PDB-4nf2: Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nf2

タイトル

Crystal structure of anabolic ornithine carbamoyltransferase from Bacillus anthracis in complex with carbamoyl phosphate and L-norvaline

要素

Ornithine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carbamoyl phosphate / L-ornithine

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Handing, K. / Cymborowski, M.T. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis
著者: Shabalin, I.G. / Handing, K. / Cymborowski, M.T. / Stam, J. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W.

履歴

登録	2013年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4nf2.ent.gz	319.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nf2_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nf2_full_validation.pdf.gz	489.2 KB	表示
XML形式データ	4nf2_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	4nf2_validation.cif.gz	64.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/4nf2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jfrC 4jhxC 4jqoC 4kwtC 4h31S 4ep1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jl6-2 2i6u-d 6jl5-1 6jkr-1 6jl6-1 6jkt-2 6jks-2 6jl4-2 4oh7-2 6jkq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02525

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.893, 99.893, 118.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 311 / Label seq-ID: 29 - 335

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase / OTCase 分子量: 38191.426 Da / 分子数: 3 / 変異: G86X, K191R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: argF, BAS4036, BA_4351, GBAA_4351 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81M99, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸分子量: 141.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄NO₅P
#3: 化合物	ChemComp-NVA / NORVALINE / ノルバリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 20 mM L-norvaline, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: Index #79 (0.1 M Bis-Tris pH 6.5, ...詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 20 mM L-norvaline, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: Index #79 (0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M NH4 Acetate,25% w/v PEG 3350). Mixed as 0.2 ul + 0.2 ul., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 20 mM Carbamoyl phosphate, 20 mM L-norvaline, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: Index #79 (0.1 M Bis-Tris pH 6.5, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 / 詳細: Be-Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGT / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→50 Å / Num. all: 105890 / Num. obs: 105149 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Χ²: 1.173 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.74-1.77	3.4	0.602	2	5229	0.602	0.87	99.8
1.77-1.8	3.4	0.492		5198		0.901	99.7
1.8-1.84	3.5	0.395		5236		0.892	99.6
1.84-1.87	3.5	0.323		5184		0.886	99.5
1.87-1.92	3.5	0.283		5239		0.919	99.4
1.92-1.96	3.5	0.225		5181		0.99	99.4
1.96-2.01	3.5	0.199		5204		1.021	99.2
2.01-2.06	3.5	0.156		5196		1.103	99
2.06-2.12	3.5	0.134		5197		1.163	99.2
2.12-2.19	3.5	0.11		5222		1.197	99
2.19-2.27	3.5	0.093		5207		1.224	99
2.27-2.36	3.5	0.077		5210		1.178	99.1
2.36-2.47	3.5	0.065		5253		1.206	99.4
2.47-2.6	3.5	0.061		5239		1.402	99.4
2.6-2.76	3.5	0.053		5281		1.432	99.3
2.76-2.98	3.5	0.047		5282		1.759	99.6
2.98-3.27	3.5	0.036		5316		1.669	99.8
3.27-3.75	3.5	0.027		5365		1.342	100
3.75-4.72	3.5	0.021		5395		0.991	99.8
4.72-50	3.4	0.027		5515		1.262	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定
CCP4		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4H31

4h31

解像度: 1.74→29.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.1727 / WR_factor R_work: 0.1461 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9034 / SU B: 3.48 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0906 / SU R_free: 0.0867 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1701	5231	5 %	RANDOM
R_work	0.1454	-	-	-
all	0.1466	105456	-	-
obs	0.1466	104782	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.21 Å² / B_iso mean: 32.3437 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→29.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7212	0	53	846	8111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	7521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	7266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.964	10193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	3	16776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.735	5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.069	25.578	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.616	15	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.904	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1666

