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- PDB-4nhf: Crystal structure of the soluble domain of TrwG Type IV secretion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhf
タイトルCrystal structure of the soluble domain of TrwG Type IV secretion machinery from Bartonella grahamii
要素TrwG protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / host-specific interaction / outer membrane protein / pathogenesis / type IV secretion system / VirB8
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion system protein virB8
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella grahamii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: MBio / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into How Bacteria Prevent Interference between Multiple Divergent Type IV Secretion Systems.
著者: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / ...著者: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Azad, A.F. / Pulliainen, A.T.
履歴
登録2013年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrwG protein
B: TrwG protein
C: TrwG protein
D: TrwG protein
E: TrwG protein
F: TrwG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,43910
ポリマ－122,2786
非ポリマー1604
水11,025612
1
A: TrwG protein
B: TrwG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7993
ポリマ－40,7592
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
2
C: TrwG protein
D: TrwG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7993
ポリマ－40,7592
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
3
E: TrwG protein
F: TrwG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8404
ポリマ－40,7592
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.950, 87.650, 191.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
TrwG protein


分子量: 20379.705 Da / 分子数: 6 / 断片: soluble domain (UNP residues 63-233) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella grahamii (バクテリア)
株: as4aup / 遺伝子: Bgr_19310, trwG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6AAT5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: BagrA.18388.b.B2.PW37127 at 19.5 mg/mL against PACT condition B11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000 supplemented with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: BagrA.18388.b.B2.PW37127 at 19.5 mg/mL against PACT condition B11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000 supplemented with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID 248166b11, unique puck ID ngo7-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 71950 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.553 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.050.5053.61327745262100
2.05-2.110.4074.4432335519099.8
2.11-2.170.3425.3331247501399.7
2.17-2.240.2886.0730268485999.9
2.24-2.310.2427.1329536474499.8
2.31-2.390.2128.0728558457899.7
2.39-2.480.1869.127372439499.5
2.48-2.580.15510.6626506426199.4
2.58-2.70.12512.6825515409499.4
2.7-2.830.10814.5124272389498.9
2.83-2.980.08517.9423048366698.3
2.98-3.160.07120.9621826349798.2
3.16-3.380.05625.0920516327497.7
3.38-3.650.04729.1219079307698.2
3.65-40.04231.9217646284498.6
4-4.470.03736.9216066260799.2
4.47-5.160.03538.1114129231098.9
5.16-6.320.03832.712049197598.5
6.32-8.940.03335.689259154397.8
8.940.02841.77482886993.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JF8

4jf8


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2269 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7856 / SU B: 8.673 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1729 / SU Rfree: 0.1608 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2404 3620 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1976 71949 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.51 Å2 / Biso mean: 31.9757 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 4 612 7256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.959355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.786314319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5385867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12923.935338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.375151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4261554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.5443430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1451.5433429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9332.3034284
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 249 -
Rwork0.243 5006 -
all-5255 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6995-0.29520.38381.65920.01321.3448-0.0164-0.0145-0.0013-0.0274-0.0028-0.08490.07190.11530.01920.09810.0093-0.00020.0134-0.01580.172272.741722.349449.2131
22.16290.35480.14831.4169-0.12031.1638-0.0611-0.0434-0.0183-0.00550.0480.13740.0887-0.080.01310.10440.0145-0.01190.0113-0.00060.17749.307122.042746.7232
32.7136-0.40941.33821.3263-0.56742.9848-0.11210.24020.3730.0557-0.0838-0.0864-0.4580.27410.19590.1467-0.0441-0.05230.05420.0440.139733.103934.377221.903
41.9217-0.32310.56811.2138-0.17531.5811-0.03710.22770.0023-0.1035-0.0241-0.00070.108-0.19720.06120.0499-0.00880.00460.17690.00080.090517.794122.71739.0345
52.80350.13740.85881.17250.24142.157-0.1182-0.24220.3473-0.0365-0.03110.0822-0.3644-0.20820.14940.11870.0454-0.05310.094-0.06960.162225.548134.071174.301
61.84760.39020.8791.2252-0.05082.264-0.0241-0.2196-0.0450.1128-0.0257-0.02180.13010.22350.04980.04710.0106-0.00110.2525-0.03210.129941.505322.801687.1561
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A89 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B92 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3C90 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4D90 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5E90 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6F90 - 232

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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