PDB-4muc: The 4th and 5th C-terminal domains of Factor H related protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4muc

タイトル

The 4th and 5th C-terminal domains of Factor H related protein 1

要素

Complement factor H-related protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Sushi domains / Complement Alternative Pathway / Factor H related proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

complement component C3b binding / complement activation / cytolysis by host of symbiont cells / negative regulation of protein binding / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.897 Å

データ登録者

Bhattacharjee, A. / Goldman, A. / Kolodziejczyk, R. / Jokiranta, T.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Major Autoantibody Epitope on Factor H in Atypical Hemolytic Uremic Syndrome Is Structurally Different from Its Homologous Site in Factor H-related Protein 1, Supporting a Novel ...
著者: Bhattacharjee, A. / Reuter, S. / Trojnar, E. / Kolodziejczyk, R. / Seeberger, H. / Hyvarinen, S. / Uzonyi, B. / Szilagyi, A. / Prohaszka, Z. / Goldman, A. / Jozsi, M. / Jokiranta, T.S.

履歴

登録	2013年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4muc.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4muc.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4muc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4muc_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4muc_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	4muc_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4muc_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4unq-d 4unn-d 1n5k-d 1w2g-d 5z9f-d 1n5l-d 2zi4-1 2jas-2 7dgo-d 1w2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Complement factor H-related protein 1

B: Complement factor H-related protein 1

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.406, 143.406, 77.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

#1: タンパク質	Complement factor H-related protein 1 / FHR-1 / H factor-like protein 1 / H-factor-like 1 / H36 分子量: 14239.248 Da / 分子数: 2 / 断片: Sushi domains 4 and 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: CFHR1, CFHL, CFHL1, CFHL1P, CFHR1P, FHR1, HFL1, HFL2 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q03591
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2 M ammonium sulphate and 0.1 M sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97952 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射	モノクロメーター: ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 10935 / % possible obs: 12.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.897→3.07 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DNA		データ収集
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.897→48.529 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2686	1092	10 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.2132	10921	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.897→48.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1904	0	35	0	1939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.733	714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8972-3.029	0.3708	132	0.3031	1184	X-RAY DIFFRACTION	98
3.029-3.1887	0.3335	133	0.2909	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1887-3.3884	0.3125	132	0.2668	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3884-3.65	0.324	134	0.2263	1206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.0171	0.2299	135	0.1733	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0171-4.598	0.2255	137	0.1649	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
4.598-5.7915	0.2369	139	0.1757	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7915-48.5358	0.275	150	0.2161	1347	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7029	0.4952	-0.4087	3.6419	3.6436	3.9323	-0.4024	-0.7338	-0.4252	1.082	0.3706	0.0999	-0.2799	-0.1047	-0.0195	0.8373	0.0933	-0.1507	0.444	0.0503	0.6914	81.6142	10.5444	52.1251
2	5.6831	0.5422	1.9073	6.297	-4.4473	4.0753	0.1629	-0.1216	-0.7711	-0.3312	0.0579	-0.3567	0.9899	0.4266	-0.3406	0.8912	0.1566	-0.0002	0.4641	-0.0747	0.7063	81.9716	7.7359	39.9746
3	6.6891	-1.669	2.2476	3.2537	0.2181	2.0651	-0.2898	2.046	0.2392	-0.2942	0.274	0.002	-0.4876	-0.2103	-0.056	0.8858	-0.1459	-0.0267	1.0031	0.0355	0.6197	76.0805	13.2656	13.2848
4	0.862	1.2734	0.5753	2.2127	1.8321	3.4907	-0.2433	1.968	0.0201	-0.5408	0.279	-0.3038	-0.6314	0.9341	-0.2126	1.2372	0.1606	0.1565	1.659	0.0592	0.4835	84.4101	9.1445	3.3876
5	9.1068	2.6303	-2.2114	5.2153	-2.3425	1.6116	0.2707	0.6044	0.3685	-0.2451	-0.3801	-0.5439	1.729	-0.4386	0.5324	0.9187	0.0994	-0.206	0.8147	-0.0285	0.5782	83.6852	9.4608	16.8973
6	4.3672	-1.1079	-1.8775	2.9653	1.2189	1.0065	-0.0122	1.0262	0.9124	0.4414	-0.0936	-0.4709	-2.5187	0.7228	0.3784	1.1478	-0.3556	0.0407	0.7248	0.124	0.6463	77.856	24.9237	21.9548
7	5.0016	0.541	0.8454	2.0937	1.1783	0.7219	-0.4094	0.7648	0.6226	-0.1546	0.4355	-0.4914	-1.2123	0.122	-0.0495	1.2014	-0.1474	-0.3363	0.4991	0.1859	0.9671	70.7496	26.4965	22.3493
8	4.0135	-1.5826	0.9437	4.6721	-4.7687	4.9928	0.0399	-0.1667	1.0647	-0.3003	0.3911	0.2942	-2.646	0.4205	-0.6388	1.4458	-0.1078	-0.2514	0.7606	0.103	0.7889	75.7477	26.7868	35.5879
9	4.0058	0.558	1.4788	2.3331	1.1811	2.6063	-0.5399	0.557	1.7955	-0.0531	-0.1425	0.0042	-1.2376	0.4754	-0.6401	1.9407	-0.9077	-0.3988	0.5819	0.2246	1.1587	80.1722	32.2383	25.6433
10	6.869	1.4324	-0.4073	7.271	-2.4714	8.9081	0.1368	-0.9409	-0.7586	-0.1507	0.1033	-0.7946	0.9824	1.2965	-0.4423	1.0736	-0.1409	-0.2355	0.8593	-0.0187	0.7994	89.1282	19.1655	50.5879
11	5.432	-1.4586	1.9767	3.5102	-1.7098	2.4985	-0.2797	-0.6982	-0.5903	1.1018	1.3152	-0.7148	-0.0959	1.4496	-0.1214	1.1997	0.2679	-0.3978	1.9235	-0.2249	0.4374	89.8288	22.5022	62.9306
12	4.3152	-4.0712	0.2255	9.34	-6.2027	6.5507	-1.1069	-0.9854	0.8553	-1.1029	1.4241	0.3529	-0.6577	-0.4363	-0.2391	0.9538	-0.2816	-0.1193	0.7607	-0.1027	0.6161	82.7665	25.3877	51.7747
13	5.6459	-1.3365	3.4196	9.4135	-6.154	5.8296	-0.6711	-0.9796	-0.0633	1.3746	-0.5527	-2.2024	-1.3967	1.8395	0.9633	1.3519	-0.2588	-0.4532	1.4152	-0.0399	1.206	97.5635	25.3607	63.0501
14	5.2981	-2.8807	-2.2386	7.4376	-3.4561	7.9824	-2.2488	-0.306	2.1927	-0.3867	0.2471	-1.2724	-1.1759	1.4365	1.4265	1.128	-0.4126	-0.2057	1.1784	-0.0997	1.0794	94.5388	25.6892	53.1561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 205 through 231 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 270 through 300 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 301 through 313 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 314 through 327 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 205 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 217 through 231 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 241 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 242 through 260 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 261 through 275 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 276 through 285 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 286 through 294 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 295 through 313 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 314 through 329 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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