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万見
- PDB-4muq: Crystal Structure of Vancomycin Resistance D,D-dipeptidase VanXYg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4muq
タイトルCrystal Structure of Vancomycin Resistance D,D-dipeptidase VanXYg in complex with D-Ala-D-Ala phosphinate analog
要素D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID / ALPHA+BETA PROTEIN / METALLOPEPTIDASE / HEDGEHOG/DD-PEPTIDASE FOLD / MEROPS M15B SUBFAMILY / ZN2+-DEPENDENT D / D-DIPEPTIDASE / VANCOMYCIN RESISTANCE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #180 / Peptidase M15B / : / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2D8 / Chem-LY0 / Chem-PE3 / D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.364 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Meziane-Cherif, D. / Di Leo, R. / Yim, V. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the evolution of vancomycin resistance D,D-peptidases.
著者: Meziane-Cherif, D. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Courvalin, P.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Other
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32014年5月14日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,82911
ポリマ－29,5881
非ポリマー3,24110
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.895, 43.728, 80.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase / D / D-peptidase / VanXYG


分子量: 29588.361 Da / 分子数: 1 / 断片: VanXYg / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: BM4518 / 遺伝子: vanXYG, vanYG2 / プラスミド: p15-TC lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KHL8

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非ポリマー , 7種, 295分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-LY0 / (2R)-3-[(R)-[(1R)-1-aminoethyl](hydroxy)phosphoryl]-2-methylpropanoic acid


分子量: 195.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO4P
#4: 化合物 ChemComp-2D8 / (2R)-3-[(R)-[(1S)-1-aminoethyl](hydroxy)phosphoryl]-2-methylpropanoic acid


分子量: 195.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO4P
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate and 30% polyethylene glycol (PEG) 8K, 75 mM PHY D-Ala-D-Ala phosphinate analog, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K, pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27689 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27689 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→79.2 Å / Num. obs: 54882 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.36→1.47 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10918 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4F78

4f78


解像度: 1.364→38.395 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 2678 5.09 %random
Rwork0.1619 ---
obs0.1631 54882 96.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.364→38.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 72 285 2411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3973047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.795909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3643-1.37980.33681340.3063231X-RAY DIFFRACTION92
1.3798-1.3960.30631860.28843332X-RAY DIFFRACTION94
1.396-1.41310.26792110.26453280X-RAY DIFFRACTION94
1.4131-1.4310.28141290.25293359X-RAY DIFFRACTION94
1.431-1.44980.2541530.23563343X-RAY DIFFRACTION94
1.4498-1.46970.24952050.22373287X-RAY DIFFRACTION95
1.4697-1.49060.22861500.21263365X-RAY DIFFRACTION95
1.4906-1.51290.24751830.21133334X-RAY DIFFRACTION95
1.5129-1.53650.20731890.1923311X-RAY DIFFRACTION96
1.5365-1.56170.2051800.19983350X-RAY DIFFRACTION95
1.5617-1.58870.17221830.17953339X-RAY DIFFRACTION95
1.5887-1.61750.21361790.17413424X-RAY DIFFRACTION96
1.6175-1.64870.19011830.17263292X-RAY DIFFRACTION96
1.6487-1.68230.17671990.16513437X-RAY DIFFRACTION96
1.6823-1.71890.19521770.16383339X-RAY DIFFRACTION96
1.7189-1.75890.1831980.16133364X-RAY DIFFRACTION97
1.7589-1.80290.20551750.15693393X-RAY DIFFRACTION97
1.8029-1.85160.19051640.1653465X-RAY DIFFRACTION97
1.8516-1.90610.20251920.15143373X-RAY DIFFRACTION97
1.9061-1.96760.16911780.16563456X-RAY DIFFRACTION98
1.9676-2.03790.18011630.15123495X-RAY DIFFRACTION98
2.0379-2.11950.18971880.15063405X-RAY DIFFRACTION98
2.1195-2.2160.16311380.14313493X-RAY DIFFRACTION98
2.216-2.33280.17142240.1473462X-RAY DIFFRACTION99
2.3328-2.47890.18782050.15743476X-RAY DIFFRACTION99
2.4789-2.67030.2081940.15913456X-RAY DIFFRACTION99
2.6703-2.93890.21982050.15893518X-RAY DIFFRACTION99
2.9389-3.3640.19672000.15743494X-RAY DIFFRACTION100
3.364-4.23740.13481760.13493480X-RAY DIFFRACTION100
4.2374-38.41020.14942120.15473417X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11510.25520.62981.32390.18551.5051-0.0318-0.3241-0.20040.24550.04310.03970.2242-0.1121-0.04030.1574-0.00120.01010.13270.03140.103419.2349-10.512320.9115
21.2257-0.0867-0.60461.54120.68492.65190.0136-0.02150.0627-0.1022-0.01880.0952-0.0499-0.1137-0.0050.07130.0013-0.01190.04850.0060.098115.4008-1.83188.2152
32.707-0.7156-0.04192.6735-0.27162.76130.0317-0.0540.268-0.12440.05880.104-0.2705-0.1281-0.0550.1088-0.0050.00990.0602-0.01290.111620.46086.651915.458
43.14910.14440.58014.5232-0.50773.6684-0.0018-0.8262-0.06360.89140.0540.00730.35360.21340.00680.22280.0177-0.03390.34890.00940.070629.0658-5.486334.1969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 0:50
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 51:116
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 117:194
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resi 195:250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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