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- PDB-4mut: Crystal structure of vancomycin resistance D,D-dipeptidase/D,D-pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mut
タイトルCrystal structure of vancomycin resistance D,D-dipeptidase/D,D-pentapeptidase VanXYc D59S mutant in complex with D-Alanine
要素D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID / ALPHA+BETA PROTEIN / METALLOPEPTIDASE / HEDGEHOG/DD-PEPTIDASE FOLD / MEROPS M15B SUBFAMILY / ZN2+-DEPENDENT D / D-DIPEPTIDASE / D-PENTAPEPTIDASE / VANCOMYCIN RESISTANCE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-Ala-D-Ala dipeptidase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / carboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M15B / : / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALANINE / Chem-PE3 / Bifunctional D-Ala-D-Ala dipeptidase and D-Ala-D-Ala carboxypeptidase VanXYC
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus gallinarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Meziane-Cherif, D. / Di Leo, R. / Yim, V. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the evolution of vancomycin resistance D,D-peptidases.
著者: Meziane-Cherif, D. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Courvalin, P.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Other
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32014年5月14日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
B: D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6079
ポリマ－49,5322
非ポリマー1,0757
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
2
A: D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
ヘテロ分子

B: D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6079
ポリマ－49,5322
非ポリマー1,0757
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
Buried area1970 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.674, 45.214, 63.014
Angle α, β, γ (deg.)86.69, 77.20, 63.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase / D / D-dipeptidase/D / D-carboxypeptidase VanXYc


分子量: 24765.953 Da / 分子数: 2 / 断片: VanXYc / 変異: D59S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus gallinarum (バクテリア)
株: BM4174 / 遺伝子: vanXYc / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JN36

-
非ポリマー , 6種, 322分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.05 M MES, 20% PEG 8K, 2.5 mM acetyl-L-Lys-D-Ala-D-Ala, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月17日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.13 Å / Num. obs: 20150 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4F78

4f78


解像度: 2.25→34.567 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1853 2053 5.11 %
Rwork0.1607 --
obs0.1619 20134 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3113 0 25 315 3453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1294407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5771225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30230.32271380.2782435X-RAY DIFFRACTION97
2.3023-2.35990.3091170.25882609X-RAY DIFFRACTION97
2.3599-2.42370.26271170.24242482X-RAY DIFFRACTION97
2.4237-2.4950.23951620.22812586X-RAY DIFFRACTION98
2.495-2.57550.24541040.222496X-RAY DIFFRACTION98
2.5755-2.66750.20891280.21372575X-RAY DIFFRACTION98
2.6675-2.77430.29351400.19722549X-RAY DIFFRACTION98
2.7743-2.90050.2511140.19272537X-RAY DIFFRACTION98
2.9005-3.05330.18031500.18472529X-RAY DIFFRACTION98
3.0533-3.24450.21521700.16682569X-RAY DIFFRACTION99
3.2445-3.49480.1981580.14972525X-RAY DIFFRACTION99
3.4948-3.8460.12721280.13292557X-RAY DIFFRACTION99
3.846-4.40160.12791540.122538X-RAY DIFFRACTION99
4.4016-5.54190.15181450.11162567X-RAY DIFFRACTION99
5.5419-34.57090.1461280.13012568X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7046-5.5848-5.52249.59977.33179.1171-0.10530.87330.440.07-0.27741.19850.0403-1.02370.36970.42720.01970.02540.38820.09860.439334.211515.291222.179
23.55120.6287-0.87956.02732.18084.39930.11990.09560.04270.2476-0.20660.3495-0.0446-0.23040.07210.2484-0.03010.0780.25660.04760.178936.69420.716432.6286
33.4044-1.3479-1.15474.08812.76351.9083-0.1155-0.2882-0.04240.79320.1356-0.00010.21810.2901-0.04330.4173-0.0220.03220.32940.04620.239345.94375.367735.6354
44.39310.0911-0.26935.9218-1.84297.3739-0.0260.25480.2201-0.3247-0.1002-0.2658-0.21410.20860.12650.1785-0.02760.07230.3065-0.00930.177647.67385.663118.7846
58.58721.01185.49425.31010.81563.5269-0.3080.58241.0459-0.18020.23231.0407-0.9256-0.0480.14750.35060.02430.02770.42560.04910.47913.75785.806447.514
65.47561.66592.13582.31012.04157.15590.0373-0.15230.1240.0928-0.0388-0.0106-0.01180.54780.00460.2545-0.01290.08040.25710.0350.189929.2208-0.027545.7029
70.66072.1280.27667.02750.5860.6212.09274.5361-2.9966-1.1109-0.818-1.99653.36983.4448-1.27631.31650.4532-0.00051.5868-0.26381.170235.6338-12.352844.7705
82.1459-0.0152-1.94943.7742-0.01587.5595-0.1501-0.3357-0.4907-0.06620.02970.12510.4431-0.05730.13580.3651-0.02850.05520.38220.03450.244821.5015-3.765359.7434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 2:19
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 20:76
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 77:124
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resi 125:188
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 2:18
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 19:106
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resi 107:117
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resi 118:189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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