PDB-4moe: Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 3-fluorinated glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4moe

タイトル

Pyranose 2-oxidase H450G mutant with 3-fluorinated glucose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4mofC 4mogC 4mohC 4moiC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mooC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4m-1 1tzl-1 3lsh-d 4mom-d 1tt0-d 3lsi-1 4mok-d 1tzl-2 2ign-1 3k4n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

289 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.068, 102.742, 137.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70472.961 Da / 分子数: 4 / 変異: H450G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase

#3: 糖

ChemComp-G3F / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucose / 3-deoxy-3-fluoro-D-glucose / 3-deoxy-3-fluoro-glucose / 3-デオキシ-3-フルオロ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

-
非ポリマー , 4種, 1129分子

#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000 , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: Multilayer mirror
放射	モノクロメーター: Bent Si(111) crystal, horisontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→57.19 Å / Num. all: 214367 / Num. obs: 214367 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 8.047 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	3290	1.8 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.196	180555	97.7 %	-
all	-	180555	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.48 Å²	0 Å²	-0.42 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18119	0	376	1116	19611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	18988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.012	1.97	25814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.034	3	31266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.024	5	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.966	24.497	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.675	15	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.274	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	20907
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.11 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	481	-
R_work	0.242	25975	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2328	0.033	0.1927	0.3722	0.1139	0.4129	0.0126	-0.0181	-0.0073	0.0106	0.0105	-0.0492	0.0381	-0.0095	-0.0231	0.1151	-0.0073	0.0098	0.1277	-0.0019	0.1432	18.0752	46.2059	128.2441
2	0.7152	-0.0947	-0.26	0.3772	0.1938	0.3985	-0.0214	0.0019	0.0095	0.0264	0.0466	-0.1249	0.0008	0.06	-0.0252	0.0963	-0.0064	-0.0268	0.1111	-0.0224	0.1558	36.1791	53.784	133.8703
3	1.1031	-0.2475	-0.3214	1.4742	0.1534	1.69	0.0441	0.0103	0.0909	-0.0423	0.017	0.1471	-0.1603	-0.2147	-0.0611	0.1041	0.0002	-0.0102	0.1398	-0.0325	0.1777	11.4456	62.1192	133.7233
4	1.112	-0.1651	0.3038	1.1299	0.2314	0.8112	0.0495	0.0563	-0.2628	0.0654	0.1112	-0.2232	0.1518	0.19	-0.1607	0.0821	0.0154	-0.0167	0.1314	-0.0621	0.228	50.2009	36.0373	117.7939
5	0.5149	-0.1365	-0.219	0.412	0.2499	0.5444	0.0139	0.0132	0.0442	-0.0249	0.0202	-0.0327	-0.0669	-0.0066	-0.0342	0.1048	-0.0054	0.0006	0.1004	-0.0058	0.1387	26.0607	60.5889	124.2229
6	0.2467	0.0589	-0.1738	0.3539	-0.1	0.5754	0.0241	-0.0164	-0.0081	-0.0025	0.0093	-0.0564	-0.0098	0.0649	-0.0334	0.0984	-0.001	-0.0224	0.1232	-0.0084	0.1417	27.8967	23.8199	129.609
7	0.768	-0.1299	0.1194	0.3249	-0.1148	0.3353	-0.0253	-0.0483	-0.0789	0.0517	0.0193	0.0405	0.0186	-0.0484	0.006	0.1208	-0.0025	0.0036	0.1189	0.014	0.124	10.0379	17.3958	137.9018
