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- PDB-4mux: IspH in complex with pyridin-3-ylmethyl diphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mux
タイトルIspH in complex with pyridin-3-ylmethyl diphosphate
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur protein / Reductase / pyridin-3-ylmethyl diphosphate / Cytosol
機能・相同性4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / pyridin-3-ylmethyl trihydrogen diphosphate / IRON/SULFUR CLUSTER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Span, I. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2014
タイトル: Insights into the Binding of Pyridines to the Iron-Sulfur Enzyme IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Groll, M.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4576
ポリマ-72,2162
非ポリマー1,2414
4,576254
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7293
ポリマ-36,1081
非ポリマー6212
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7293
ポリマ-36,1081
非ポリマー6212
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.780, 80.820, 111.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase


分子量: 36107.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K-12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_0026, ispH / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue
参照: UniProt: C9QSC3, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-2E4 / pyridin-3-ylmethyl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-(3-ピリジニルメチル)


分子量: 269.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H9NO7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 69828 / Num. obs: 66547 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.44
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Rsym value: 0.574 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化解像度: 1.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.76 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24116 3308 5 %RANDOM
Rwork0.20722 ---
obs0.20892 62840 95.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.64 Å2-0 Å20 Å2
2---2.36 Å2-0 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 48 254 5075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.9786675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.842310922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.00924.211228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94215856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6391544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5052.0242478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5052.0232477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2363.0293095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3612.3722436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 236 -
Rwork0.347 4474 -
obs--95.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53520.5267-0.38940.08230.19531.722-0.04330.4937-0.4940.04340.0053-0.05140.3144-0.3250.0380.2576-0.07590.0040.0971-0.03040.1691-27.7999-8.76087.6843
21.4406-1.8376-0.37492.37450.47790.10060.06720.0586-0.1985-0.0136-0.11010.2081-0.01360.0010.04290.323-0.0309-0.05170.12410.01760.1648-5.2539-9.865611.0791
33.85291.8117-1.09570.8626-0.52110.31920.1799-0.4418-0.27280.0876-0.2556-0.1456-0.05250.14690.07580.2542-0.0264-0.11220.26710.11740.11075.001-13.229721.85
42.47651.567-0.15473.3307-0.55550.09980.09490.0723-0.19930.2679-0.05910.0679-0.05140.0126-0.03580.321-0.0553-0.01370.06870.03040.1165-8.1406-9.943221.5563
53.458-0.03791.35066.0229-3.00082.00870.0899-0.83260.01890.6141-0.2883-0.3529-0.2815-0.16750.19840.3846-0.1535-0.09980.25780.04710.05372.4682-9.457827.7062
