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- PDB-4mlk: 3.05A resolution structure of CT584 from Chlamydia trachomatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlk
タイトル3.05A resolution structure of CT584 from Chlamydia trachomatis
要素CT584 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CT584 / Chlamydia / hypothetical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1050 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1130 / CT_584-like / CT_584-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.051 Å
データ登録者Hickey, J. / Lovell, S. / Kemege, K. / Barta, M.L. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of CT584 from Chlamydia trachomatis refined to 3.05 angstrom resolution.
著者: Barta, M.L. / Hickey, J. / Kemege, K.E. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CT584 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4501
ポリマ－22,4501
非ポリマー00
水00
1
A: CT584 protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6996
ポリマ－134,6996
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area24530 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area43720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.236, 112.236, 82.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 CT584 protein


分子量: 22449.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: L2/434/Bu / 遺伝子: CTL0847 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0B8F8, UniProt: A0A0H3MCR9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.05M sodium cacodylate 0.2M ammonium acetate, 0.01M magnesium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.051→62.708 Å / Num. all: 3900 / Num. obs: 3900 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 75.53 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.05-3.2110.50.7131.158125510.713100
3.21-3.4110.40.4051.955475320.405100
3.41-3.6510.20.2772.750654950.277100
3.65-3.949.90.1714.446604720.171100
3.94-4.319.20.0868.739634290.086100
4.31-4.829.60.05712.637673930.057100
4.82-5.579.50.05912.633233500.059100
5.57-6.8210.50.0661131072960.066100
6.82-9.6410.20.03714.524442390.037100
9.64-62.7088.70.0321812381430.03299.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.05 Å62.71 Å
Translation3.05 Å62.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化解像度: 3.051→32.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.72 / 位相誤差: 30.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 178 4.57 %
Rwork0.2253 3717 -
obs0.2267 3895 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.24 Å2 / Biso mean: 75.3667 Å2 / Biso min: 25.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.051→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 0 0 1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0741691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.273474
LS精密化 シェル解像度: 3.0507→32.4016 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 178 -
Rwork0.2253 3717 -
all-3895 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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