PDB-4n1u: Structure of human MTH1 in complex with TH588

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n1u

タイトル

Structure of human MTH1 in complex with TH588

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Oxidised nucleotide degradation / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Berntsson, R.P.-A. / Jemth, A. / Gustafsson, R. / Svensson, L.M. / Helleday, T. / Stenmark, P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: MTH1 inhibition eradicates cancer by preventing sanitation of the dNTP pool.
著者: Gad, H. / Koolmeister, T. / Jemth, A.S. / Eshtad, S. / Jacques, S.A. / Strom, C.E. / Svensson, L.M. / Schultz, N. / Lundback, T. / Einarsdottir, B.O. / Saleh, A. / Gokturk, C. / Baranczewski, ...

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月5日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n1u.cif.gz	148.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n1u.ent.gz	117.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n1u_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n1u_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4n1u_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	4n1u_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n1tC 3zr1S 3zr0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qvo-3 5ngr-2 5ngr-1 6jvi-1 6ehh-1 5otm-2 6jvr-1 3q93-2 6ehh-2 5mze-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.658, 66.073, 72.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18154.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-2GE / N~4~-cyclopropyl-6-(2,3-dichlorophenyl)pyrimidine-2,4-diamine / TH-588 分子量: 295.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂Cl₂N₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 22% PEG 6000, 0.1 M Sodium Acetate pH 3.5, 0.2 M Lithium Sulfate, temperature 292K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.595→48.828 Å / Num. all: 37527 / Num. obs: 37527 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.68	6.3	0.645	1.2	33804	5339	0.645	98.8
1.68-1.78	6.5	0.464	1.6	33343	5111	0.464	100
1.78-1.91	6.7	0.295	2.6	32342	4822	0.295	100
1.91-2.06	6.4	0.176	4.2	28761	4508	0.176	100
2.06-2.26	6.8	0.114	6.5	28128	4162	0.114	100
2.26-2.52	6.7	0.088	8.4	25392	3795	0.088	100
2.52-2.91	6.5	0.063	11.5	21799	3341	0.063	100
2.91-3.57	6.7	0.04	17.3	19110	2856	0.04	100
3.57-5.05	6.4	0.025	25.6	14434	2260	0.025	100
5.05-48.828	5.9	0.025	17.7	7896	1333	0.025	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZR1

3zr1

解像度: 1.6→48.828 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.165 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.86 / SU B: 4.05 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1016 / SU R_free: 0.0946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2042	1872	5 %	RANDOM
R_work	0.1802	-	-	-
obs	0.1814	37468	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.28 Å² / B_iso mean: 20.4368 Å² / B_iso min: 8.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2496	0	98	218	2812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.578	1.99	3733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.729	3	5742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.242	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.941	24.265	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.789	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.318	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	656

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.637 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	121	-
R_work	0.271	2528	-
all	-	2649	-
obs	-	-	97.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3832	0.4416	0.3041	3.2625	0.0179	1.5016	0.0299	-0.089	0.2877	0.1071	0.0827	0.199	-0.0972	-0.1771	-0.1126	0.1445	0.0204	0.0264	0.0584	-0.0084	0.0742	-0.794	82.107	10.276
2	5.113	3.5897	-0.7366	7.1627	1.5364	1.8283	-0.1175	0.1535	0.1441	-0.3418	-0.0483	0.6517	-0.0583	-0.2613	0.1657	0.1144	0.0097	-0.0347	0.0473	0.0004	0.1123	-10.429	73.933	5.631
3	4.353	-4.8802	-0.1705	6.5106	-0.9347	3.2367	0.2643	0.2891	-0.2813	-0.4712	-0.1968	0.6931	-0.0835	-0.0422	-0.0675	0.1738	-0.0321	-0.1063	0.0696	0.0343	0.2151	-5.519	79.088	1.337
4	1.3942	-0.1662	0.2742	3.4906	-3.1672	10.7847	0.0525	-0.0549	-0.0141	0.0298	-0.0238	0.1311	0.093	0.05	-0.0287	0.1076	0.0065	0.0096	0.0697	-0.0016	0.0066	-0.285	70.837	12.454
5	7.1616	-0.21	2.9531	4.7798	1.1445	2.0195	-0.1208	-0.2102	0.6876	-0.1827	-0.1066	0.1388	-0.1991	-0.1625	0.2274	0.1964	0.0429	0.0042	0.0522	0.0016	0.1382	-3.049	90.618	5.809
6	3.0585	-0.725	-1.3363	3.5348	0.4136	2.0985	-0.0426	-0.0661	0.4083	-0.1373	0.0367	-0.1614	-0.0761	0.0486	0.0059	0.1235	-0.0143	-0.0072	0.0386	-0.0168	0.0815	10.277	80.899	9.841
7	2.2128	-0.4883	-2.4642	1.8411	0.9782	9.0408	0.0048	-0.1923	0.104	0.0735	0.003	-0.0472	-0.1273	-0.0262	-0.0077	0.1238	0.0182	-0.0033	0.0794	-0.0047	0.0086	9.213	69.644	13.121
8	1.778	0.4717	-0.5315	2.6668	-0.1605	1.2633	-0.0127	0.0911	0.051	-0.1281	0.0713	0.0272	0.0845	-0.1203	-0.0586	0.164	-0.0127	-0.0125	0.0608	0.0025	0.0284	27.047	84.466	25.729
9	2.3381	-0.0978	-0.8163	2.7378	-0.4884	0.5643	0.0118	0.1001	0.0451	0.0156	-0.0092	0.2245	0.0327	-0.1627	-0.0026	0.1677	-0.0158	-0.0067	0.105	-0.0245	0.0738	17.422	88.35	31.17
10	0.7829	0.5325	-0.9578	2.4686	-2.9752	6.5419	0.088	-0.0167	0.1318	0.1142	-0.0389	0.1286	-0.1861	0.0416	-0.0491	0.1226	-0.0097	-0.0062	0.0287	0.0052	0.0376	28.539	94.52	27.299
11	2.0283	-0.6329	-0.6412	1.8642	-0.5103	1.3542	-0.0897	-0.0367	-0.1632	-0.0351	-0.0126	0.0218	0.2832	-0.0287	0.1023	0.1607	-0.0336	-0.0067	0.0248	-0.0047	0.0316	25.288	75.071	29.889
12	1.8675	0.3076	0.7608	2.2594	0.891	2.4054	-0.0439	0.0135	-0.1042	0.0942	0.0109	-0.0704	0.1624	0.0064	0.033	0.151	-0.0011	0.0036	0.0363	0.0191	0.0233	37.49	84.879	27.767
13	1.3277	0.5429	-0.0552	1.9029	0.666	9.5491	0.029	-0.0004	0.0593	-0.0406	-0.0116	0.0192	0.0652	0.0042	-0.0174	0.1278	-0.0024	-0.0117	0.0574	0.0142	0.0233	38.275	96.003	23.91

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	91 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	131 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 34
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	35 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	63 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	90 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	110 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	133 - 155

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)