PDB-4myy: Structure of a class 2 docking domain complex from modules CurG a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4myy

タイトル

Structure of a class 2 docking domain complex from modules CurG and CurH of the curacin A polyketide synthase

要素

CurG, CurH fusion protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein-protein interaction / fusion protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Moorea producens 3L (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Whicher, J.R. / Smaga, S.S. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cyanobacterial polyketide synthase docking domains: a tool for engineering natural product biosynthesis.
著者: Whicher, J.R. / Smaga, S.S. / Hansen, D.A. / Brown, W.C. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2013年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4myy.cif.gz	76.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4myy.ent.gz	59.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4myy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4myy_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4myy_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	4myy_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	4myy_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4myzC 4mz0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ott-d 5edn-3 5lpi-2 3hs2-4 3sv1-1 2jax-d 6jny-1 2fl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CurG, CurH fusion protein

B: CurG, CurH fusion protein

ヘテロ分子

18.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.752, 36.752, 187.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	CurG, CurH fusion protein / Polyketide synthase module / Zn-dependent oxidoreductase/polyketide synthase module 分子量: 9330.586 Da / 分子数: 2 断片: CurG, C-terminal docking domain, UNP residues 1554-1583, CurH N-terminal docking domain, UNP residues 1-44 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア) 遺伝子: LYNGBM3L_74500,LYNGBM3L_74480 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F4Y429, UniProt: F4Y428
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3M Ammonium Sulfate and 8% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月22日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 17279 / Num. obs: 17279 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / R_sym value: 0.061
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 11 % / Num. unique all: 1640 / R_sym value: 0.72 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→31.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.45 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24802	882	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1948	-	-	-
all	0.1974	17705	-	-
obs	0.1974	16316	97.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→31.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1265	0	15	122	1402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	2.017	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.729	5	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.97	28.519	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.377	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.279	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.131	2.979	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.098	4.715	814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.736	3.801	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.707	7.044	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.681→1.725 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	71	-
R_work	0.232	1112	-
obs	-	-	94.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6722	-5.4899	-3.6232	17.6952	4.1715	4.8351	-0.0213	0.0168	-0.2691	-0.0017	-0.1287	0.867	-0.087	-0.3176	0.1501	0.0458	-0.0367	0.0111	0.0818	-0.0064	0.1099	-14.837	2.426	-8.345
2	4.252	0.9081	-0.1966	8.8293	-3.7839	2.6073	0.0066	0.2772	0.1164	-0.1751	-0.0362	0.288	0.0593	0.0197	0.0296	0.0703	-0.0388	0.0029	0.0655	-0.0392	0.1329	-3.413	2.935	-20.915
3	0.6553	-0.2205	0.2674	7.0069	-8.187	9.5684	-0.0355	0.2307	0.0534	-0.3023	-0.1246	-0.1268	0.3573	0.1645	0.1601	0.108	0.0238	0.0204	0.1816	0.0247	0.1139	6.734	13.447	-31.293
4	6.5253	-6.4845	0.1581	9.0503	0.0033	2.2345	-0.0906	-0.0143	0.3248	0.0919	0.0348	-0.3082	-0.1913	-0.1047	0.0558	0.0427	0.005	0.003	0.0444	-0.0222	0.1199	-1.366	15.165	-16.271
5	4.3956	1.216	-0.2738	12.6459	-5.3153	5.4804	0.1988	0.1378	-0.0858	-0.1874	-0.1141	0.4045	-0.1052	0.1902	-0.0847	0.0503	-0.0315	0.0001	0.0561	-0.0163	0.1283	11.426	14.701	-18.158
6	13.5342	-7.2434	-4.3379	5.3266	1.7144	1.906	0.0736	-0.2862	-0.1503	0.0255	-0.0862	0.0616	-0.1177	0.1584	0.0126	0.1949	0.0018	-0.0243	0.0969	-0.0325	0.0931	0.045	10.452	-3.949
7	12.1782	-8.343	-7.4907	8.3728	5.9875	4.8915	-0.1758	0.0158	0.0436	0.1849	0.1453	0.073	0.1583	0.0265	0.0305	0.1236	-0.0522	0.0575	0.1103	0.0076	0.1007	-15.715	8.426	4.522
8	2.0971	-3.5596	1.0013	7.1646	-3.7707	4.4321	0.0599	0.0434	-0.0799	-0.0947	0.0699	0.1379	-0.0871	-0.1644	-0.1298	0.1088	-0.0918	0.0042	0.1135	0.0128	0.1717	-9.55	10.369	-13.751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	39 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	60 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-2 - 12
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 31
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	39 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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