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- PDB-4n13: Crystal Structure of PstS (BB_0215) from Borrelia burgdorferi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n13
タイトルCrystal Structure of PstS (BB_0215) from Borrelia burgdorferi
要素Phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Class II ligand-binding protein / Ligand-binding protein / phosphate-binding protein / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
: / PBP domain / PBP superfamily domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate-binding protein PstS
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Sequence, biophysical, and structural analyses of the PstS lipoprotein (BB0215) from Borrelia burgdorferi reveal a likely binding component of an ABC-type phosphate transporter.
著者: Brautigam, C.A. / Ouyang, Z. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
履歴
登録2013年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7886
ポリマ－29,3421
非ポリマー4465
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.307, 84.558, 42.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein


分子量: 29342.010 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-279 / 変異: N30D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0215 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O51233
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE DISCREPANCY AT RESIDUE 30 IS DUE TO AN AMPLIFICATION ARTIFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 2 M Ammonium sulfate 0.1 M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.3 Å / Num. all: 53905 / Num. obs: 53905 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 9.31 Å2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TWY

1twy


解像度: 1.3→41.371 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1606 2731 5.07 %
Rwork0.1369 --
obs0.1381 53871 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.1694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→41.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 0 24 135 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2143092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.945853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2999-1.32230.16961470.14312491X-RAY DIFFRACTION98
1.3223-1.34640.17161100.13292535X-RAY DIFFRACTION96
1.3464-1.37230.16821240.13342532X-RAY DIFFRACTION99
1.3723-1.40030.19351430.12762512X-RAY DIFFRACTION97
1.4003-1.43080.18061410.12042516X-RAY DIFFRACTION99
1.4308-1.4640.17961300.11852538X-RAY DIFFRACTION98
1.464-1.50070.16161150.11082550X-RAY DIFFRACTION99
1.5007-1.54120.14441550.10682548X-RAY DIFFRACTION98
1.5412-1.58660.15241380.10562551X-RAY DIFFRACTION100
1.5866-1.63780.14591190.10862566X-RAY DIFFRACTION99
1.6378-1.69630.17141300.11042582X-RAY DIFFRACTION99
1.6963-1.76420.15811320.11482538X-RAY DIFFRACTION99
1.7642-1.84450.15361610.11712542X-RAY DIFFRACTION99
1.8445-1.94180.13261510.12162560X-RAY DIFFRACTION99
1.9418-2.06340.13891470.1232574X-RAY DIFFRACTION100
2.0634-2.22280.14991300.1252587X-RAY DIFFRACTION100
2.2228-2.44640.15671340.13552602X-RAY DIFFRACTION100
2.4464-2.80040.16131570.15322575X-RAY DIFFRACTION100
2.8004-3.52790.17141350.16692623X-RAY DIFFRACTION100
3.5279-41.39210.1721320.16462618X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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