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Yorodumi- PDB-4n23: Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Acad... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n23 | ||||||
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Title | Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Academy of Science Virus, monoclinic symmetry | ||||||
Components | GP2 Ectodomain | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Marburg Virus / Post-Fusion Conformation / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
Function / homology | Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / membrane / Glycoprotein Function and homology information | ||||||
Biological species | CAS virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Toro, R. / Lai, J.R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: Structural Characterization of the Glycoprotein GP2 Core Domain from the CAS Virus, a Novel Arenavirus-Like Species. Authors: Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Malashkevich, V.N. / Stenglein, M.D. / Liu, Y. / Toro, R. / S Harrison, J. / Chandran, K. / Derisi, J.L. / Almo, S.C. / Lai, J.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n23.cif.gz | 165.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n23.ent.gz | 132.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4n23_validation.pdf.gz | 470.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4n23_full_validation.pdf.gz | 476.4 KB | Display | |
Data in XML | 4n23_validation.xml.gz | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4n23_validation.cif.gz | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n23 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4n21SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15177.354 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CAS virus / Gene: GP2 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J7H5L9*PLUS #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-MRD / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: MCSG4-D10 - 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES-NaOH, pH 6, 35% MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 27014 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4N21 Resolution: 2→39.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2323 / WRfactor Rwork: 0.1842 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8177 / SU B: 5.458 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0378 / SU Rfree: 0.0346 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.035 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.85 Å2 / Biso mean: 52.4457 Å2 / Biso min: 16.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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