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万見
- PDB-4nec: Conversion of a Disulfide Bond into a Thioacetal Group during Ech... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nec
タイトルConversion of a Disulfide Bond into a Thioacetal Group during Echinomycin Biosynthesis
要素
  • Echinomycin
  • Putative SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Echinomycin / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / 2-CARBOXYQUINOXALINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / SAM-dependent methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
Streptomyces echinatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hotta, K. / Keegan, R.M. / Ranganathan, S. / Fang, M. / Bibby, J. / Winn, M.D. / Sato, M. / Lian, M. / Watanabe, K. / Rigden, D.J. / Kim, C.-Y.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Conversion of a disulfide bond into a thioacetal group during echinomycin biosynthesis.
著者: Hotta, K. / Keegan, R.M. / Ranganathan, S. / Fang, M. / Bibby, J. / Winn, M.D. / Sato, M. / Lian, M. / Watanabe, K. / Rigden, D.J. / Kim, C.Y.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Structure summary
改定 1.22022年8月24日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative SAM-dependent methyltransferase
E: Echinomycin
B: Putative SAM-dependent methyltransferase
F: Echinomycin
C: Putative SAM-dependent methyltransferase
G: Echinomycin
D: Putative SAM-dependent methyltransferase
H: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,69428
ポリマ－117,2758
非ポリマー6,41920
水5,765320
1
A: Putative SAM-dependent methyltransferase
E: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2488
ポリマ－29,3192
非ポリマー9296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
2
B: Putative SAM-dependent methyltransferase
F: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1106
ポリマ－29,3192
非ポリマー7924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
3
C: Putative SAM-dependent methyltransferase
G: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0746
ポリマ－29,3192
非ポリマー7564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
4
D: Putative SAM-dependent methyltransferase
H: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2618
ポリマ－29,3192
非ポリマー3,9436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.187, 146.880, 58.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Putative SAM-dependent methyltransferase


分子量: 28509.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
遺伝子: ecm18 / プラスミド: pKW469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0X0A7
#2: タンパク質・ペプチド
Echinomycin


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (合成) Streptomyces echinatus (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01126, Echinomycin

-
非ポリマー , 7種, 340分子

#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
参照: Echinomycin
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ECHINOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) QUI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.1, 0.2M sodium acetate trihydrate, 30% (w/v) PEG 8000, 14% (v/v) ethylene glycol, 2.7% (w/v) sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.53
11L, -K, H20.47
反射解像度: 1.5→48.96 Å / Num. obs: 151355 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 5.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
AMPLE位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
Aimlessデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AMPLE generated Ensemble model from ROSETTA decoys

解像度: 1.5→45.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.563 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19016 7689 5.1 %RANDOM
Rwork0.15042 ---
obs0.15248 143561 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å20 Å2-5.44 Å2
2---0.5 Å2-0 Å2
3----2.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7392 0 245 320 7957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0197894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.172.01710763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.709316682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.64522.988338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.151151119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3571569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021770
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3621.7733849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3621.7733847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7292.6654802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7292.6654803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4911.9114045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.491.9114046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7772.825958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.45414.9559165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.45214.9559165
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.807315155
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.373585
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.748515204
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 533 -
Rwork0.19 10562 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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