8	1.4705	0.1839	0.2896	1.4214	-0.1747	1.6419	0.0437	0.0112	-0.0927	-0.0233	-0.0085	-0.2453	0.1786	0.1801	-0.0352	0.096	0.029	-0.0225	0.1245	0.0271	0.1941	35.3524	8.5453	137.2263
9	0.9221	-0.6072	-0.1566	1.0329	0.0499	0.5106	0.0168	0.0106	0.0635	-0.0131	0.0296	0.0552	-0.0689	-0.0661	-0.0464	0.113	-0.0069	-0.003	0.1294	0.0096	0.1264	-4.0897	31.7751	120.316
10	0.4109	-0.1337	0.1819	0.3337	-0.194	0.4298	0.0226	-0.0034	-0.0777	-0.0236	-0.0029	-0.0534	0.0535	0.0375	-0.0196	0.1089	0.0052	-0.0102	0.1016	0.0019	0.1317	19.9773	8.549	128.8722
11	0.2269	0.1578	0.1726	0.3231	0.2347	0.2961	0.0093	0.0455	-0.0185	-0.1007	0.0383	-0.053	-0.0397	0.0615	-0.0476	0.1755	-0.0094	0.001	0.1361	0	0.0456	9.8611	37.1525	80.3256
12	0.2227	-0.0067	0.0955	0.6612	-0.2683	0.6963	0.0221	0.0499	-0.0444	-0.0608	-0.0085	0.0349	0.0598	-0.0232	-0.0136	0.1772	-0.0015	-0.0277	0.1348	-0.0283	0.049	0.7009	19.6875	74.7151
13	1.1729	-0.1138	-0.0854	1.2368	-0.1036	1.9552	0.0045	0.0251	0.191	-0.0993	0.0167	0.0739	-0.3291	-0.186	-0.0212	0.2071	0.0205	-0.0481	0.1128	0.0127	0.0715	-5.5837	45.0026	73.6061
14	0.6778	-0.0533	0.0398	1.5165	0.1227	0.9349	-0.0295	0.1051	-0.2082	-0.0473	0.0832	-0.3206	0.3074	0.2319	-0.0537	0.1588	0.0376	0.0048	0.1225	-0.0566	0.1432	20.8795	-1.5349	92.6413
15	0.2155	-0.1533	0.2265	0.5547	-0.1896	0.6662	0.0093	0.0499	0.01	-0.0655	0.0139	0.0006	-0.0297	-0.0206	-0.0232	0.1483	-0.0024	-0.0099	0.1489	-0.0023	0.0731	-2.1398	27.3607	85.2197
16	0.4934	0.0557	-0.0153	0.4206	-0.0697	0.4728	0.0049	0.2039	-0.0141	-0.1488	0.0588	-0.1414	-0.0617	0.1106	-0.0637	0.125	-0.0211	0.0772	0.1796	-0.0697	0.083	34.9826	28.9579	78.8721
17	0.8687	-0.1584	0.1832	0.9765	0.3411	0.973	0.0219	0.3708	-0.0958	-0.3854	-0.018	-0.064	-0.1808	0.1091	-0.0038	0.2125	-0.0329	0.0774	0.2449	-0.0552	0.0621	37.0566	37.0743	69.0685
18	2.2198	0.7766	-0.9397	1.1685	1.1127	3.0407	-0.0634	-0.0343	-0.595	-0.1101	0.2604	-0.5914	0.0686	0.3719	-0.197	0.1098	-0.0181	0.13	0.1887	-0.1453	0.3979	49.696	18.7109	78.4036
19	1.1085	-0.5046	0.3439	1.1521	-0.1006	0.5528	-0.0783	0.132	0.0404	-0.1141	0.0506	0.0166	-0.1463	-0.032	0.0277	0.1943	-0.0387	0.0351	0.1702	0.0197	0.0796	25.7215	58.9781	87.3958
20	0.4934	-0.1899	0.0032	0.5424	0.3723	0.5588	-0.0096	0.2126	-0.0998	-0.1236	0.0909	-0.1869	0.0098	0.1918	-0.0814	0.0838	-0.0232	0.1067	0.2033	-0.0926	0.1677	46.9933	31.8042	80.8273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	159 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	359 - 469
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	470 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 160
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	161 - 293
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	294 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	357 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	475 - 618
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	45 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	159 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	294 - 358
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	359 - 428
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	429 - 618
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	45 - 192
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	193 - 314
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	315 - 358
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	359 - 472
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	473 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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