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- PDB-4mq2: The crystal structure of DYRK1a with a bound pyrido[2,3-d]pyrimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mq2
タイトルThe crystal structure of DYRK1a with a bound pyrido[2,3-d]pyrimidine inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / dyrk1a / dyrk1b / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization ...regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / tubulin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / circadian rhythm / tau protein binding / nervous system development / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2C4 / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lukacs, C.M. / Janson, C.A. / Garvie, C. / Liang, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Pyrido[2,3-d]pyrimidines: Discovery and preliminary SAR of a novel series of DYRK1B and DYRK1A inhibitors.
著者: Anderson, K. / Chen, Y. / Chen, Z. / Dominique, R. / Glenn, K. / He, Y. / Janson, C. / Luk, K.C. / Lukacs, C. / Polonskaia, A. / Qiao, Q. / Railkar, A. / Rossman, P. / Sun, H. / Xiang, Q. / ...著者: Anderson, K. / Chen, Y. / Chen, Z. / Dominique, R. / Glenn, K. / He, Y. / Janson, C. / Luk, K.C. / Lukacs, C. / Polonskaia, A. / Qiao, Q. / Railkar, A. / Rossman, P. / Sun, H. / Xiang, Q. / Vilenchik, M. / Wovkulich, P. / Zhang, X.
履歴
登録2013年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,79119
ポリマ－168,3264
非ポリマー3,46515
水2,180121
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1396
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,0575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2357
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,1546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7093
ポリマ－42,0821
非ポリマー6272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7093
ポリマ－42,0821
非ポリマー6272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.097, 65.161, 138.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.605305, -0.795178, -0.036024), (-0.795363, 0.602406, 0.067114), (-0.031666, 0.069277, -0.997095)19.81938, 14.32428, -103.90282
3given(0.833953, 0.477848, -0.276013), (0.486012, -0.872905, -0.042769), (-0.26137, -0.098478, -0.960202)11.45065, -0.8031, -44.4834
4given(0.891535, -0.369992, -0.261289), (-0.381315, -0.924411, 0.007918), (-0.244467, 0.092574, -0.965228)50.64078, 1.25081, -80.59571

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 127-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物
ChemComp-2C4 / methyl 4-chloro-3-{[(2-methoxy-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl)carbonyl]amino}benzoate


分子量: 388.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13ClN4O5
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 300, 0.1M LiSO4, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 53115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2vx3

2vx3


解像度: 2.8→36.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.571 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.784 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25754 2652 5 %RANDOM
Rwork0.18991 ---
obs0.19327 50463 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0 Å2-0.6 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10918 0 226 121 11265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911409
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.98715405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8663.00624838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60551343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42323.916526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.727151946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1251564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7645.3395402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7645.3395401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7947.9896732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.7937.996733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6565.5786007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6555.5786008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7058.2718673
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.01542.76213154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.01742.7713142
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 196 -
Rwork0.284 3699 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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