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- PDB-4mry: Crystal Structure of Ca(2+)- discharged Y138F obelin mutant from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mry
タイトルCrystal Structure of Ca(2+)- discharged Y138F obelin mutant from Obelia longissima at 1.30 Angstrom resolution
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / calcium binding / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.299 Å
データ登録者Natashin, P.V. / Ding, W. / Eremeeva, E.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of the Ca2+-regulated photoprotein obelin Y138F mutant before and after bioluminescence support the catalytic function of a water molecule in the reaction.
著者: Natashin, P.V. / Ding, W. / Eremeeva, E.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7555
ポリマ－22,2231
非ポリマー5324
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.614, 57.112, 68.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22222.904 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A, Y138F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pOL-138F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE / セレンテラミド


分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium nitrate, 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.299→50 Å / Num. all: 40375 / Num. obs: 40375 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 10.24 Å2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible all: 65.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F8P

2f8p


解像度: 1.299→34.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1931 2000 4.96 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.2211 40375 --
obs0.175 40315 94.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 46.25 Å2 / Biso mean: 13.5495 Å2 / Biso min: 4.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.299→34.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 34 297 1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1392318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.759651
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2994-1.33190.2335930.25121794188763
1.3319-1.36790.25941150.23032183229877
1.3679-1.40810.21521310.21662518264988
1.4081-1.45360.26891440.19692770291497
1.4536-1.50550.20451490.18732849299899
1.5055-1.56580.22671500.170628623012100
1.5658-1.63710.18411490.163528653014100
1.6371-1.72340.19341500.162328793029100
1.7234-1.83140.21021520.175329003052100
1.8314-1.97270.20861510.175528983049100
1.9727-2.17120.20341520.173229093061100
2.1712-2.48530.17541530.168929253078100
2.4853-3.1310.16931540.172729563110100
3.131-34.6750.17631570.16133007316497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.474 Å / Origin y: 23.7732 Å / Origin z: 16.7279 Å
111213212223313233
T0.0466 Å2-0.013 Å20.0098 Å2-0.0319 Å2-0.005 Å2--0.0367 Å2
L0.7163 °20.2127 °20.0257 °2-0.3533 °20.0009 °2--0.4404 °2
S0.0048 Å °0.012 Å °0.0706 Å °0.0065 Å °-0.0203 Å °-0 Å °0.0503 Å °-0.0337 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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