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- PDB-1yle: The structure of arginine/ornithine succinyltransferase subunit A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1yle | ||||||
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Title | The structure of arginine/ornithine succinyltransferase subunit AI from Pseudomonas aeruginosa. | ||||||
![]() | Arginine N-succinyltransferase, alpha chain | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa / structural genomics / Arginine N-succinyltransferase / acyltransferase / Arginine metabolism / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() arginine N-succinyltransferase / arginine N-succinyltransferase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of arginine/ornithine succinyltransferase subunit AI from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Cuff, M.E. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / MCSG | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 88.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 69.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 37539.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CA / |
#3: Chemical | ChemComp-FMT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: Bis-Tris, magnesium formate, sodium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 150 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2004 / Details: SBC3 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.7→41.74 Å / Num. all: 38436 / Num. obs: 38436 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.172 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→41.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -5.8172 Å / Origin y: 30.8165 Å / Origin z: 17.4967 Å
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