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- PDB-4msj: Crystal structure of S. pombe AMSH-like protease SST2 catalytic d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4msj
タイトルCrystal structure of S. pombe AMSH-like protease SST2 catalytic domain from P212121 space group
要素AMSH-like protease sst2
キーワードHYDROLASE / helix-beta-helix sandwich / ubiquitin / deubiquitination / zinc metalloprotease / lysine 63-linked polyubiquitin / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


Metalloprotease DUBs / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / late endosome to vacuole transport / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cell division site ...Metalloprotease DUBs / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / late endosome to vacuole transport / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cell division site / ubiquitin binding / endosome / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. ...STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / PHOSPHATE ION / AMSH-like protease sst2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shrestha, R.K. / Ronau, J.A. / Das, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Insights into the Mechanism of Deubiquitination by JAMM Deubiquitinases from Cocrystal Structures of the Enzyme with the Substrate and Product.
著者: Shrestha, R.K. / Ronau, J.A. / Davies, C.W. / Guenette, R.G. / Strieter, E.R. / Paul, L.N. / Das, C.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMSH-like protease sst2
B: AMSH-like protease sst2
C: AMSH-like protease sst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,19421
ポリマ－65,9453
非ポリマー1,24918
水3,927218
1
A: AMSH-like protease sst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,68811
ポリマ－21,9821
非ポリマー70610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AMSH-like protease sst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2375
ポリマ－21,9821
非ポリマー2554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AMSH-like protease sst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2705
ポリマ－21,9821
非ポリマー2884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.799, 58.066, 187.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 AMSH-like protease sst2 / Suppressor of ste12 deletion protein 2


分子量: 21981.732 Da / 分子数: 3 / 断片: catalytic domain, UNP residues 245-435 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972/ATCC 24843 / 遺伝子: sst2, SPAC19B12.10 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9P371, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20% w/v PEG 3350, 1.0 M glycine, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月7日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 56615 / Num. obs: 55256 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.628 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 4JXE

4jxe


解像度: 1.8→47.31 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 2809 5.09 %
Rwork0.2015 --
obs0.2033 55187 97.44 %
all-56637 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4428 0 58 218 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1466202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7471682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82940.28761130.24822335X-RAY DIFFRACTION87
1.8294-1.86270.321480.23872520X-RAY DIFFRACTION97
1.8627-1.89850.26481480.23952575X-RAY DIFFRACTION97
1.8985-1.93730.23891300.22932559X-RAY DIFFRACTION96
1.9373-1.97940.31371350.2292562X-RAY DIFFRACTION98
1.9794-2.02550.23841240.22522598X-RAY DIFFRACTION97
2.0255-2.07610.2841400.22622541X-RAY DIFFRACTION96
2.0761-2.13230.28271490.22662586X-RAY DIFFRACTION98
2.1323-2.1950.26981330.22332589X-RAY DIFFRACTION97
2.195-2.26580.24211480.21582600X-RAY DIFFRACTION97
2.2658-2.34680.2591270.22082631X-RAY DIFFRACTION98
2.3468-2.44080.28241310.21512609X-RAY DIFFRACTION98
2.4408-2.55190.25181350.22582651X-RAY DIFFRACTION99
2.5519-2.68640.26421400.22522660X-RAY DIFFRACTION99
2.6864-2.85470.22271480.2252688X-RAY DIFFRACTION99
2.8547-3.07510.27371510.22652674X-RAY DIFFRACTION99
3.0751-3.38440.27081530.21032680X-RAY DIFFRACTION99
3.3844-3.8740.20711440.19082728X-RAY DIFFRACTION99
3.874-4.880.18431490.15252719X-RAY DIFFRACTION99
4.88-47.32610.21151630.17382873X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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