67.0059-1.57064.03423.2161-3.1784.13030.6473-0.2489-0.44440.1572-0.5556-0.11780.14140.3322-0.09180.2499-0.1022-0.07850.15840.07630.05486.1951-5.14720.7792
710.6759-6.16870.00216.1342-4.56288.0986-0.007-0.27740.90810.025-0.2227-0.6647-0.01640.67010.22970.2851-0.139-0.26380.12930.12240.325813.3478-0.089422.4643
80.1895-0.3472-0.28083.4124-1.10881.48740.09750.07050.0215-0.2017-0.1606-0.1896-0.0285-0.0460.06310.2165-0.0139-0.03090.12090.0420.13613.7894-0.351911.6255
94.2236-1.0465-2.43883.05092.37132.53540.52550.1660.2982-0.1101-0.1301-0.4923-0.2571-0.1481-0.39540.2349-0.0180.10130.08670.14840.38728.916715.05769.178
101.02471.5638-1.67315.7656-3.3712.93070.0801-0.00580.03630.3483-0.0578-0.0888-0.18430.0128-0.02230.2535-0.08390.00010.0817-0.01720.1289-4.156212.232317.3761
111.3762-1.10650.38413.61030.02870.35570.0047-0.07670.07360.3969-0.0702-0.3781-0.17840.01820.06550.36-0.1115-0.06850.0441-0.00810.1734-0.468821.144916.3506
120.5830.0104-0.22342.88151.58360.96380.03160.0370.0771-0.0005-0.05820.1152-0.0263-0.02690.02660.2811-0.04140.03010.0810.00330.1522-10.324114.278310.1974
131.34950.3840.12493.93091.84890.87270.1453-0.03240.0253-0.274-0.0469-0.2185-0.1241-0.0233-0.09840.3111-0.05810.02440.06580.03510.1239-5.688522.7355.1613
140.19210.3506-0.01441.10530.37630.38450.06180.04540.08180.1528-0.01730.08340.0457-0.0415-0.04450.2425-0.01090.00740.12260.01680.1855-15.91842.72125.9717
152.8523-1.23590.28931.0008-0.95961.58890.0198-0.07420.06340.06450.03390.0627-0.0331-0.0381-0.05370.3093-0.04890.09390.0233-0.04830.2031-23.57850.370915.7068
160.09860.05620.32170.2796-0.61254.0519-0.032-0.04530.0572-0.04810.01750.17540.3347-0.34680.01460.3111-0.08230.15610.0864-0.00960.3155-32.5413-8.698920.2866
171.23420.9098-0.59212.04490.08421.45050.08080.0342-0.14280.1544-0.05460.00580.1050.0956-0.02620.2898-0.04030.03780.0394-0.02560.1521-20.2379-11.626213.7127
183.2261.8136-3.17222.7675-4.12396.310.22920.1675-0.1046-0.1933-0.02920.2430.2599-0.0147-0.20.2345-0.0570.03090.0751-0.0580.2299-27.4646-11.69477.9964
197.340.39482.88310.137-0.09211.6714-0.10110.2147-0.1033-0.08380.0114-0.06240.16710.0840.08970.23980.01360.00920.12930.00330.1279-3.2018-7.49592.349
2015.25477.0061-9.24812.4612-6.99696.42610.0857-0.1792-0.4666-0.1458-0.5342-0.7278-0.00780.24480.44850.13220.0673-0.04690.11470.08130.15769.2254-13.56538.0699
214.1626-1.0212-0.12231.3031-0.10720.5056-0.0366-0.2682-0.34840.0312-0.0103-0.25550.14110.09540.04690.23970.0487-0.01530.05810.03910.244723.5213-8.8346-8.0295
221.63330.84630.25430.91560.47980.30520.03870.0183-0.03560.0526-0.0297-0.01990.0909-0.016-0.0090.33230.0377-0.03960.0429-0.01050.1095-1.3312-11.1366-17.6266
238.773-1.7533-0.97641.3281-2.02065.23870.1825-0.0005-0.0607-0.1187-0.01980.09240.24970.1296-0.16280.17550.0387-0.04380.1087-0.02440.0709-1.211-17.7313-25.3743
242.12880.79341.74121.80590.93481.54170.02510.09670.0435-0.0353-0.00560.04430.11640.0475-0.01960.30950.0099-0.04550.0860.00920.0896-10.2399-6.334-24.5956
254.80971.462-1.92313.1713.3696.5082-0.2604-0.26530.1755-0.1227-0.11980.38280.02930.04370.38020.19970.0509-0.08530.03070.0070.215-16.56412.2714-20.4
262.31661.29331.83680.780.92113.02640.0298-0.11480.13150.0897-0.04410.10950.2236-0.0910.01440.23340.0031-0.02660.08210.00680.1228-11.5995-4.1192-15.7344
276.6148-1.2503-2.09514.8445-0.42620.81230.3179-0.38350.4217-0.0638-0.11310.3819-0.08550.1609-0.20480.17570.02680.00720.0767-0.07190.2576-11.131611.8631-8.6596
281.4931-1.163-1.16963.91021.80161.18040.0030.09390.1249-0.2475-0.00690.2531-0.0778-0.0510.00390.28630.0603-0.01750.07110.03690.1222-1.585713.246-16.7888
