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- PDB-4nd6: Crystal structure of apo 3-nitro-tyrosine tRNA synthetase (5B) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nd6
タイトルCrystal structure of apo 3-nitro-tyrosine tRNA synthetase (5B) in the open form
要素Tyrosine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / Rossmann Fold / 3-nitro-tyrosine amino-acyl tRNA synthetase / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cooley, R.B. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Improved Second-Generation 3-Nitro-tyrosine tRNA Synthetases.
著者: Cooley, R.B. / Feldman, J.L. / Driggers, C.M. / Bundy, T.A. / Stokes, A.L. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A.
履歴
登録2013年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1662
ポリマ－36,0741
非ポリマー921
水2,252125
1
A: Tyrosine-tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3324
ポリマ－72,1482
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area3280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.140, 101.140, 73.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

HOH

21A-1031-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 36073.844 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32H, H70C, D158S, I159A, L162R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0389, tyrS, tyrS MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 22-23% PEG 300, 5% PEG 8000, 10% glycerol and 100 mM Tris pH 8.0 to 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日 / 詳細: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.6 Å / Num. all: 24796 / Num. obs: 23953 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
REFMAC精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50.57 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 1189 4.96 %Random
Rwork0.1988 ---
obs0.2013 23953 --
all-23953 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 6 125 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0773332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.579974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0004-2.09140.341850.30141677X-RAY DIFFRACTION
2.0914-2.20170.29081470.28362938X-RAY DIFFRACTION95
2.2017-2.33970.28341670.24712904X-RAY DIFFRACTION96
2.3397-2.52030.31971530.23992969X-RAY DIFFRACTION96
2.5203-2.77390.25241690.2242973X-RAY DIFFRACTION97
2.7739-3.17520.28441510.20933022X-RAY DIFFRACTION97
3.1752-4.00020.24961620.17143060X-RAY DIFFRACTION97
4.0002-50.58610.18911550.16323221X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53590.01231.66511.23461.11225.0887-0.13460.01420.0766-0.0050.01620.1037-0.3190.00850.08490.2223-0.0068-0.01510.1470.02960.270474.885145.0901-5.0092
23.4758-0.6070.82462.6452-0.47144.7955-0.1078-0.21610.05520.2943-0.0964-0.4544-0.20010.52510.19740.3601-0.0544-0.11440.33430.04690.284285.169538.136320.223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:194)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 195:306)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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