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- PDB-4mvk: Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin US7) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mvk
タイトルCrystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin US7) in complex with the Alzheimer amyloid peptide fragment VFFAED
要素
  • Amyloid peptide fragment VFFAED
  • Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードPROTEIN BINDING/PROTEIN FIBRIL / beta-barrel / engineered lipocalin / binding protein / PROTEIN BINDING-PROTEIN FIBRIL complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / enterobactin binding / regulation of synapse structure or activity / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / response to herbicide / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / astrocyte projection / response to iron(II) ion / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / modulation of excitatory postsynaptic potential / The NLRP3 inflammasome / transition metal ion binding / main axon / regulation of multicellular organism growth / cellular response to interleukin-1 / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / ECM proteoglycans / long-term memory / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / cellular response to nutrient levels / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / Notch signaling pathway / clathrin-coated pit / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / positive regulation of endothelial cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / endosome lumen / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / adult locomotory behavior / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Lipocalin family conserved site / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / PH-like domain superfamily / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: High-affinity Anticalins with aggregation-blocking activity directed against the Alzheimer beta-amyloid peptide.
著者: Rauth, S. / Hinz, D. / Borger, M. / Uhrig, M. / Mayhaus, M. / Riemenschneider, M. / Skerra, A.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Amyloid peptide fragment VFFAED


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2842
ポリマ－22,2842
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.970, 59.230, 61.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 21533.420 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-198
変異: Q28H,L36V,A40K,I41S,Q49W,L70G,R72G,K73T,D77H,W79K,C87S,N96R,Y100R,L103R,Y106A,K125V,S127Q,Y132S,K134N
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: engineered variant US7, HNL, LCN2, LCN2 (NGAL_HUMAN), NGAL
プラスミド: pNGAL98-US7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1(F-) / 参照: UniProt: P80188
#2: タンパク質・ペプチド Amyloid peptide fragment VFFAED


分子量: 750.819 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 689-694 / 由来タイプ: 合成
詳細: The Abeta hexapeptide fragment VFFAED was synthesized with an acetylated N- and an amidated C-terminus.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27 % (w/v) PEG 8000, 100 mM MES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.571 Å / Num. all: 30318 / Num. obs: 30318 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.5870.34823059943570.348100
1.58-1.687.10.2452.92925341400.245100
1.68-1.797.10.1684.12775838850.168100
1.79-1.947.20.1414.42631136440.141100
1.94-2.127.20.115.82442433750.11100
2.12-2.377.20.0877.32210130530.087100
2.37-2.747.20.06991958827090.069100
2.74-3.357.20.0787.21662623200.078100
3.35-4.746.90.05810.71266918310.05899.5
4.74-26.666.10.03318.9616910040.03394.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.71 Å26.66 Å
Translation1.71 Å26.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L6M

1l6m


解像度: 1.5→42.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1959 / WRfactor Rwork: 0.1728 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9001 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0677 / SU Rfree: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1857 1530 5.1 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
all0.1664 30318 --
obs0.1654 30226 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.46 Å2 / Biso mean: 24.3619 Å2 / Biso min: 8.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 0 157 1598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.951995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0785175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7123.80371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33715256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.517159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211124
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 110 -
Rwork0.239 1915 -
all-2025 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29820.1708-0.19021.45360.08921.532-0.01750.05550.0118-0.084-0.00370.0771-0.0439-0.00350.02120.025-0.0024-0.00560.01370.00190.0046-19.1707-2.50847.9208
25.3023-1.3949-4.40378.62732.85124.00560.03950.19760.2916-0.35190.10810.3805-0.1106-0.1354-0.14770.0620.0049-0.02940.03630.0170.0447-25.51870.44754.6442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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