[日本語] English
万見
- PDB-3cn9: Crystal Structure Analysis of the Carboxylesterase PA3859 from Ps... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cn9
タイトルCrystal Structure Analysis of the Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa PAO1- orthorhombic crystal form
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold super-family
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Lamba, D. / Pesaresi, A.
引用
ジャーナル: Biochimie / 年: 2010
タイトル: Insights into the fatty acid chain length specificity of the carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa: A combined structural, biochemical and computational study.
著者: Pesaresi, A. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: CURR.MICROBIOL. / 年: 2005
タイトル: Isolation, Characterization, and Heterologous Expression of a Carboxylesterase of Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Pesaresi, A. / Devescovi, G. / Lamba, D. / Venturi, V. / Degrassi, G.
#2: ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.ACTA PROTEINS & PROTEOMICS / 年: 2005
タイトル: Crystallization, X-ray Diffraction Analysis and Phasing of Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Pesaresi, A. / Lamba, D.
履歴
登録2008年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3895
ポリマ－49,4402
非ポリマー9493
水5,386299
1
A: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2553
ポリマ－24,7201
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1342
ポリマ－24,7201
非ポリマー4141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.423, 96.363, 68.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Carboxylesterase


分子量: 24719.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3859 / プラスミド: pQE-31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (pREP4) / 参照: UniProt: Q9HXE7, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 200mM AMS, 100 mM MES, 30% w/v PEG-MME 5000, squared bipyramids appeared within 7 to 10 days, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.278
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日 / 詳細: THREE-SEGMENT PT-COATED TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.278 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→29.05 Å / Num. obs: 36106 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.1 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUO, CHAIN A

1auo


解像度: 2.09→29.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1173999.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3602 10 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 36106 95.5 %-
all-36512 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76.92 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----2.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 64 299 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.4221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.0512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.2752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 526 10.1 %
Rwork0.222 4686 -
obs--83.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る