PDB-4n23: Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Acad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n23

タイトル

Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Academy of Science Virus, monoclinic symmetry

要素

GP2 Ectodomain

キーワード

VIRAL PROTEIN / Marburg Virus / Post-Fusion Conformation / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / membrane / Glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

CAS virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Toro, R. / Lai, J.R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Characterization of the Glycoprotein GP2 Core Domain from the CAS Virus, a Novel Arenavirus-Like Species.
著者: Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Malashkevich, V.N. / Stenglein, M.D. / Liu, Y. / Toro, R. / S Harrison, J. / Chandran, K. / Derisi, J.L. / Almo, S.C. / Lai, J.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n23.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n23.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n23_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n23_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	4n23_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4n23_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n21SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n21-2 4n21-1 1wyy-1 3g9g-1 5yl9-1 3a1m-d 3w9g-6 4ln3-6 5zuv-d 3w9f-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-031146

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GP2 Ectodomain

B: GP2 Ectodomain

C: GP2 Ectodomain

ヘテロ分子

46.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.866, 46.718, 109.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.280, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-402- MPD
2	1	B-535- HOH

#1: タンパク質	GP2 Ectodomain 分子量: 15177.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAS virus (ウイルス) / 遺伝子: GP2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J7H5L9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MCSG4-D10 - 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES-NaOH, pH 6, 35% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.299
1	1	1/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -1/2H-1/2K-L	2	0.347
1	1	1/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -1/2H+1/2K-L	3	0.354

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	3.7	0.491	1362	1	1	99.9
2.03-2.07	3.7	0.42	1273	1.023	1	99.8
2.07-2.11	3.7	0.358	1384	1.035	1	100
2.11-2.15	3.7	0.297	1279	1.039	1	99.8
2.15-2.2	3.8	0.255	1381	1.058	1	99.9
2.2-2.25	3.7	0.217	1351	1.051	1	100
2.25-2.31	3.8	0.176	1352	0.963	1	100
2.31-2.37	3.7	0.163	1333	0.93	1	99.9
2.37-2.44	3.7	0.144	1338	0.935	1	99.9
2.44-2.52	3.8	0.139	1348	0.917	1	99.8
2.52-2.61	3.8	0.11	1376	0.979	1	99.9
2.61-2.71	3.8	0.093	1317	0.937	1	99.9
2.71-2.84	3.8	0.087	1339	0.95	1	100
2.84-2.99	3.8	0.081	1358	1.038	1	99.9
2.99-3.17	3.7	0.082	1354	1.132	1	99.9
3.17-3.42	3.6	0.077	1354	1.09	1	99.7
3.42-3.76	3.5	0.065	1362	0.967	1	99.9
3.76-4.31	3.6	0.055	1370	0.815	1	99.9
4.31-5.43	3.7	0.044	1376	0.864	1	99.8
5.43-50	3.6	0.046	1407	0.939	1	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.89 Å	39.21 Å
Translation	1.89 Å	39.21 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N21

4n21

解像度: 2→39.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.2323 / WR_factor R_work: 0.1842 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8177 / SU B: 5.458 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0378 / SU R_free: 0.0346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2275	1350	5 %	RANDOM
R_work	0.1762	-	-	-
obs	0.1788	26977	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.85 Å² / B_iso mean: 52.4457 Å² / B_iso min: 16.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	30.71 Å²	-0 Å²	4.09 Å²
2-	-	-10.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2986	0	40	131	3157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.123	1.967	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.676	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.306	26.169	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.636	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.593	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2258

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	103	-
R_work	0.207	1766	-
all	-	1869	-
obs	-	-	96.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5231	-0.0444	0.7091	0.2276	-0.044	1.0566	-0.0158	0.0406	0.0112	-0.0354	0.0004	0.0409	-0.0312	0.0965	0.0154	0.0997	-0.0182	0.0257	0.0231	-0.006	0.1365	10.9126	23.035	50.8486
2	0.5988	-0.0215	-0.3872	0.2131	-0.1143	2.6125	-0.0449	0.0203	0.0847	-0.0135	-0.053	-0.02	0.0669	-0.054	0.0979	0.0924	0.0092	0.0061	0.0169	0.0113	0.1386	13.9352	26.4866	51.4911
3	0.5855	-0.0194	0.1299	0.1911	0.1853	1.456	-0.0286	0.0525	-0.0545	-0.0158	0.0068	-0.0116	-0.0542	-0.0212	0.0218	0.0882	0.0076	0.0199	0.0084	0.0043	0.1245	15.3476	22.2374	50.1907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	229 - 351
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	401
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	230 - 351
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	228 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	402 - 403

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