PDB-4muy: IspH in complex with pyridin-4-ylmethyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4muy

タイトル

IspH in complex with pyridin-4-ylmethyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur protein / Reductase / pyridin-4-ylmethyl diphosphate / Cytosol

機能・相同性

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / pyridin-4-ylmethyl trihydrogen diphosphate / FE3-S4 CLUSTER / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Span, I. / Wang, K. / Song, Y. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Binding of Pyridines to the Iron-Sulfur Enzyme IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4muy.cif.gz	277 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4muy.ent.gz	224.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4muy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4muy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4muy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4muy_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	4muy_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4muxC 4mv0C 4mv5C 3ke8S 3dnf 3f7t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uv6-1 4h4e-2 4mux-2 3urk-1 3utd-1 3utc-2 3uwm-1 3kef-2 4mv0-2 3kel-3 3kef-3 4eb3-1 3zgl-1 3szu-2 3f7t-1 4h4d-2 3szl-1 3kem-2 3urk-2 3szl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.190, 80.460, 110.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999605, -0.008808, 0.026682), (-0.009182, 0.999861, -0.013925), (-0.026556, -0.014165, -0.999547)	-4.31641, 0.08889, -0.00479

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase 分子量: 36107.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_0026, ispH / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue 参照: UniProt: C9QSC3, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-2E5 / pyridin-4-ylmethyl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-(4-ピリジニルメチル) 分子量: 269.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NO₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 58881 / Num. obs: 58292 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.92
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / R_sym value: 0.416 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KE8

3ke8

解像度: 1.8→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.986 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2235	2915	5 %	RANDOM
R_work	0.1771	-	-	-
all	0.17941	55952	-	-
obs	0.17941	55376	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	539	5358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.976	6636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.764	3	10900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.285	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.698	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.358	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.694	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.555	3	9646
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	37.127	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.933	5	9964

