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万見
- PDB-4mn3: Chromodomain antagonists that target the polycomb-group methyllys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mn3
タイトルChromodomain antagonists that target the polycomb-group methyllysine reader protein Chromobox homolog 7 (CBX7)
要素
  • Chromobox protein homolog 7
  • peptide
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / chromobox domain 7
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / PcG protein complex / chromatin organization / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...Chromobox protein homolog 7 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic peptide (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.542 Å
データ登録者Chakravarthi, S. / Daze, K. / Douglas, S. / Quon, T. / Dev, A. / Peng, F. / Heller, M. / Boulanger, M.J. / Wulff, J. / Hof, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Chromodomain Antagonists That Target the Polycomb-Group Methyllysine Reader Protein Chromobox Homolog 7 (CBX7).
著者: Simhadri, C. / Daze, K.D. / Douglas, S.F. / Quon, T.T. / Dev, A. / Gignac, M.C. / Peng, F. / Heller, M. / Boulanger, M.J. / Wulff, J.E. / Hof, F.
履歴
登録2013年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 7
B: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0367
ポリマ－7,4992
非ポリマー5375
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.290, 31.860, 38.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 7


分子量: 6816.852 Da / 分子数: 1 / 断片: protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95931
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 681.824 Da / 分子数: 1 / 断片: peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic peptide (人工物)

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非ポリマー , 4種, 45分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月2日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→29.5 Å / Num. all: 9095 / Num. obs: 8874 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / % possible all: 86.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.542→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.6 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21265 431 4.7 %RANDOM
Rwork0.17221 ---
obs0.17416 8664 90.73 %-
all-9095 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.542→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数531 0 26 40 597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1391.999747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01831302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.046559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.06823.07726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.22515100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.894154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2491.897243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1781.893242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3542.851299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3572.851300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.552.343322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5312.342322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0173.282449
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.79116.246642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.78716.28643
LS精密化 シェル解像度: 1.542→1.582 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 25 -
Rwork0.231 606 -
obs--86.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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