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- PDB-4n9f: Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n9f
タイトルCrystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex
要素
  • (Transcription elongation factor B polypeptide ...) x 2
  • Core-binding factor subunit beta
  • Cullin-5
  • Virion infectivity factor
キーワードLIGASE/VIRAL PROTEIN / Zinc Finger motif / stabilize VIf interaction with CUL5 / CUL5 / TRANSCRIPTION-VIRAL PROTEIN complex / LIGASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of focal adhesion disassembly / RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation ...negative regulation of focal adhesion disassembly / RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / ERBB2 signaling pathway / lymphocyte differentiation / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / negative regulation of focal adhesion assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / reelin-mediated signaling pathway / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / myeloid cell differentiation / regulation of neuron migration / definitive hemopoiesis / target-directed miRNA degradation / elongin complex / protein K11-linked ubiquitination / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / ubiquitin ligase complex scaffold activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / site of DNA damage / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / viral life cycle / cell maturation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / virion component / Downregulation of ERBB2 signaling / calcium channel activity / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / osteoblast differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell migration / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / signaling receptor activity / protein-containing complex assembly / transcription by RNA polymerase II / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / transcription coactivator activity / positive regulation of cell migration / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / Cullin Repeats / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / 5 helical Cullin repeat like / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Cullin, N-terminal ...Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / Cullin Repeats / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / 5 helical Cullin repeat like / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin, conserved site / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Elongin B / Cullin / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Elongin-C / Elongin-B / Virion infectivity factor / Cullin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guo, Y.Y. / Dong, L.Y. / Huang, Z.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for hijacking CBF-b and CUL5 E3 ligase complex by HIV-1 Vif
著者: Guo, Y.Y. / Dong, L.Y. / Qiu, X.L. / Wang, Y.S. / Zhang, B.L. / Liu, H.N. / Yu, Y. / Zang, Y. / Yang, M.J. / Huang, Z.W.
履歴
登録2013年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Cullin-5
Y: Transcription elongation factor B polypeptide 1
X: Transcription elongation factor B polypeptide 2
a: Core-binding factor subunit beta
b: Virion infectivity factor
C: Cullin-5
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
F: Core-binding factor subunit beta
G: Virion infectivity factor
I: Cullin-5
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
L: Core-binding factor subunit beta
M: Virion infectivity factor
O: Cullin-5
Q: Transcription elongation factor B polypeptide 1
P: Transcription elongation factor B polypeptide 2
R: Core-binding factor subunit beta
S: Virion infectivity factor
V: Cullin-5
Z: Transcription elongation factor B polypeptide 1
W: Transcription elongation factor B polypeptide 2
c: Core-binding factor subunit beta
d: Virion infectivity factor
f: Cullin-5
h: Transcription elongation factor B polypeptide 1
g: Transcription elongation factor B polypeptide 2
i: Core-binding factor subunit beta
j: Virion infectivity factor
l: Cullin-5
n: Transcription elongation factor B polypeptide 1
m: Transcription elongation factor B polypeptide 2
o: Core-binding factor subunit beta
p: Virion infectivity factor
r: Cullin-5
t: Transcription elongation factor B polypeptide 1
s: Transcription elongation factor B polypeptide 2
u: Core-binding factor subunit beta
v: Virion infectivity factor
x: Cullin-5
z: Transcription elongation factor B polypeptide 1
y: Transcription elongation factor B polypeptide 2
0: Core-binding factor subunit beta
1: Virion infectivity factor
3: Cullin-5
5: Transcription elongation factor B polypeptide 1
4: Transcription elongation factor B polypeptide 2
6: Core-binding factor subunit beta
7: Virion infectivity factor
9: Cullin-5
T: Transcription elongation factor B polypeptide 1
e: Transcription elongation factor B polypeptide 2
k: Core-binding factor subunit beta
q: Virion infectivity factor
w: Cullin-5
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
H: Transcription elongation factor B polypeptide 2
N: Core-binding factor subunit beta
2: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,200,46272
ポリマ－1,199,67760
非ポリマー78512
水00
1
U: Cullin-5
Y: Transcription elongation factor B polypeptide 1
X: Transcription elongation factor B polypeptide 2
a: Core-binding factor subunit beta
b: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cullin-5
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
F: Core-binding factor subunit beta
G: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Cullin-5
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
L: Core-binding factor subunit beta
M: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: Cullin-5
Q: Transcription elongation factor B polypeptide 1
P: Transcription elongation factor B polypeptide 2
R: Core-binding factor subunit beta
S: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
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5
V: Cullin-5
Z: Transcription elongation factor B polypeptide 1
W: Transcription elongation factor B polypeptide 2
c: Core-binding factor subunit beta
d: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
f: Cullin-5
h: Transcription elongation factor B polypeptide 1
g: Transcription elongation factor B polypeptide 2
i: Core-binding factor subunit beta
j: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
l: Cullin-5
n: Transcription elongation factor B polypeptide 1
m: Transcription elongation factor B polypeptide 2
o: Core-binding factor subunit beta
p: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
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8
r: Cullin-5
t: Transcription elongation factor B polypeptide 1
s: Transcription elongation factor B polypeptide 2
u: Core-binding factor subunit beta
v: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
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非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
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9
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z: Transcription elongation factor B polypeptide 1
y: Transcription elongation factor B polypeptide 2
0: Core-binding factor subunit beta
1: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
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10
3: Cullin-5
5: Transcription elongation factor B polypeptide 1
4: Transcription elongation factor B polypeptide 2
6: Core-binding factor subunit beta
7: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
9: Cullin-5
T: Transcription elongation factor B polypeptide 1
e: Transcription elongation factor B polypeptide 2
k: Core-binding factor subunit beta
q: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
w: Cullin-5
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
H: Transcription elongation factor B polypeptide 2
N: Core-binding factor subunit beta
2: Virion infectivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0386
ポリマ－99,9735
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.925, 204.002, 247.866
Angle α, β, γ (deg.)65.51, 90.28, 90.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 36分子 UCIOVflrx39waFLRciou06kNbGMSdj...

#1: タンパク質
Cullin-5 / CUL-5 / Vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor 1 / VACM-1


分子量: 36386.766 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 12-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL5, VACM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93034
#4: タンパク質
Core-binding factor subunit beta / CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 ...CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 enhancer factor 1 subunit beta / SL3/AKV core-binding factor beta subunit


分子量: 20272.629 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBFB, CBFbeta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13951
#5: タンパク質
Virion infectivity factor


分子量: 20982.240 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vif / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72499, UniProt: P12504*PLUS

-
Transcription elongation factor B polypeptide ... , 2種, 24分子 YEKQZhntz5TBXDJPWgmsy4eH

#2: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11488.030 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 281473 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 15
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.69-3.82198.6
3.82-3.97164.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JGH

4jgh


解像度: 3.3→49.535 Å / σ(F): 1.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3238 13494 RANDOM
Rwork0.2617 --
all0.277 278661 -
obs0.2648 266400 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数77206 0 12 0 77218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.2984 Å / Origin y: 5.5279 Å / Origin z: -144.855 Å
111213212223313233
T0.836 Å2-0.0058 Å2-0.0096 Å2-0.9414 Å2-0.0055 Å2--0.8797 Å2
L-0.0089 °20.0165 °20.0032 °2-0.0274 °2-0.0187 °2--0.003 °2
S0.0024 Å °0.0004 Å °0.0042 Å °0.0391 Å °-0.0105 Å °-0.0005 Å °-0.0084 Å °-0.0144 Å °0.0072 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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