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- PDB-3q9d: Crystal Structure of Cpn0803 from C. pneumoniae. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9d
タイトルCrystal Structure of Cpn0803 from C. pneumoniae.
要素Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Coiled-coil / Needle Tip TypeIII Secretion System
機能・相同性
機能・相同性情報


Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1050 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1130 / CT_584-like / CT_584-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydophila pneumoniae (肺炎クラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stone, C.B. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Mahony, J.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Cpn0803 from C. pneumoniae.
著者: Stone, C.B. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Mahony, J.B.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
B: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2372
ポリマ－51,2372
非ポリマー00
水4,414245
1
A: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
B: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832

A: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
B: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832

A: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832
B: Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,7106
ポリマ－153,7106
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area27250 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area47830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.392, 86.392, 99.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-236-

HOH

31B-207-

HOH

41B-292-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein CPn_0803/CP_1068/CPj0803/CpB0832


分子量: 25618.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydophila pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: CPn_0803, CP_1068, CPj0803, CpB0832 / プラスミド: pDest17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z7A3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 0.2M potassium nitrate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X29A10.979
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年11月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年6月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSADMx-ray1
2SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.11
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28547 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 2.09
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_597)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→43.196 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 1416 5.11 %
Rwork0.1758 --
obs0.1774 27704 97.13 %
all-27704 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3308 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.3308 Å20 Å2
3----0.8908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 0 0 245 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2334117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5691184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07130.22141540.18082396X-RAY DIFFRACTION90
2.0713-2.15430.21371380.16472521X-RAY DIFFRACTION93
2.1543-2.25230.21991290.17182588X-RAY DIFFRACTION96
2.2523-2.3710.23261370.17172626X-RAY DIFFRACTION97
2.371-2.51960.2431480.18322638X-RAY DIFFRACTION98
2.5196-2.71410.19151470.18522658X-RAY DIFFRACTION98
2.7141-2.98710.22491490.18372673X-RAY DIFFRACTION99
2.9871-3.41920.23221280.19262710X-RAY DIFFRACTION100
3.4192-4.30730.18841620.16012708X-RAY DIFFRACTION100
4.3073-43.20610.18621240.17392770X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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