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- PDB-4mlf: Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlf
タイトルCrystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin
要素
  • (Thrombin) x 2
  • Hirudin variant-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease / ligand binding / hirudin / thrombin / conformational selection / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway ...negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I / Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain ...Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I / Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Prothrombin / Hirudin variant-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vogt, A.D. / Pozzi, N. / Chen, Z. / Di Cera, E.
引用
ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2014
タイトル: Essential role of conformational selection in ligand binding.
著者: Vogt, A.D. / Pozzi, N. / Chen, Z. / Di Cera, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Molecular dissection of Na+ binding to thrombin.
著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Di Cera, E.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin
B: Thrombin
D: Hirudin variant-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9658
ポリマ－40,5443
非ポリマー4215
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.506, 89.506, 133.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Thrombin


分子量: 29779.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Thrombin heavy chain (UNP residues 364-622) / Mutation: D102N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / Cell (発現宿主): Kidney Fibroblast Cells (BHK-21)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質 Hirudin variant-1 / Hirudin-1 / Hirudin-I / Lepirudin


分子量: 6973.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01050

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin


分子量: 3791.204 Da / 分子数: 1 / 断片: Thrombin light chain (UNP residues 331-363) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / Cell (発現宿主): Kidney Fibroblast Cells (BHK-21)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, thrombin
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 102分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月11日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.28 Å / Num. all: 28265 / Num. obs: 26993 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): -0.5 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.247.10.4813.313520.48197.6
2.24-2.287.50.4633.513220.46396.5
2.28-2.327.50.4353.713320.43596.2
2.32-2.377.70.414413370.41496.8
2.37-2.427.70.3814.313510.38196.2
2.42-2.4880.3694.713320.36996.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREPfrom ccp4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SHH

1shh


解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.225 / SU ML: 0.145 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -0.5 / σ(I): -0.5 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 1348 5 %RANDOM
Rwork0.19818 ---
obs0.19996 25485 95.16 %-
all-26781 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.611 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2802 0 27 98 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.9673925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7985350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18224.317139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53115508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4871.51758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92322822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77131147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8774.51103
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 113 -
Rwork0.322 1861 -
obs-1861 96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6794-2.167910.38462.9416-2.050912.8879-0.55460.40640.8085-0.2648-0.0236-0.2766-1.09380.38860.57820.4210.08960.31170.11490.12410.538411.41159.3156-17.7248
24.12911.25883.99145.8194-1.043110.04380.2568-0.1775-0.02480.52570.12760.56940.5523-1.3328-0.38440.1452-0.05320.04120.29580.00960.15995.07270.2189-7.7485
31.6161-0.72970.46615.0804-0.49992.84390.16780.2523-0.3373-0.1326-0.03880.03070.00840.012-0.12890.0660.0151-0.03140.0706-0.0750.091319.1667-7.3595-20.8459
46.634-0.65330.70643.51440.35142.81450.04850.2757-0.2114-0.45070.179-0.50270.13720.1194-0.22750.13480.00910.06610.071-0.05150.099928.3249-0.8894-20.7072
56.07981.17722.31443.26760.67523.30770.18020.2451-0.166-0.3382-0.0244-0.64160.21090.5305-0.15580.16910.09110.09520.2145-0.0540.175928.2642-7.4068-25.7849
64.1287-0.20860.8392.64350.0883.76670.1330.25990.1604-0.1333-0.0014-0.5159-0.10920.4586-0.13160.08690.0030.06490.0713-0.02670.190629.19032.9672-17.9719
71.3196-0.1929-0.03663.71872.88074.0267-0.0296-0.1890.04840.21580.0365-0.04370.0885-0.0127-0.00690.08990.03780.01170.0689-0.01020.027817.0338-2.6679-6.3977
80.0027-0.2186-0.191323.093716.238915.8258-0.03080.0093-0.011-0.0998-0.21791.1993-0.3207-0.62880.24870.23650.05420.03240.1876-0.03030.308420.9587-25.883-16.2078
93.98670.23110.96352.5244-0.23454.17240.1542-0.5339-0.09020.5632-0.0738-0.26820.23810.2657-0.08030.22770.0136-0.02460.1180.00640.087423.6826-8.1461-2.3914
102.71961.3308-0.56116.2731-1.46937.9989-0.0829-0.3207-0.30790.59810.15930.28160.81880.097-0.07630.25540.0680.01030.09720.01080.142519.0585-13.4931-5.239
111.961-0.8822-0.23424.0795-0.44451.72530.0047-0.2215-0.00770.37240.0815-0.16830.13740.0545-0.08610.10290.0055-0.02430.059-0.02070.030921.2827-1.9835-6.0958
129.93070.7205-12.97520.1331-14.495634.93790.47850.68571.3084-1.2624-0.2353-0.5454-1.34090.3222-0.24330.3946-0.1453-0.06160.26430.06350.574233.425212.6541-15.1334
136.73641.6260.19860.6908-0.92273.99390.085-0.1249-0.85810.057-0.1298-0.4080.3980.52280.04480.47370.214-0.27290.1604-0.07340.685235.4831-22.0906-5.952
1413.51172.1156-0.15456.56471.633410.9424-0.07770.2403-0.45060.3514-0.0095-0.66040.07670.5110.08720.35810.187-0.07230.3046-0.01140.668640.091-22.9621-6.5573
1520.320619.0214-9.324518.1143-6.289424.4879-0.6046-0.3246-1.8557-0.5465-0.2278-1.77170.35541.90210.83240.23670.32140.14070.67370.05170.478726.0952-10.349-35.5604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3B16 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4B38 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5B60 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6B79 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7B128 - 144
8X-RAY DIFFRACTION8B145 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9B150 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10B185 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11B198 - 234
12X-RAY DIFFRACTION12B235 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13D301 - 320
14X-RAY DIFFRACTION14D321 - 352
15X-RAY DIFFRACTION15D353 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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