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- PDB-4n6h: 1.8 A Structure of the human delta opioid 7TM receptor (PSI Commu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n6h
タイトル1.8 A Structure of the human delta opioid 7TM receptor (PSI Community Target)
要素Soluble cytochrome b562, Delta-type opioid receptor chimeric protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / human opioid receptor / sodium regulation / allostery / functional selectivity / GPCR signaling / constitutive activity / GPCR network / membrane protein / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / cellular response to toxic substance / neuropeptide binding / eating behavior / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger ...G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / cellular response to toxic substance / neuropeptide binding / eating behavior / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / neuronal dense core vesicle / negative regulation of protein-containing complex assembly / axon terminus / regulation of mitochondrial membrane potential / dendrite membrane / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / response to nicotine / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / cellular response to growth factor stimulus / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / response to ethanol / G alpha (i) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / negative regulation of gene expression / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Delta opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Delta opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EJ4 / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / Soluble cytochrome b562 / Delta-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fenalti, G. / Giguere, P.M. / Katritch, V. / Huang, X.-P. / Thompson, A.A. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Roth, B.L. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Molecular control of delta-opioid receptor signalling.
著者: Fenalti, G. / Giguere, P.M. / Katritch, V. / Huang, X.P. / Thompson, A.A. / Cherezov, V. / Roth, B.L. / Stevens, R.C.
履歴
登録2013年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22014年3月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562, Delta-type opioid receptor chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08824
ポリマ－45,8781
非ポリマー6,21023
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.230, 72.851, 84.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, Delta-type opioid receptor chimeric protein / D-OR-1 / DOR-1


分子量: 45878.055 Da / 分子数: 1
断片: UNP P0ABE7 residues 23-128, UNP P41143 residues 36-338
変異: M1007W, H1102I, R1106L, P37S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: OPRD, OPRD1 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41143

-
非ポリマー , 7種, 124分子

#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-EJ4 / (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,14,14b-hexahydro-4,8-methano[1]benzofuro[2,3-a]pyrido[4,3-b]carbazole-1,8a(9H)-diol / Naltrindole / ナルトリンド-ル


分子量: 414.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N2O3 / コメント: アンタゴニスト*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 47

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: lcp
詳細: 31-34% (v/v) PEG 400, 0.095 to 0.12 M K/Na tartrate, 5% (v/v) ethylene glycol, 100 mM MES buffer at pH 6.1-6.2, LCP, temperature 293K
PH範囲: 6.1-6.2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2013年4月20日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2013年6月16日mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 45488 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EJ4

4ej4


解像度: 1.8→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.568 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REFINEMENT REMARKS: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES LOCATED NEAR THE LIGAND BINDING SITE. THEY HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19028 2303 5.1 %RANDOM
Rwork0.17175 ---
obs0.17271 43157 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å20.03 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 341 101 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.023541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4192.0454750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513.0038321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8525422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63622.952105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93515535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7471516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 171 -
Rwork0.247 3042 -
obs--95.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34440.04770.07410.65880.20690.6698-0.0226-0.0115-0.0199-0.048-0.07210.04740.0507-0.01060.09480.0339-0.01740.0060.0364-0.00170.0962-8.9959-76.804381.263
20.9849-0.2111.01880.3599-0.49992.7845-0.0743-0.0170.0353-0.0051-0.05710.1218-0.2915-0.0250.13140.0584-0.0058-0.0370.0813-0.00750.1265-16.3698-65.793278.0154
32.08840.48643.75090.28690.18859.7128-0.0116-0.1624-0.06350.0277-0.0737-0.0645-0.2435-0.07950.08520.0381-0.0254-0.02040.06750.01580.1328-0.9442-58.914387.3015
41.00020.2074-0.39950.701-0.22421.816-0.045-0.0429-0.0551-0.0622-0.0825-0.22780.0940.09290.12750.0203-0.00690.01170.05320.01320.1491.4619-70.997280.8764
54.79184.6555-2.95045.4607-2.19332.6758-0.07660.0649-0.19370.09310.018-0.19660.0090.06030.05860.1111-0.0131-0.00390.14290.00980.1624-7.0092-85.0311100.4162
614.984910.25344.651911.6274-2.77839.16880.2291-0.95260.46140.6306-0.35680.3183-0.6032-0.60320.12780.1905-0.14010.06350.4798-0.14890.05125.8891-79.171944.4659
75.71375.83153.44067.17982.71215.27410.4666-0.74020.29420.5084-0.3440.3522-0.2418-0.5618-0.12250.1424-0.07410.04830.2543-0.03760.11490.7476-83.823234.9878
88.67270.6953-2.17222.61160.07084.13410.0401-0.76870.27540.6093-0.0244-0.00480.35020.4335-0.01570.2732-0.1523-0.06150.48290.04070.20322.5178-76.464443.1862
96.44933.01121.91312.1627-0.76594.64450.1975-0.1137-0.12690.0371-0.01040.02590.08220.0082-0.18710.0315-0.0399-0.01680.07220.02290.11924.9625-88.256828.2689
105.79362.77115.80425.04244.04414.04370.6657-0.7299-0.3790.7156-0.64750.12611.1596-0.0004-0.01820.1417-0.0962-0.01580.28120.08330.11412.4431-88.396840.4387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2A154 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3A208 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4A249 - 319
5X-RAY DIFFRACTION5A320 - 338
6X-RAY DIFFRACTION6A1002 - 1012
7X-RAY DIFFRACTION7A1013 - 1043
8X-RAY DIFFRACTION8A1044 - 1063
9X-RAY DIFFRACTION9A1064 - 1089
10X-RAY DIFFRACTION10A1090 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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