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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nec | ||||||
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タイトル | Conversion of a Disulfide Bond into a Thioacetal Group during Echinomycin Biosynthesis | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces lasaliensis (バクテリア) Streptomyces echinatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hotta, K. / Keegan, R.M. / Ranganathan, S. / Fang, M. / Bibby, J. / Winn, M.D. / Sato, M. / Lian, M. / Watanabe, K. / Rigden, D.J. / Kim, C.-Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014 タイトル: Conversion of a disulfide bond into a thioacetal group during echinomycin biosynthesis. 著者: Hotta, K. / Keegan, R.M. / Ranganathan, S. / Fang, M. / Bibby, J. / Winn, M.D. / Sato, M. / Lian, M. / Watanabe, K. / Rigden, D.J. / Kim, C.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nec.cif.gz | 409.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nec.ent.gz | 329.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nec.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nec_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nec_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4nec_validation.xml.gz | 41.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nec_validation.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/4nec | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH
-非ポリマー , 7種, 340分子
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-QUI / タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2 詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5. 参照: Echinomycin #7: 化合物 | ChemComp-ACT / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.1, 0.2M sodium acetate trihydrate, 30% (w/v) PEG 8000, 14% (v/v) ethylene glycol, 2.7% (w/v) sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.5→48.96 Å / Num. obs: 151355 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 5.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AMPLE generated Ensemble model from ROSETTA decoys 解像度: 1.5→45.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.563 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.066 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.42 Å
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拘束条件 |
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