 285
622chain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )N287 - 292
632chain N and (resseq 238:285 or resseq 287:292 or resseq 301:443 )N301 - 443
113chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )H1 - 129
123chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )H130 - 154
133chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )H159 - 180
143chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )H169 - 200
153chain H and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )H189 - 222
213chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )M1 - 127
223chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )M136 - 154
233chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )M171 - 180
243chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )M182 - 200
253chain M and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )M205 - 222
313chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )E1 - 129
323chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )E130 - 154
333chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )E159 - 180
343chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )E169 - 200
353chain E and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )E189 - 222
413chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )I1 - 127
423chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )I130 - 154
433chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )I159 - 180
443chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )I169 - 200
453chain I and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )I189 - 222
513chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )O1 - 127
523chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )O136 - 154
533chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )O171 - 180
543chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )O182 - 200
553chain O and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )O205 - 222
613chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )R1 - 127
623chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )R136 - 154
633chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )R171 - 180
643chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )R182 - 200
653chain R and (resseq 1:127 or resseq 136:154 or resseq 171:180 or resseq 182:200 or resseq 205:222 )R205 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
2G12 IgG dimer light chain


分子量: 23233.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Hepatitis B virus receptor binding protein


分子量: 24248.408 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PYX1
#3: タンパク質
2G12 IgG dimer heavy chain


分子量: 23947.131 Da / 分子数: 6 / Fragment: unp residues 139-348 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PYX1*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% Tascimate, 10% PEGMME5000, 100 mM HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 6→65 Å / Num. all: 10665 / Num. obs: 10665

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.5→64.905 Å / SU ML: 1.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 47.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3657 511 4.83 %
Rwork0.3813 --
obs0.3805 10576 98.93 %
all-113124 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.5→64.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28972 0 0 0 28972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03729683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.78240278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.92410712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0155117
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11L1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.803
12K1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.803
13G1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
14F1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.803
15Q1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
16P1619X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.803
21A1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
22B1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
23C1575X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
24D1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
25J1575X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
26N1574X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.25
31H1433X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.797
32M1433X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.797
33E1456X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
34I1435X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.796
35O1446X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
36R1433X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.5004-7.15380.42911460.41822463X-RAY DIFFRACTION99
7.1538-8.18730.40481180.42862479X-RAY DIFFRACTION99
8.1873-10.30840.3441120.35982524X-RAY DIFFRACTION99
10.3084-64.90850.34331350.36562599X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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