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万見
- PDB-4nel: Crystal structure of a putative transcriptional regulator from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nel
タイトルCrystal structure of a putative transcriptional regulator from Saccharomonospora viridis in complex with N,N-dimethylmethanamine
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-dimethylmethanamine / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative transcriptional regulator from Saccharomonospora viridis in complex with N,N-dimethylmethanamine
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Other
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3972
ポリマ－22,3381
非ポリマー591
水55831
1
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7944
ポリマ－44,6762
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.864, 109.240, 73.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 22338.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_16270 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C7MT25
#2: 化合物 ChemComp-KEN / N,N-dimethylmethanamine / ジメチルアミノメチリジンラジカル


分子量: 59.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN WAS PROTEOLIZED DURING CRYSTALLIZATION EXPERIMENT. THE REPORTED SEQUENCE IS THE ONE ...PROTEIN WAS PROTEOLIZED DURING CRYSTALLIZATION EXPERIMENT. THE REPORTED SEQUENCE IS THE ONE OBSERVED IN THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein at 1.2 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, 5 mM N,N-dimethylmethanamine, crystallization: The Classics II F12: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5 25%(w/v) PEG3350, ...詳細: protein at 1.2 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, 5 mM N,N-dimethylmethanamine, crystallization: The Classics II F12: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5 25%(w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月21日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 11143 / Num. obs: 11143 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 541 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KWA

4kwa


解像度: 2.05→26.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 12.751 / SU ML: 0.157 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25908 520 4.7 %RANDOM
Rwork0.18492 ---
obs0.18801 10449 99.63 %-
all-10449 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å2-0 Å2
2---4.35 Å2-0 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→26.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 0 4 31 1601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.9462230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82933646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9215197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.14422.15988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45715284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6531523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02423
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 45 -
Rwork0.225 769 -
obs-769 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2297-2.04851.15996.1327-1.08622.48720.1546-0.01180.1528-0.1254-0.18460.2777-0.2371-0.0860.030.1013-0.00720.00610.21440.00750.034-11.73215.63187.8862
20.9725-0.1027-0.162411.08263.43082.07490.13980.1671-0.0743-0.1397-0.32580.6854-0.0638-0.28190.18590.0363-0.01690.00160.2661-0.03010.1214-15.3958-15.075110.1407
32.0743-0.29910.28944.95873.993811.7935-0.0672-0.03290.03980.0324-0.07160.05460.080.00090.13870.0188-0.00750.02220.21430.04720.0517-5.3861-10.310412.6581
40.52591.1695-0.461315.41344.94313.69950.0542-0.1118-0.0540.0396-0.31660.546-0.0983-0.32270.26240.01-0.0140.02310.369-0.03170.3055-15.0689-22.140918.9916
53.08020.5836-0.29475.8984-1.23674.62510.0406-0.012-0.4246-0.2519-0.1102-0.1352-0.00040.20140.06970.03190.02010.03660.27360.00240.1475-1.7454-26.799712.7997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A95 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4A205 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5A236 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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