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万見
- PDB-4n0f: Human FcRn complexed with human serum albumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0f
タイトルHuman FcRn complexed with human serum albumin
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • Serum albumin
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha/beta / receptor / IgG constant domain / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / IgG binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / IgG binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / beta-2-microglobulin binding / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / negative regulation of receptor binding / platelet alpha granule lumen / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to starvation / fatty acid binding / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / Cytoprotection by HMOX1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / pyridoxal phosphate binding / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Platelet degranulation / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / blood microparticle / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Albumin / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into Neonatal Fc Receptor-based Recycling Mechanisms.
著者: Oganesyan, V. / Damschroder, M.M. / Cook, K.E. / Li, Q. / Gao, C. / Wu, H. / Dall'acqua, W.F.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Other
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
D: Serum albumin
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
G: Serum albumin
H: IgG receptor FcRn large subunit p51
I: Beta-2-microglobulin
J: Serum albumin
K: IgG receptor FcRn large subunit p51
L: Beta-2-microglobulin
M: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,76112
ポリマ－433,76112
非ポリマー00
水00
1
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
D: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4403
ポリマ－108,4403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area44080 Å2
手法PISA
2
E: IgG receptor FcRn large subunit p51
F: Beta-2-microglobulin
G: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4403
ポリマ－108,4403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area44040 Å2
手法PISA
3
H: IgG receptor FcRn large subunit p51
I: Beta-2-microglobulin
J: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4403
ポリマ－108,4403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area44190 Å2
手法PISA
4
K: IgG receptor FcRn large subunit p51
L: Beta-2-microglobulin
M: Serum albumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4403
ポリマ－108,4403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area44180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.469, 115.925, 186.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12A
22H
13A
23K
14B
24F
15B
25I
16B
26L
17D
27G
18D
28J
19D
29M
110E
210H
111E
211K
112F
212I
113F
213L
114G
214J
115G
215M
116H
216K
117I
217L
118J
218M

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLEULEUAA4 - 2671 - 264
21HISHISLEULEUED4 - 2671 - 264
12HISHISLEULEUAA4 - 2671 - 264
22HISHISLEULEUHG4 - 2671 - 264
13HISHISLEULEUAA4 - 2671 - 264
23HISHISLEULEUKJ4 - 2671 - 264
14ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
24ILEILEMETMETFE1 - 991 - 99
15ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
25ILEILEMETMETIH1 - 991 - 99
16ILEILEMETMETBB1 - 991 - 99
26ILEILEMETMETLK1 - 991 - 99
17HISHISLEULEUDC3 - 5853 - 585
27HISHISLEULEUGF3 - 5853 - 585
18HISHISLEULEUDC3 - 5853 - 585
28HISHISLEULEUJI3 - 5853 - 585
19HISHISLEULEUDC3 - 5853 - 585
29HISHISLEULEUML3 - 5853 - 585
110HISHISLEULEUED4 - 2671 - 264
210HISHISLEULEUHG4 - 2671 - 264
111HISHISLEULEUED4 - 2671 - 264
211HISHISLEULEUKJ4 - 2671 - 264
112ILEILEMETMETFE1 - 991 - 99
212ILEILEMETMETIH1 - 991 - 99
113ILEILEMETMETFE1 - 991 - 99
213ILEILEMETMETLK1 - 991 - 99
114HISHISLEULEUGF3 - 5853 - 585
214HISHISLEULEUJI3 - 5853 - 585
115HISHISLEULEUGF3 - 5853 - 585
215HISHISLEULEUML3 - 5853 - 585
116HISHISLEULEUHG4 - 2671 - 264
216HISHISLEULEUKJ4 - 2671 - 264
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118HISHISLEULEUJI3 - 5853 - 585
218HISHISLEULEUML3 - 5853 - 585

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
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8
9
10
11
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要素

#1: タンパク質
IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 30120.838 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 27-297 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 21-119 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質
Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 25-609 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 4% Tacsimate, pH 4.0, 12% PEG3350, 30 mM Sodium Acetate, pH 5.2, HSA/FcRn 10 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 110127 / Num. obs: 110017 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 18.997 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26003 5501 5 %RANDOM
Rwork0.22325 ---
obs0.22511 104460 99.14 %-
all-110127 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å20 Å20.61 Å2
2---2 Å20 Å2
3---4.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30181 0 0 0 30181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0230988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0221568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.96241956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.143.00652384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49553772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85924.4721476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.45155424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.51515164
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.24500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02134324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.026272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A100540.04
12E100540.04
21A99580.06
22H99580.06
31A100530.04
32K100530.04
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42F38570.06
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72G236490.05
81D236040.05
82J236040.05
91D236190.05
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102H100040.04
111E100530.04
112K100530.04
121F38440.06
122I38440.06
131F38660.05
132L38660.05
141G237000.04
142J237000.04
151G237650.03
152M237650.03
161H99990.04
162K99990.04
171I38490.05
172L38490.05
181J236650.04
182M236650.04
LS精密化 シェル解像度: 3.017→3.094 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 375 -
Rwork0.375 6640 -
obs--89.86 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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