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- PDB-4mli: Crystal structure of the SpyTag/SpyCatcher complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mli
タイトルCrystal structure of the SpyTag/SpyCatcher complex
要素
  • Fibronectin binding protein
  • SpyTag
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Isopeptide bond / SpyCatcher / Protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold ...Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, L. / Fierer, J.O. / Rapoport, T.A. / Howarth, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2014
タイトル: Structural Analysis and Optimization of the Covalent Association between SpyCatcher and a Peptide Tag.
著者: Li, L. / Fierer, J.O. / Rapoport, T.A. / Howarth, M.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin binding protein
C: Fibronectin binding protein
B: SpyTag
D: SpyTag


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7834
ポリマ-27,7834
非ポリマー00
2,864159
1
A: Fibronectin binding protein
B: SpyTag


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8912
ポリマ-13,8912
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5560 Å2
手法PISA
2
C: Fibronectin binding protein
D: SpyTag


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8912
ポリマ-13,8912
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.621, 38.527, 44.491
Angle α, β, γ (deg.)83.70, 78.25, 89.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Fibronectin binding protein


分子量: 12415.537 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 440-552 / 変異: E473I, Y508M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: CnaB2, fba2 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8G9G1
#2: タンパク質・ペプチド SpyTag


分子量: 1475.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Acetate 0.1M pH4.5, PEG3350 30%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 11842 / Num. obs: 9604 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 23.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 9.18
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 510 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2x5p
解像度: 2.1→38.288 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 450 4.94 %random
Rwork0.1983 ---
all0.1996 11935 --
obs0.1996 9109 76.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 0 159 1615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6922183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.351598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.40320.24951470.19952805X-RAY DIFFRACTION74
2.4032-3.02750.26531540.22553017X-RAY DIFFRACTION80
3.0275-38.29470.20241490.18612837X-RAY DIFFRACTION75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00963.2462-8.50782.0034-4.5992.00170.12150.89810.0676-1.40450.09980.82120.1907-0.9603-0.17610.46610.0268-0.00910.5576-0.12830.342144.68458.804868.1701
23.6706-0.35980.64053.56680.11233.267-0.26890.1666-0.6777-0.00240.0273-0.13450.10510.09010.22750.1548-0.0070.0730.1536-0.01060.300358.78535.274678.0098
36.585-4.56133.40412.003-3.23038.1984-0.07870.52480.0244-0.3218-0.36080.20750.0328-0.28980.46250.4766-0.1303-0.0970.4663-0.14150.32450.74613.010362.4459
43.4046-0.8283-0.29183.5918-0.33261.887-0.0586-0.2218-0.41830.4255-0.1722-0.01510.43040.09060.1770.3470.04630.09020.19150.04190.74562.7107-4.370181.5866
54.9348-0.0501-1.24253.16270.08884.0755-0.0492-0.40220.35520.1365-0.0197-0.0217-0.24130.13620.04270.14570.0183-0.01330.15-0.02710.21572.889517.387686.4458
64.98581.0079-1.36843.7568-1.37513.60170.1528-0.16030.6077-0.0784-0.2307-0.2614-0.33390.3706-0.13130.3386-0.0407-0.04340.1908-0.00730.463878.820627.025980.7667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 22:26 )A22 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 27:94 )A27 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 95:103 )A95 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 111:122 )B111 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 22:104 )C22 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 111:122 )D111 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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