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- PDB-4my5: Crystal structure of the aromatic amino acid aminotransferase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4my5
タイトルCrystal structure of the aromatic amino acid aminotransferase from Streptococcus mutants
要素Putative amino acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / SmAroAT / Type 1 PLP-dependent aminotransferases / amino acid metabolism / oral infectious diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Cong, X. / Li, X. / Ge, J. / Feng, Y. / Feng, X. / Li, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the aromatic-amino-acid aminotransferase from Streptococcus mutans.
著者: Cong, X. / Li, X. / Li, S.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative amino acid aminotransferase
D: Putative amino acid aminotransferase
B: Putative amino acid aminotransferase
C: Putative amino acid aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,6494
ポリマ－174,6494
非ポリマー00
水19,4561080
1
A: Putative amino acid aminotransferase
B: Putative amino acid aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3242
ポリマ－87,3242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29970 Å2
手法PISA
2
D: Putative amino acid aminotransferase
C: Putative amino acid aminotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3242
ポリマ－87,3242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.754, 64.257, 125.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative amino acid aminotransferase


分子量: 43662.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DWM1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1080 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M potassium chloride pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→56.69 Å / Num. all: 77062 / Num. obs: 76921 / % possible obs: 93 % / Biso Wilson estimate: 32.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.19-2.27160.8
2.27-2.36174.4
2.36-2.47193.9
2.47-2.6198.7
2.6-2.76198.7
2.76-2.97198.9
2.97-3.27199
3.27-3.75199.1
3.75-4.72199.2
4.72-56.69197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.194→52.493 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 3861 5.02 %
Rwork0.1909 --
obs0.1934 76919 93.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→52.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11903 0 0 1080 12983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25116464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2664480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.194-2.22060.3237980.2402165360
2.2206-2.24870.2787930.2366182166
2.2487-2.27830.30641000.2297193768
2.2783-2.30950.29071070.2298199573
2.3095-2.34250.2973990.2267219079
2.3425-2.37750.31231040.2302239985
2.3775-2.41460.27861560.2271261196
2.4146-2.45420.28691190.2191279699
2.4542-2.49650.2591440.2232275499
2.4965-2.54190.27711350.22022782100
2.5419-2.59080.26851480.2169275499
2.5908-2.64370.28171240.22162782100
2.6437-2.70120.28711410.2189279399
2.7012-2.7640.26211400.22352808100
2.764-2.83310.30481470.21992733100
2.8331-2.90970.2631600.21242796100
2.9097-2.99540.27731480.2112778100
2.9954-3.0920.21551510.19622774100
3.092-3.20250.26891660.19672771100
3.2025-3.33070.24131590.19842767100
3.3307-3.48230.22561470.19272797100
3.4823-3.66580.19991500.17472771100
3.6658-3.89540.20951640.16952779100
3.8954-4.19610.22461530.15642817100
4.1961-4.61810.18241550.15022811100
4.6181-5.28580.2011560.1522816100
5.2858-6.65750.26751510.19622832100
6.6575-52.50830.20831460.1858274194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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