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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mny | ||||||
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タイトル | Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / competitive inhibitor / bicyclic peptide / inhibitor / protease / N / N' / N''-(benzene-1 / 3 / 5-triyl)tris(2-bromoacetamide) (TBAB) cyclization / extracellular / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S. / Pojer, F. / Heinis, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Peptide ligands stabilized by small molecules. 著者: Chen, S. / Bertoldo, D. / Angelini, A. / Pojer, F. / Heinis, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 27586.420 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 179-423) / 変異: C122A, N145Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 5種, 443分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/29O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/29O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25 詳細: 20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45.68 Å / Num. all: 56805 / Num. obs: 56805 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7709 / % possible all: 92.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.091 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.24 Å
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拘束条件 |
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