PDB-4nch: Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 L802W mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nch

タイトル

Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 L802W mutation

要素

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Adenosine Triphosphatases / DNA Repair / Fungal Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Classen, S. / Williams, G.J. / Arvai, A.S. / Williams, R.S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: ATP-driven Rad50 conformations regulate DNA tethering, end resection, and ATM checkpoint signaling.
著者: Deshpande, R.A. / Williams, G.J. / Limbo, O. / Williams, R.S. / Kuhnlein, J. / Lee, J.H. / Classen, S. / Guenther, G. / Russell, P. / Tainer, J.A. / Paull, T.T.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nch.cif.gz	349.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nch.ent.gz	291.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nch_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nch_full_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示
XML形式データ	4nch_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	4nch_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nciC 4ncjC 4nckC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qe4-1 1zh0-d 1x11-3 3k5v-2 4pbs-d 3d6u-d 6yea-1 2han-d 1gcu-d 4iza-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.443, 70.443, 281.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1134- HOH

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase 分子量: 38681.672 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-177 and 726-882 / 変異: L802W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1167, rad50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: P58301
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 100 mM Bicine, 6-14% PEG 20000, 2 mM Dioxane, pH 8.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	90	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.97945
シンクロトロン	ALS	12.3.1	2	1.11583

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	1.11583	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 69350 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 52.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.02

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.36		0.712	1.75	1,2	98.9
2.36-2.42		0.532	2.26	1,2	99.4
2.42-2.49		0.411	2.87	1,2	99.6
2.49-2.57		0.326	3.56	1,2	99.7
2.57-2.65		0.251	4.56	1,2	99.8
2.65-2.75		0.187	6.01	1,2	99.8
2.75-2.85		0.141	7.72	1,2	99.7
2.85-2.97		0.114	9.36	1,2	99.7
2.97-3.1		0.083	12.27	1,2	99.6
3.1-3.25		0.062	15.58	1,2	99.7
3.25-3.43		0.05	18.82	1,2	99.6
3.43-3.63		0.041	22.83	1,2	99.4
3.63-3.88		0.036	25.7	1,2	99.2
3.88-4.2		0.033	29.03	1,2	99.4
4.2-4.6		0.03	31.94	1,2	99.6
4.6-5.14		0.029	33.35	1,2	99.6
5.14-5.93		0.029	32.91	1,2	99.6
5.93-7.27		0.03	33.08	1,2	99.7
7.27-10.28		0.026	36.56	1,2	99.9
	10.28	0.026	37.87	1,2	96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_1233	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→46.128 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2459	3485	5.03 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.2087	69350	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.9632 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4569	0	15	329	4913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4687
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	6361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.532	1666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3137	161	0.303	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.3632	0.3353	171	0.282	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3632-2.3985	0.3258	123	0.2544	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3985-2.436	0.2703	118	0.2651	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.436-2.4759	0.2645	127	0.2412	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4759-2.5186	0.2754	135	0.237	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5186-2.5644	0.2831	128	0.246	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5644-2.6137	0.2977	139	0.2316	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6137-2.6671	0.2424	132	0.2341	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6671-2.7251	0.2722	128	0.2274	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7251-2.7885	0.2837	138	0.2274	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7885-2.8582	0.2758	135	0.2282	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8582-2.9354	0.326	121	0.233	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9354-3.0218	0.2425	139	0.2366	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0218-3.1193	0.2755	134	0.2321	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1193-3.2308	0.2624	143	0.2235	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2308-3.3601	0.2687	171	0.2224	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3601-3.513	0.2551	179	0.2009	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
3.513-3.6981	0.2571	140	0.2014	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6981-3.9297	0.2295	125	0.1799	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9297-4.2329	0.1932	123	0.1685	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2329-4.6585	0.1754	149	0.1605	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6585-5.3318	0.2225	135	0.1685	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3318-6.7141	0.2505	135	0.2194	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7141-46.1374	0.2456	156	0.2203	2619	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8146	-0.2746	0.5426	3.036	1.4523	5.3342	-0.085	-0.0323	0.1738	-0.0767	-0.1329	0.1554	0.1335	-0.4395	0.2012	0.1385	-0.062	0.0274	0.4234	-0.0536	0.2387	16.4956	-20.1774	-26.7152
2	4.1697	-0.7617	2.2523	0.9365	0.2355	3.6365	-0.1028	0.034	-0.2456	0.0323	0.1773	0.0036	0.2419	0.0873	-0.0502	0.2547	-0.0797	0.1077	0.4833	-0.0417	0.3987	24.1631	-25.9919	-28.936
3	4.4705	-0.7767	-2.0527	5.0195	-0.0159	9.6584	-0.1639	-1.7742	-0.6654	1.0335	0.0986	-0.3472	0.2188	0.0636	0.0998	0.4386	0.0328	0.0097	1.0718	0.2112	0.5635	31.6404	-31.0834	-1.0767
4	5.7663	-1.8858	0.6982	1.9779	-0.0387	4.4318	-0.3417	-1.2552	0.9977	0.574	0.3297	-0.3151	-0.506	-0.1399	0.1153	0.4058	-0.0681	-0.0386	0.5781	-0.2394	0.5185	20.5258	-12.2072	-13.9325
5	5.2175	2.047	-1.0661	3.008	0.6293	4.0704	-0.2448	0.0758	-0.3318	-0.0257	0.1252	0.2678	0.0862	-0.4774	0.0969	0.1069	0.0369	-0.0113	0.4141	-0.0473	0.314	52.6156	-24.0775	-19.4104
6	2.8906	1.1099	-1.0885	3.0856	-0.0693	5.5451	-0.2423	0.2235	0.0171	-0.228	0.2009	-0.0202	-0.142	-0.3993	0.0087	0.149	0.0454	0.0093	0.369	-0.0815	0.3713	60.6091	-17.414	-19.7448
7	1.768	-0.1024	2.1872	4.1369	-1.5629	7.4976	0.0754	1.7712	0.4658	-1.6801	-0.2302	0.3349	-0.2794	0.4892	0.2403	0.9353	-0.1107	-0.1763	1.3207	0.1633	0.5749	57.3351	-11.658	-48.379
8	0.8402	0.3534	-2.0139	3.0196	-0.4947	4.8245	-0.0897	1.3451	-1.1297	-0.7064	0.0019	0.2483	0.0457	-1.0399	0.1061	0.4182	-0.0042	0.0176	0.9238	-0.3302	0.6621	50.9712	-31.0322	-34.2022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:66)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 67:162)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 737:816)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 817:882)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:66)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 67:162)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 741:816)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 817:882)

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関連情報:EMDBヘッダ

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