PDB-4nct: Human DYRK1A in complex with PKC412

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nct

タイトル

Human DYRK1A in complex with PKC412

要素

(Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A) x 2

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Protein kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.597 Å

データ登録者

Alexeeva, M.O. / Rothweiler, U.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of a dual-specificity tyrosine phosphorylation-regulated kinase 1A-PKC412 complex reveals disulfide-bridge formation with the anomalous catalytic loop HRD(HCD) cysteine.
著者: Alexeeva, M. / Aberg, E. / Engh, R.A. / Rothweiler, U.

履歴

登録	2013年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nct.cif.gz	563 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nct.ent.gz	467.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nct_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nct_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4nct_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	4nct_validation.cif.gz	72.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6eiv-1 3anr-4 6eiq-1 5a4q-1 6s17-d 6eij-1 6eip-3 6ej4-1 5a4e-1 4mq2-3 6uip-2 5a4l-1 5a3x-1 5a4t-1 3anq-2 6a1g-2 6yf8-2 6eij-4 3anr-1 5a4t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.764, 87.895, 229.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 3 / 断片: Kinase domain DYRK1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB 分子量: 42733.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#3: 化合物	ChemComp-2K2 / PKC412 / N-[(5S,6R,7R,9R)-6-methoxy-5-methyl-14-oxo-6,7,8,9,15,16-hexahydro-5H,14H-5,9-epoxy-4b,9a,15-triazadibenzo[b,h]cyclonon a[1,2,3,4-jkl]cyclopenta[e]-as-indacen-7-yl]-N-methylbenzamide / CGP-41521 分子量: 570.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₀N₄O₄ / コメント: 薬剤, 阻害剤, alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M KSCN; 0.05M LiCl; 10% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月19日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918409 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.597→48.25 Å / Num. all: 55797 / Num. obs: 55625 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.597-2.75	1	98.7
2.75-2.94	1	100
2.94-3.18	1	100
3.18-3.48	1	99.9
3.48-3.89	1	99.9
3.89-4.48	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.597→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 15.625 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24946	2782	5 %	RANDOM
R_work	0.20805	-	-	-
obs	0.2101	52841	99.74 %	-
all	-	52979	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.86 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	17.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.597→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11042	0	172	211	11425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	11510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.11	1.996	15586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.708	3.004	25364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.352	5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.729	23.878	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.694	15	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.449	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	12783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.222	3.332	5386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.222	3.332	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.145	4.99	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.141	4.978	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.124	3.51	6124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.138	3.507	6125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.031	5.214	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.994	28.122	13627
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.977	28.106	13603
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.597→2.664 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	199	-
R_work	0.297	3770	-
obs	-	-	97.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6818	-0.4467	0.0517	0.5565	-0.2708	0.7015	0.0294	-0.0201	0.0576	0.0772	-0.0135	-0.0698	-0.0312	0.0206	-0.0159	0.1343	-0.0202	0.0041	0.0042	-0.0002	0.189	43.7944	16.6145	-8.1031
2	0.5057	0.1068	-0.0321	0.4734	-0.4582	1.4979	0.0092	0.2503	0.0757	0.0036	0.104	-0.025	-0.0656	-0.1783	-0.1133	0.0658	0.0235	0.0517	0.166	0.0847	0.1125	40.9441	21.7897	-48.6633
3	1.1651	0.0171	0.0512	0.6642	-0.2723	1.6444	0.1199	0.3557	0.1044	0.0089	-0.1055	0.1501	-0.1099	-0.1413	-0.0144	0.036	0.0695	0.0206	0.1796	0.0003	0.1805	4.5496	9.7949	-38.3618
4	0.6948	0.1518	0.2021	0.4602	0.005	2.2883	0.0902	0.0786	-0.1818	0.1207	-0.0548	-0.0409	0.2459	0.0407	-0.0355	0.1535	-0.0024	0.0029	0.0219	-0.0314	0.201	28.6175	-17.2533	-19.7946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	134 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601 - 668
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	133 - 480
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601 - 638
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	134 - 479
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601 - 642
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	134 - 480
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601 - 663

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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