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万見
- PDB-4mvt: Crystal structure of SUMO E3 Ligase PIAS3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mvt
タイトルCrystal structure of SUMO E3 Ligase PIAS3
要素E3 SUMO-protein ligase PIAS3
キーワードLIGASE / SUMO / E3 Ligase / PINIT domain / SP-RING domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO ligase activity / positive regulation of protein sumoylation / SUMOylation of immune response proteins / negative regulation of protein sumoylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / negative regulation of osteoclast differentiation / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins ...SUMO ligase activity / positive regulation of protein sumoylation / SUMOylation of immune response proteins / negative regulation of protein sumoylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMO transferase activity / negative regulation of osteoclast differentiation / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / postsynaptic cytosol / presynaptic cytosol / SUMOylation of transcription cofactors / transcription coregulator activity / SUMOylation of intracellular receptors / Formation of Incision Complex in GG-NER / nuclear speck / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
PINIT domain / PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. ...PINIT domain / PINIT domain / PINIT domain superfamily / PINIT domain / PINIT domain profile. / MIZ/SP-RING zinc finger / Zinc finger, MIZ-type / Zinc finger SP-RING-type profile. / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase PIAS3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dong, A. / Hu, J. / Li, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of SUMO E3 Ligase PIAS3
著者: Hu, J. / Dong, a. / Li, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
B: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
C: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
D: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,04842
ポリマ－167,7164
非ポリマー33338
水2,630146
1
A: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,03013
ポリマ－41,9291
非ポリマー10112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9949
ポリマ－41,9291
非ポリマー658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,03012
ポリマ－41,9291
非ポリマー10111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: E3 SUMO-protein ligase PIAS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9948
ポリマ－41,9291
非ポリマー657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.450, 85.440, 89.530
Angle α, β, γ (deg.)83.080, 86.570, 86.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質
E3 SUMO-protein ligase PIAS3 / Protein inhibitor of activated STAT protein 3


分子量: 41928.980 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 112-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIAS3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R
参照: UniProt: Q9Y6X2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 32 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH8.5,(1:800-1:1300) w/w chymotrypsin, vapor diffusion hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 71156 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3450.9534860.878197.6
2.34-2.3850.78635460.911197.6
2.38-2.4350.69835430.898197.7
2.43-2.485.10.65935230.91197.8
2.48-2.535.10.58135680.955197.9
2.53-2.595.10.51835120.964198
2.59-2.665.10.45235500.976198
2.66-2.735.10.36335381.022198.2
2.73-2.815.10.31835651.068198.1
2.81-2.95.20.26735831.127198.6
2.9-35.20.22335591.201198.3
3-3.125.10.17535491.387198.6
3.12-3.265.20.15435971.53198.6
3.26-3.445.20.12935551.783198.6
3.44-3.655.20.11335742.141198.8
3.65-3.935.10.09835812.452198.8
3.93-4.3350.08935842.878199
4.33-4.9550.08735883.089199
4.95-6.244.90.08535772.801199.3
6.24-504.90.0835783.798198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP11位相決定
BUSTER2.10.0精密化
Coot0.6.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4FO9

4fo9


解像度: 2.3→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9137 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: AUTHOR NOTE UNEXPLAINED DENSITY AT L341 IN CHAIN A AND B THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 316 TO 319 IN ALL CHAINS ARE WITH VERY POOR QUALITY. THE RESIDUES 316 TO 319 IN CHAIN A AND C ARE ...詳細: AUTHOR NOTE UNEXPLAINED DENSITY AT L341 IN CHAIN A AND B THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 316 TO 319 IN ALL CHAINS ARE WITH VERY POOR QUALITY. THE RESIDUES 316 TO 319 IN CHAIN A AND C ARE MODELED BUT WITH QUESTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 1427 2.01 %RANDOM
Rwork0.2383 ---
obs0.239 71154 97.26 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 48.5626 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7299 Å2-1.0601 Å21.391 Å2
2---1.31 Å2-6.6239 Å2
3---0.58 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.398 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7709 0 38 146 7893
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 84 1.88 %
Rwork0.2384 4374 -
all0.2387 4458 -
obs--97.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99181.32720.39472.60030.22690.67170.109-0.05480.19420.1835-0.10330.2329-0.1779-0.0355-0.0057-0.15490.0010.0586-0.05070.0814-0.026165.600794.2785.6202
20.955-0.5478-0.91310.77280.42032.16660.1083-0.15590.04760.1661-0.0108-0.0573-0.18940.2246-0.0975-0.1461-0.05310.00910.00160.0723-0.088568.526676.1157107.9817
30.88370.54221.17360.81740.67462.81530.11570.166-0.1014-0.16810.0463-0.03150.1420.2506-0.1621-0.16230.0596-0.02950.0080.0689-0.091241.471133.191642.3787
41.2179-1.6136-0.39773.37940.29060.59260.11560.0433-0.1708-0.1171-0.090.34290.1954-0.0355-0.0256-0.17330.0089-0.0622-0.07010.0945-0.024338.3607114.020964.1015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A126 - 1000
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B126 - 1000
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C126 - 1000
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D126 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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