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- PDB-4mmd: Crystal structure of LeuBAT (delta6 mutant) in complex with (S)-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mmd
タイトルCrystal structure of LeuBAT (delta6 mutant) in complex with (S)-duloxetine
要素Transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter
機能・相同性nitrogen compound transport / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / Chem-29E / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, H. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for action by diverse antidepressants on biogenic amine transporters.
著者: Wang, H. / Goehring, A. / Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Ressler, R. / Gouaux, E.
履歴
登録2013年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
B: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,70111
ポリマ－116,1372
非ポリマー1,5649
水2,144119
1
A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2897
ポリマ－58,0681
非ポリマー1,2216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4124
ポリマ－58,0681
非ポリマー3433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area36940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.409, 92.207, 88.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transporter


分子量: 58068.391 Da / 分子数: 2 / 変異: N21Y, G24D, T254S, S256G, Y265F, I359G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-29E / (3S)-N-methyl-3-(naphthalen-1-yloxy)-3-(thiophen-2-yl)propan-1-amine / Duloxetine / デュロキセチン


分子量: 297.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19NOS / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 100 mM glycine (pH9.4), 0.1 M Li2SO4, 29%-31% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 60030 / Num. obs: 59970 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1402)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.984 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 3026 5.05 %random
Rwork0.2128 ---
obs0.2144 59868 99.58 %-
all-60030 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8022 0 106 119 8247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03111405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0182929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33550.3561980.29092502X-RAY DIFFRACTION96
2.3355-2.37380.34521450.26662595X-RAY DIFFRACTION100
2.3738-2.41470.32151460.27752544X-RAY DIFFRACTION100
2.4147-2.45860.3081360.27562550X-RAY DIFFRACTION99
2.4586-2.50590.34831260.25882576X-RAY DIFFRACTION100
2.5059-2.5570.30931460.23972597X-RAY DIFFRACTION100
2.557-2.61260.26011380.23972575X-RAY DIFFRACTION100
2.6126-2.67340.25891290.21862567X-RAY DIFFRACTION100
2.6734-2.74020.30491310.20642584X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-2.81430.23941470.19322588X-RAY DIFFRACTION100
2.8143-2.8970.24071340.19892588X-RAY DIFFRACTION100
2.897-2.99050.27591490.19762570X-RAY DIFFRACTION100
2.9905-3.09730.25041350.19712592X-RAY DIFFRACTION100
3.0973-3.22130.24021350.20422578X-RAY DIFFRACTION100
3.2213-3.36780.2331460.20242600X-RAY DIFFRACTION100
3.3678-3.54520.19271390.20192613X-RAY DIFFRACTION100
3.5452-3.76710.24771300.19562572X-RAY DIFFRACTION100
3.7671-4.05760.24171400.20912591X-RAY DIFFRACTION100
4.0576-4.46520.18631460.21152593X-RAY DIFFRACTION100
4.4652-5.10980.24581320.19272612X-RAY DIFFRACTION100
5.1098-6.43180.2411550.23442607X-RAY DIFFRACTION100
6.4318-35.98810.23971430.20922648X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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