293.1792-2.1436-0.2716.9603-0.18280.44570.04750.44510.14880.072-0.17080.38160.071-0.16160.12320.19950.0397-0.04590.1267-0.01910.2191-10.948714.9101-18.0527
300.61410.03260.14731.92180.00780.67270.02790.01950.0913-0.0795-0.00440.0673-0.13990.0112-0.02350.29710.03650.02840.02620.01150.15332.170219.7298-13.4637
313.6132-0.85961.87322.042-1.38581.4523-0.02880.02340.19760.17390.02670.1546-0.096-0.00370.00210.30080.04360.03040.0365-0.04430.12021.362422.7644-5.271
320.8564-0.8442-0.15331.1088-0.14210.36190.10790.0217-0.0345-0.0876-0.10320.02370.0010.0472-0.00470.26350.0065-0.01340.10360.00980.14379.37552.9931-6.2736
335.42470.6909-0.19784.32085.71687.79850.759-0.52640.0594-0.299-0.2198-0.399-0.5547-0.174-0.53910.23910.02280.06760.13190.05470.242825.0470.1426-8.0292
343.95340.2466-0.34750.11940.00440.03740.00380.21870.107-0.13960.027-0.1012-0.0334-0.0139-0.03080.33920.03370.07510.0506-0.00670.159714.64680.0242-17.2239
353.60940.5227-0.34421.1103-0.24780.07520.01050.41590.1454-0.3937-0.0828-0.53630.08170.00220.07230.35430.09150.16080.12070.03640.362521.9795-0.0648-17.7379
363.6414-0.21875.1122.94711.93158.91160.32660.1014-0.1652-0.15260.1222-0.39250.37830.2288-0.44880.20730.09390.14020.0784-0.01150.333929.2847-8.6201-20.7933
372.7845-1.54410.44063.1743-0.710.52450.2326-0.033-0.3046-0.3766-0.1213-0.06710.0436-0.016-0.11120.2650.0704-0.02230.0374-0.0150.213715.976-11.5991-13.9576
385.0866-1.6462-4.99894.2924.48417.11490.2378-0.2455-0.35230.2872-0.0702-0.61180.05460.103-0.16760.23380.1069-0.02290.14550.04770.244223.1348-11.765-8.3063
393.3256-1.1760.8240.49670.00251.352-0.09-0.2719-0.01470.0630.04140.00890.2039-0.14770.04860.28160.0174-0.00910.16260.02970.1516-1.8421-7.8341-3.0455
4010.6566-2.9193-3.6157.8436-6.4849.1664-0.1114-0.5501-0.0541-0.22920.19230.13830.33080.1157-0.08090.1611-0.08930.02410.1234-0.0780.1221-12.2489-15.8421-7.5502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3A25 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4A38 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5A50 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6A65 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7A78 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8A90 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9A104 - 114
10X-RAY DIFFRACTION10A115 - 127
11X-RAY DIFFRACTION11A128 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12A163 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13A182 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14A194 - 210
15X-RAY DIFFRACTION15A211 - 246
16X-RAY DIFFRACTION16A247 - 261
17X-RAY DIFFRACTION17A262 - 280
18X-RAY DIFFRACTION18A281 - 297
19X-RAY DIFFRACTION19A298 - 304
20X-RAY DIFFRACTION20A305 - 309
21X-RAY DIFFRACTION21B1 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22B8 - 49
23X-RAY DIFFRACTION23B50 - 54
24X-RAY DIFFRACTION24B55 - 76
25X-RAY DIFFRACTION25B77 - 86
26X-RAY DIFFRACTION26B87 - 100
27X-RAY DIFFRACTION27B101 - 112
28X-RAY DIFFRACTION28B113 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29B128 - 140
30X-RAY DIFFRACTION30B141 - 181
31X-RAY DIFFRACTION31B182 - 193
32X-RAY DIFFRACTION32B194 - 207
33X-RAY DIFFRACTION33B208 - 216
34X-RAY DIFFRACTION34B217 - 235
35X-RAY DIFFRACTION35B236 - 248
36X-RAY DIFFRACTION36B249 - 261
37X-RAY DIFFRACTION37B262 - 280
38X-RAY DIFFRACTION38B281 - 297
39X-RAY DIFFRACTION39B298 - 305
40X-RAY DIFFRACTION40B306 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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