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万見
- PDB-4n48: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1 Protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n48
タイトルCap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1 Protein in complex with capped RNA fragment
要素
  • Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
  • capped RNA
キーワードTRANSFERASE/RNA / methyltransferase / mRNA cap methylation / capped mRNA / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


7-methylguanosine mRNA capping / mRNA processing / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / methylation / nucleic acid binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12760 / RrmJ-type ribose 2-O-methyltransferase domain / : / RrmJ-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) domain profile. / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues ...Rossmann fold - #12760 / RrmJ-type ribose 2-O-methyltransferase domain / : / RrmJ-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) domain profile. / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Smietanski, M. / Werener, M. / Purta, E. / Kaminska, K.H. / Stepinski, J. / Darzynkiewicz, E. / Nowotny, M. / Bujnicki, J.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of human 2'-O-ribose methyltransferases involved in mRNA cap structure formation.
著者: Smietanski, M. / Werner, M. / Purta, E. / Kaminska, K.H. / Stepinski, J. / Darzynkiewicz, E. / Nowotny, M. / Bujnicki, J.M.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
D: capped RNA
G: capped RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2288
ポリマ－100,3534
非ポリマー1,8754
水2,342130
1
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
G: capped RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1144
ポリマ－50,1772
非ポリマー9382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1
D: capped RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1144
ポリマ－50,1772
非ポリマー9382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.209, 60.038, 87.045
Angle α, β, γ (deg.)90.23, 97.83, 116.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase 1 / Cap1 2'O-ribose methyltransferase 1 / MTr1 / hMTr1 / FtsJ methyltransferase domain-containing ...Cap1 2'O-ribose methyltransferase 1 / MTr1 / hMTr1 / FtsJ methyltransferase domain-containing protein 2 / Interferon-stimulated gene 95 kDa protein / ISG95


分子量: 48935.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTSJD2, KIAA0082, MTR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N1G2, methyltransferase cap1
#2: RNA鎖 capped RNA


分子量: 1240.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic RNA
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris [pH 6.5], and 100 mM NaBr, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30.334 Å / Num. all: 26308 / Num. obs: 24703 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N49

4n49


解像度: 2.704→30.334 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 1248 5.05 %
Rwork0.182 --
obs0.185 24703 96.56 %
all-25583 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→30.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6411 148 118 130 6807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7919298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9952525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.704-2.81230.26181360.20732487X-RAY DIFFRACTION93
2.8123-2.94020.32031380.22682622X-RAY DIFFRACTION97
2.9402-3.09510.29941380.22012643X-RAY DIFFRACTION98
3.0951-3.28880.27461420.20582659X-RAY DIFFRACTION98
3.2888-3.54230.23711380.19222608X-RAY DIFFRACTION97
3.5423-3.89820.2121370.16572595X-RAY DIFFRACTION97
3.8982-4.46070.23261410.16072647X-RAY DIFFRACTION97
4.4607-5.61420.21481390.16322609X-RAY DIFFRACTION96
5.6142-30.33570.21261390.16662585X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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