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- PDB-4mll: The 1.4 A structure of the class D beta-lactamase OXA-1 K70D comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mll
タイトルThe 1.4 A structure of the class D beta-lactamase OXA-1 K70D complexed with oxacillin
要素Beta-lactamase OXA-1
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / Hydrolase / Oxacillinase / Antibiotic Resistance / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S6 / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase OXA-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者June, C.M. / Vallier, B.C. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Structural Origins of Oxacillinase Specificity in Class D beta-Lactamases.
著者: June, C.M. / Vallier, B.C. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年10月9日ID: 4F7Y
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-1
B: Beta-lactamase OXA-1
C: Beta-lactamase OXA-1
D: Beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,22018
ポリマ－112,5874
非ポリマー2,63314
水17,024945
1
A: Beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9536
ポリマ－28,1471
非ポリマー8075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6453
ポリマ－28,1471
非ポリマー4982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7404
ポリマ－28,1471
非ポリマー5933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8825
ポリマ－28,1471
非ポリマー7354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.919, 72.609, 73.446
Angle α, β, γ (deg.)80.90, 69.87, 71.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase OXA-1 / Penicillinase


分子量: 28146.738 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-276 / 変異: K70D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, bla oxa1, oxa1 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13661, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-1S6 / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-{[(5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-1,3-thiazolidine-4-carb oxylic acid / Oxacillin, bound form


分子量: 403.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N3O5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1 M NaCl, 0.05 M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 187539 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M6K

1m6k


解像度: 1.37→33.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.068 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19581 9375 5 %RANDOM
Rwork0.16316 ---
obs0.16476 178142 94.75 %-
all-187539 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.186 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å2-0.01 Å20.28 Å2
2--0.86 Å20.07 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→33.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7884 0 171 945 9000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.028531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.96311599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838318508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70551070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05526.314388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.903151520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2491513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.029697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0711.8454120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.071.8444119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8212.7635148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4742.1684411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.367→1.402 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 684 -
Rwork0.255 12447 -
obs--89.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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