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万見
- PDB-4ncm: Influenza polymerase basic protein 2 (PB2) bound to a small-molec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ncm
タイトルInfluenza polymerase basic protein 2 (PB2) bound to a small-molecule inhibitor
要素Polymerase basic protein 2
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / RNA-dependent RNA polymerase / transcription / PB2 subunit / influenza virus / cap-binding domain / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-704 / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Jacobs, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a Novel, First-in-Class, Orally Bioavailable Azaindole Inhibitor (VX-787) of Influenza PB2.
著者: Clark, M.P. / Ledeboer, M.W. / Davies, I. / Byrn, R.A. / Jones, S.M. / Perola, E. / Tsai, A. / Jacobs, M. / Nti-Addae, K. / Bandarage, U.K. / Boyd, M.J. / Bethiel, R.S. / Court, J.J. / Deng, ...著者: Clark, M.P. / Ledeboer, M.W. / Davies, I. / Byrn, R.A. / Jones, S.M. / Perola, E. / Tsai, A. / Jacobs, M. / Nti-Addae, K. / Bandarage, U.K. / Boyd, M.J. / Bethiel, R.S. / Court, J.J. / Deng, H. / Duffy, J.P. / Dorsch, W.A. / Farmer, L.J. / Gao, H. / Gu, W. / Jackson, K. / Jacobs, D.H. / Kennedy, J.M. / Ledford, B. / Liang, J. / Maltais, F. / Murcko, M. / Wang, T. / Wannamaker, M.W. / Bennett, H.B. / Leeman, J.R. / McNeil, C. / Taylor, W.P. / Memmott, C. / Jiang, M. / Rijnbrand, R. / Bral, C. / Germann, U. / Nezami, A. / Zhang, Y. / Salituro, F.G. / Bennani, Y.L. / Charifson, P.S.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月27日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5372
ポリマ－19,1741
非ポリマー3631
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.100, 82.100, 54.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 19174.324 Da / 分子数: 1 / 断片: CAP-BINDING DOMAIN / 変異: R389K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2, polymerase basic protein 2 PB2 / プラスミド: pET28b.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P31345
#2: 化合物 ChemComp-704 / N~2~-[2-(5-chloro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-5-fluoropyrimidin-4-yl]-N,N-dimethyl-L-alaninamide


分子量: 362.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClFN6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.7 uL of protein solution (9.7 mg/mL protein, 50 mM Tris buffer pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 5 mM m7GTP) was mixed with 0.35 uL Hampton Research Silver Bullet screening ...詳細: 0.7 uL of protein solution (9.7 mg/mL protein, 50 mM Tris buffer pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 5 mM m7GTP) was mixed with 0.35 uL Hampton Research Silver Bullet screening reagent #36. This mixture was combined with 0.35 uL of well solution (approximately 1.3 M sodium formate, 100 mM sodium citrate buffer pH 4.6, 5 mM dithiothreitol) and suspended over 1 mL of well solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.818→43.186 Å / Num. all: 5135 / Num. obs: 4894 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
globalphasing autoprocデータ削減
globalphasing autoprocデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4NCE

4nce


解像度: 2.82→41.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1911 233 4.78 %RANDOM
Rwork0.1696 ---
all0.1706 5135 --
obs0.1706 4872 95.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3265 Å20 Å20 Å2
2---4.3265 Å20 Å2
3---8.653 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.277 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→41.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1287 0 25 27 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011334HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081791HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d494SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes195HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1334HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion172SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1543SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.82→3.15 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 69 4.79 %
Rwork0.1675 1373 -
all0.1717 1442 -
obs--95.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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