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	207	-
R_work	0.236	3940	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7828	1.6143	-1.0156	0.468	-0.3678	0.3459	-0.019	0.0957	0.0857	-0.0153	0.0567	0.0525	0.0186	-0.0649	-0.0377	0.1533	-0.0028	0.0022	0.1634	-0.0112	0.1172	-28.0898	-8.7556	7.5683
2	3.597	-1.4694	0.6132	1.0492	-0.4218	0.3425	0.0327	0.0032	-0.1782	0.0289	0.0011	0.0139	0.0769	0.0201	-0.0338	0.1425	-0.0001	-0.0074	0.1445	-0.0008	0.0458	-5.5312	-9.763	11.0077
3	0.8393	0.0799	0.3482	1.7808	-0.1291	0.8266	0.0094	-0.0992	-0.0373	0.1111	-0.0239	-0.1334	0.0432	0.0438	0.0144	0.1445	0.0002	-0.0158	0.1637	0.0196	0.087	4.7132	-13.104	21.8031
4	2.3993	-0.4236	0.4208	0.789	-0.191	1.497	0.033	-0.0138	-0.056	0.0631	-0.0144	0.1826	0.0331	-0.0336	-0.0186	0.1528	-0.0017	-0.0005	0.1543	0.0013	0.0546	-8.4009	-9.9584	21.497
5	2.5001	0.7192	1.2805	1.7619	-0.5969	1.2585	0.0386	-0.0428	0.07	0.2532	-0.0828	0.0335	-0.1175	0.0379	0.0442	0.2005	-0.0109	0.0116	0.1947	0.0104	0.0708	2.1022	-9.2765	27.6972
6	0.2047	0.0057	0.232	0.2291	0.2028	0.4446	0.046	0.0164	-0.0519	0.0242	0.0228	-0.0546	0.028	0.0569	-0.0688	0.1766	-0.0119	-0.0231	0.1958	0.0335	0.1284	5.7798	-4.9101	20.809
7	0.4889	0.4348	-0.9833	3.4917	-0.9917	1.985	0.0341	-0.016	-0.0268	0.1074	-0.1046	-0.4834	-0.0991	0.0443	0.0705	0.1639	-0.0059	-0.0395	0.1826	0.0073	0.1263	12.8324	0.2552	22.6241
8	0.4585	0.2931	-0.2015	0.2047	-0.0449	0.563	-0.0329	-0.0254	-0.0879	-0.0325	-0.0077	-0.067	0.0396	0.0578	0.0406	0.1663	-0	0.0083	0.1701	0.0077	0.0916	3.4576	-0.244	11.6291
9	1.728	0.5998	-0.5433	4.7973	1.303	1.3421	-0.0556	0.0623	0.0492	-0.1385	-0.0142	-0.4116	0.007	0.0701	0.0699	0.158	-0.0048	-0.0038	0.1737	0.0223	0.1197	8.6388	15.0571	9.0669
10	0.1842	0.1246	-0.3421	2.4308	-0.8373	0.7927	0.01	0.0031	-0.0071	0.1099	-0.041	-0.0761	-0.0495	-0.0058	0.031	0.1591	-0.0051	-0.0062	0.164	-0.0029	0.0739	-4.4582	12.2952	17.2487
11	0.4054	-0.485	-0.0123	1.4128	-0.134	0.0857	-0.0157	-0.0342	0.0703	0.0814	-0.0019	-0.0757	-0.0472	0.0419	0.0177	0.162	-0.0091	-0.0092	0.1653	-0.0053	0.0811	-0.8108	21.1737	16.2471
12	0.3788	-0.0609	-0.1691	2.062	-0.3374	0.4772	-0.0089	-0.0022	0.0612	0.0423	0.0322	0.1242	-0.0312	-0.0132	-0.0233	0.1506	-0.0029	-0.0009	0.1462	0.0024	0.0621	-10.6032	14.3075	10.0863
13	0.3276	-0.2532	-0.0988	1.4855	0.8894	0.5442	-0.0134	0.0108	0.0225	-0.0236	-0.0216	0.0427	-0.008	0.0024	0.035	0.1677	0.0003	0.0034	0.1652	0.0038	0.0787	-5.9692	22.7643	5.1728
14	1.1713	0.3153	0.291	0.4189	0.4682	0.5457	-0.01	0.1085	0.1011	-0.0148	-0.0086	0.0558	-0.0086	-0.0261	0.0185	0.1386	0.0008	-0.0045	0.1472	0.0103	0.089	-16.1245	2.7477	5.8475
15	1.6228	0.0804	0.1018	0.9408	-0.1964	0.1956	-0.0275	-0.0659	0.0628	0.0738	-0.0117	0.1536	0.0082	-0.0251	0.0393	0.1543	-0.0017	0.0015	0.1569	-0.0155	0.0651	-23.7945	0.4161	15.5683
16	1.4173	0.053	0.0259	1.1086	0.2308	2.3599	-0.0117	-0.1649	-0.006	0.1299	-0.013	0.212	0.047	-0.1768	0.0247	0.1325	-0.0107	-0.0245	0.1541	-0.0011	0.0713	-32.822	-8.5611	20.185
17	2.073	1.066	-0.1517	0.9404	0.0913	0.2926	0.0075	0.0009	-0.1272	0.0145	-0.0231	0.0332	0.0442	-0.0182	0.0157	0.1487	0.0007	0.0024	0.1532	-0.0035	0.0679	-20.4935	-11.5721	13.5861
18	1.4287	1.1411	-1.4659	1.4039	-2.0422	3.2472	-0.0634	0.0384	0.032	-0.0656	0.0456	0.0301	0.2306	-0.0144	0.0178	0.1474	0.0119	-0.0088	0.1339	-0.0209	0.0955	-27.652	-11.5877	7.8703
19	3.0902	0.5122	1.6163	0.0963	0.3165	1.0603	0.0393	0.0883	-0.1016	0.0115	0.0199	-0.0142	0.0632	0.0634	-0.0593	0.1653	-0.0071	0.0028	0.1622	0.0027	0.0601	-3.4143	-7.4474	2.338
20	13.6748	2.0602	-7.7466	0.456	-0.8086	5.7006	-0.2275	0.1916	0.2447	-0.074	0.0077	0.0302	0.0535	-0.0395	0.2198	0.1499	0.0284	0.0033	0.2227	0.0983	0.324	9.0388	-13.3801	8.1239
21	5.0322	-0.5916	-0.9865	0.1307	0.206	0.3313	-0.007	-0.1083	-0.0106	0.0245	0.0353	-0.0363	0.0311	0.0573	-0.0283	0.1597	0.0123	-0.0006	0.1684	0.0088	0.1217	23.5106	-8.8609	-8.024
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34	1.8842	0.7977	-0.2989	1.431	0.4187	0.3478	0.0047	0.1045	0.0647	-0.1086	0.0211	-0.0964	-0.0176	-0.0001	-0.0258	0.1648	0.0083	0.0246	0.167	0.0209	0.0939	14.4334	-0.013	-17.1868
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39	5.0209	0.9314	2.2394	0.1866	0.3693	1.1787	0.0221	-0.0845	-0.0568	-0.0114	-0.019	-0.0261	0.1046	-0.0762	-0.0031	0.1634	0.0053	-0.0133	0.1619	-0.0002	0.0647	-2.0694	-7.7974	-3.1256
40	12.7145	6.3928	5.1829	9.7073	5.0846	11.4436	-0.092	-0.3579	0.4339	0.5957	-0.8193	0.4014	0.6317	-0.4779	0.9113	0.2374	-0.0023	0.0421	0.1973	-0.0254	0.075	-12.3754	-15.6408	-7.5751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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