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19819	0.07
1	2	B	19819	0.07
2	1	A	19630	0.09
2	2	C	19630	0.09
3	1	B	19558	0.09
3	2	C	19558	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	387	-
R_work	0.229	7294	-
all	-	7681	-
obs	-	7294	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8002	0.153	0.078	1.4318	-0.0166	0.564	-0.0282	-0.0822	0.1364	0.023	-0.0602	0.2437	-0.0105	-0.1197	0.0884	0.0338	0.0064	-0.0199	0.0833	-0.022	0.0848	13.753	11.09	10.877
2	2.5302	-0.9749	0.7117	1.2466	-0.892	1.5272	-0.1311	0.2974	0.6677	0.034	-0.102	-0.1445	-0.2569	-0.0911	0.2331	0.1133	0.0124	-0.1061	0.0786	0.0815	0.259	16.621	31.312	0.328
3	6.2817	6.0406	0.1004	17.9888	1.4107	5.8908	-0.4893	0.7872	-0.2519	-1.5604	-0.0061	-1.4983	0.6986	0.7067	0.4954	0.4263	0.0576	0.138	0.4319	0.2769	0.3843	31.428	26.35	-11.718
4	2.8517	0.1283	0.368	1.7681	-0.497	1.5859	-0.1941	0.0336	0.7108	0.0647	-0.1378	-0.1059	-0.3006	0.0865	0.3319	0.0941	-0.0176	-0.1334	0.0144	0.0303	0.2786	26.071	29.512	8.926
5	1.2119	-0.1046	0.055	1.5552	-0.0452	1.2532	-0.072	-0.2045	0.1358	0.3298	0.0206	0.0129	-0.0746	-0.0924	0.0514	0.1486	0.0192	-0.0158	0.0967	-0.0371	0.0209	39.973	5.147	30.587
6	1.3679	-0.225	0.2468	1.0643	0.0122	0.2585	-0.0667	-0.0317	0.1903	0.1288	-0.001	-0.1445	-0.021	0.0161	0.0677	0.0996	0.0081	-0.0331	0.0807	-0.0152	0.0498	45.702	5.962	21.758
7	1.1814	0.0914	-0.0802	1.3294	0.1091	0.8958	-0.0228	-0.0265	-0.0347	0.1163	0.0107	-0.3195	0.0547	0.1415	0.0121	0.0963	0.0285	-0.0383	0.0844	0.0004	0.0804	57.09	-7.291	22.275
8	16.4595	7.9328	0.0601	14.6225	-7.5148	6.3856	0.2896	-0.6178	1.1907	1.0144	-0.0345	0.6567	-0.7716	-0.1084	-0.2551	0.2442	0.0518	0.0438	0.1159	-0.1	0.1485	36.807	11.369	33.525
9	1.3789	0.2748	0.6102	0.5405	0.3026	0.6868	0.0487	-0.2083	-0.0915	0.163	-0.0391	0.0759	0.1117	-0.1381	-0.0096	0.1305	-0.0419	0.0112	0.0996	0.0187	0.0274	21.547	-14.511	18.438
10	1.3268	0.0076	0.1193	1.531	0.5831	1.7462	0.0601	-0.1047	-0.2127	0.16	-0.0395	0.1528	0.2865	-0.1289	-0.0206	0.1056	-0.0724	-0.0157	0.0627	0.0183	0.094	10.19	-29.212	4.032
11	5.8812	3.4252	7.1509	6.0886	7.9945	13.8112	-0.1766	0.7872	-0.3341	-0.486	0.7822	-0.5334	-0.4766	1.2919	-0.6056	0.1062	-0.082	0.043	0.1592	-0.0546	0.0672	20.809	-18.623	-8.95
12	0.7906	0.1533	0.3878	1.4508	0.6716	1.5552	0.0033	-0.1314	-0.0015	0.0268	-0.1085	0.2825	-0.004	-0.2527	0.1052	0.0374	-0.0378	-0.0041	0.0981	-0.0107	0.0671	6.309	-15.637	4.379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	135 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	238 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	251 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	67 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	191 - 304
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	305 - 311
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	5 - 148
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	149 - 232
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	233 - 248
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	249 - 311

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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