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Yorodumi- PDB-4nhf: Crystal structure of the soluble domain of TrwG Type IV secretion... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nhf | ||||||
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Title | Crystal structure of the soluble domain of TrwG Type IV secretion machinery from Bartonella grahamii | ||||||
Components | TrwG protein | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / host-specific interaction / outer membrane protein / pathogenesis / type IV secretion system / VirB8 | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein secretion by the type IV secretion system / membrane => GO:0016020 / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bartonella grahamii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: MBio / Year: 2015 Title: Structural Insight into How Bacteria Prevent Interference between Multiple Divergent Type IV Secretion Systems. Authors: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / ...Authors: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Azad, A.F. / Pulliainen, A.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4nhf.cif.gz | 356.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4nhf.ent.gz | 291.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4nhf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4nhf_validation.pdf.gz | 472.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4nhf_full_validation.pdf.gz | 476.2 KB | Display | |
Data in XML | 4nhf_validation.xml.gz | 37.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4nhf_validation.cif.gz | 54.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nhf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jf8SC 4kz1C 4lsoC 4meiC 4o3vC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20379.705 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: soluble domain (UNP residues 63-233) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bartonella grahamii (bacteria) / Strain: as4aup / Gene: Bgr_19310, trwG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C6AAT5 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: BagrA.18388.b.B2.PW37127 at 19.5 mg/mL against PACT condition B11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000 supplemented with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...Details: BagrA.18388.b.B2.PW37127 at 19.5 mg/mL against PACT condition B11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000 supplemented with 20% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID 248166b11, unique puck ID ngo7-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 3, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 71950 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.553 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JF8 Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2269 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7856 / SU B: 8.673 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1729 / SU Rfree: 0.1608 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.161 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.51 Å2 / Biso mean: 31.9757 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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