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- PDB-4neh: An internal ligand-bound, metastable state of a leukocyte integri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4neh
タイトルAn internal ligand-bound, metastable state of a leukocyte integrin, aXb2
要素
  • Integrin alpha-X
  • Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION / Rossmann Fold / Complement receptor / iC3b / ICAM-1 / fibrinogen / denaturated proteins / heparin / N-linked Glycosylation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / positive regulation of myelination / complement component C3b binding / neutrophil migration ...positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / positive regulation of myelination / complement component C3b binding / neutrophil migration / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / endodermal cell differentiation / receptor clustering / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / ECM proteoglycans / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell adhesion molecule binding / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / secretory granule membrane / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / animal organ morphogenesis / microglial cell activation / receptor internalization / receptor tyrosine kinase binding / cell-cell adhesion / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / extracellular vesicle / integrin binding / cell-cell signaling / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt ...ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Integrin alpha-X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7505 Å
データ登録者Sen, M. / Yuki, K. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: An internal ligand-bound, metastable state of a leukocyte integrin, alpha X beta 2.
著者: Sen, M. / Yuki, K. / Springer, T.A.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年6月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.pdbx_formal_charge / _chem_comp.type ..._atom_site.pdbx_formal_charge / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 3.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-X
B: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,24818
ポリマ－196,2002
非ポリマー4,04816
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12320 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area81620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.967, 131.444, 190.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-X / CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain ...CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95


分子量: 120447.984 Da / 分子数: 1 / 断片: CD11c / 変異: N42D, N368S, N678T, N885S, N920C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAX, CD11C / プラスミド: ET10 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S GnTI -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20702
#2: タンパク質 Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 75751.906 Da / 分子数: 1 / 断片: CD18 / 変異: N190D, N232K, V674C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB2, CD18, MFI7 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S GnTI -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05107

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糖 , 4種, 7分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 317分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 6% PEG 8000, 0.2 M Mg acetate, 0.1 M Na cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR AND K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 81493 / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.1106

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3K6S, 1N3Y, 2IUE

3k6s

1n3y

2iue


解像度: 2.7505→45.664 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2249 4044 4.97 %
Rwork0.1926 --
obs0.1942 81427 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7505→45.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13508 0 257 308 14073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77919273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3755267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7505-2.84880.36063280.37546787X-RAY DIFFRACTION87
2.8488-2.96290.38223910.34247681X-RAY DIFFRACTION97
2.9629-3.09770.37274310.31257818X-RAY DIFFRACTION100
3.0977-3.26090.29514160.26327842X-RAY DIFFRACTION100
3.2609-3.46520.28044190.22937811X-RAY DIFFRACTION100
3.4652-3.73260.25684170.21327861X-RAY DIFFRACTION100
3.7326-4.1080.21263780.17477892X-RAY DIFFRACTION99
4.108-4.70190.17534060.13577862X-RAY DIFFRACTION99
4.7019-5.92190.17333990.13837879X-RAY DIFFRACTION98
5.9219-45.670.18554590.17127950X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2725-0.0179-0.0385-0.1219-0.20610.14860.0614-0.1931-0.18550.1787-0.1075-0.10290.04660.1475-0.00040.610.08-0.00930.56120.0660.5744-44.86015.541652.1725
20.1278-0.0765-0.03850.0745-0.12870.450.20360.0446-0.16650.1936-0.2779-0.1671-0.3957-0.154900.47930.0397-0.06660.60920.05940.5889-11.071920.095226.0784
30.02710.0629-0.11080.241-0.11530.13580.2055-0.5807-0.22660.5685-0.2062-0.1868-0.72290.24580.00010.8595-0.1561-0.17910.69720.12060.604-8.139625.034539.508
40.59890.1485-0.22530.52690.01160.36410.02550.23930.0264-0.13470.01460.0274-0.0364-0.078500.57110.09420.03680.56530.070.5159-61.574518.125642.9233
50.46640.2627-0.2848-0.1065-0.42920.0814-0.07960.03-0.00230.21860.12270.08070.0336-0.02710.00990.49960.04510.08480.47770.08930.5992-91.3829-6.802961.2899
60.03190.1138-0.22550.184-0.1930.2257-0.10770.0853-0.0143-0.08620.2174-0.00150.0606-0.346300.5448-0.03950.0410.82290.27410.7265-110.2537-0.254745.2113
70.5185-0.0994-0.2721-0.0907-0.80080.2561-0.2606-0.0022-0.1265-0.18650.1738-0.09220.2175-0.07610.0140.721-0.15930.07110.71940.00050.5113-90.258121.110415.8485
80.2122-0.15720.16540.42560.11450.2594-0.1567-0.17240.19350.5092-0.07910.3433-0.31910.0462-0.53620.47480.14690.52120.2743-0.16980.7913-92.074438.865269.2034
90.0236-0.0542-0.01790.1893-0.0211-0.02880.0065-0.2534-0.02120.3526-0.0438-0.1317-0.19610.3675-00.5508-0.04860.00790.5038-0.02720.4849-48.115839.727265.2431
100.44980.35760.07560.13090.07190.22850.0815-0.08820.20050.324-0.00830.1441-0.02930.1514-0.00030.66820.03870.19170.37150.04970.5937-78.988135.792166.6304
11-0.01190.05530.01060.21860.07070.0563-0.19580.0440.1669-0.10820.10350.1743-0.30410.1472-0.01020.5368-0.04520.14080.75060.10761.0487-107.158517.007458.199
120.2615-0.09030.14330.0579-0.0350.06010.17340.031-0.2328-0.0037-0.11360.1744-0.5348-0.27750.00010.6438-0.0008-0.09610.6813-0.14680.6577-79.971646.413321.611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 144 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 145 through 249 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 316 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 317 through 501 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 502 through 727 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 728 through 805 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 806 through 1083 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 138 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 139 through 233 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 234 through 460 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 461 through 575 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 576 through 675 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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