[日本語] English
万見
- PDB-4mj0: BK Polyomavirus VP1 pentamer in complex with GD3 oligosaccharide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mj0
タイトルBK Polyomavirus VP1 pentamer in complex with GD3 oligosaccharide
要素VP1 capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / antiparallel beta sandwich / jelly-roll topology / polyomavirus / receptor-switching / glycan receptor / virus major capsid protein / attachment to host-cell surface receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種BK polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Neu, U. / Stroh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Structure-Guided Mutation in the Major Capsid Protein Retargets BK Polyomavirus.
著者: Neu, U. / Allen, S.A. / Blaum, B.S. / Liu, Y. / Frank, M. / Palma, A.S. / Stroh, L.J. / Feizi, T. / Peters, T. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1 capsid protein
B: VP1 capsid protein
C: VP1 capsid protein
D: VP1 capsid protein
E: VP1 capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,01621
ポリマ－151,3055
非ポリマー3,71016
水23,0591280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29120 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area46420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.680, 152.640, 63.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASPAA52 - 5927 - 34
21ASNASNASPASPBB52 - 5927 - 34
31ASNASNASPASPCC52 - 5927 - 34
41ASNASNASPASPDD52 - 5927 - 34
51ASNASNASPASPEE52 - 5927 - 34
12ASNASNLEULEUAA61 - 6936 - 44
22ASNASNLEULEUBB61 - 6936 - 44
32ASNASNLEULEUCC61 - 6936 - 44
42ASNASNLEULEUDD61 - 6936 - 44
52ASNASNLEULEUEE61 - 6936 - 44
13SERSERGLUGLUAA70 - 7245 - 47
23SERSERGLUGLUBB70 - 7245 - 47
33SERSERGLUGLUCC70 - 7245 - 47
43SERSERGLUGLUDD70 - 7245 - 47
53SERSERGLUGLUEE70 - 7245 - 47
14METMETALAALAAA84 - 9159 - 66
24METMETALAALABB84 - 9159 - 66
34METMETALAALACC84 - 9159 - 66
44METMETALAALADD84 - 9159 - 66
54METMETALAALAEE84 - 9159 - 66
15THRTHRSERSERAA117 - 12492 - 99
25THRTHRSERSERBB117 - 12492 - 99
35THRTHRSERSERCC117 - 12492 - 99
45THRTHRSERSERDD117 - 12492 - 99
55THRTHRSERSEREE117 - 12492 - 99
16LEULEUGLNGLNAA126 - 133101 - 108
26LEULEUGLNGLNBB126 - 133101 - 108
36LEULEUGLNGLNCC126 - 133101 - 108
46LEULEUGLNGLNDD126 - 133101 - 108
56LEULEUGLNGLNEE126 - 133101 - 108
17VALVALHISHISAA135 - 136110 - 111
27VALVALHISHISBB135 - 136110 - 111
37VALVALHISHISCC135 - 136110 - 111
47VALVALHISHISDD135 - 136110 - 111
57VALVALHISHISEE135 - 136110 - 111
18HISHISLEULEUAA138 - 159113 - 134
28HISHISLEULEUBB138 - 159113 - 134
38HISHISLEULEUCC138 - 159113 - 134
48HISHISLEULEUDD138 - 159113 - 134
58HISHISLEULEUEE138 - 159113 - 134
19METMETLEULEUAA161 - 165136 - 140
29METMETLEULEUBB161 - 165136 - 140
39METMETLEULEUCC161 - 165136 - 140
49METMETLEULEUDD161 - 165136 - 140
59METMETLEULEUEE161 - 165136 - 140
110ASNASNTHRTHRAA167 - 170142 - 145
210ASNASNTHRTHRBB167 - 170142 - 145
310ASNASNTHRTHRCC167 - 170142 - 145
410ASNASNTHRTHRDD167 - 170142 - 145
510ASNASNTHRTHREE167 - 170142 - 145
111GLYGLYPROPROAA175 - 179150 - 154
211GLYGLYPROPROBB175 - 179150 - 154
311GLYGLYPROPROCC175 - 179150 - 154
411GLYGLYPROPRODD175 - 179150 - 154
511GLYGLYPROPROEE175 - 179150 - 154
112PROPROALAALAAA182 - 184157 - 159
212PROPROALAALABB182 - 184157 - 159
312PROPROALAALACC182 - 184157 - 159
412PROPROALAALADD182 - 184157 - 159
512PROPROALAALAEE182 - 184157 - 159
113SERSERGLNGLNAA186 - 187161 - 162
213SERSERGLNGLNBB186 - 187161 - 162
313SERSERGLNGLNCC186 - 187161 - 162
413SERSERGLNGLNDD186 - 187161 - 162
513SERSERGLNGLNEE186 - 187161 - 162
114ASNASNALAALAAA190 - 195165 - 170
214ASNASNALAALABB190 - 195165 - 170
314ASNASNALAALACC190 - 195165 - 170
414ASNASNALAALADD190 - 195165 - 170
514ASNASNALAALAEE190 - 195165 - 170
115LEULEUSERSERAA197 - 213172 - 188
215LEULEUSERSERBB197 - 213172 - 188
315LEULEUSERSERCC197 - 213172 - 188
415LEULEUSERSERDD197 - 213172 - 188
515LEULEUSERSEREE197 - 213172 - 188
116GLUGLUGLYGLYAA216 - 227191 - 202
216GLUGLUGLYGLYBB216 - 227191 - 202
316GLUGLUGLYGLYCC216 - 227191 - 202
416GLUGLUGLYGLYDD216 - 227191 - 202
516GLUGLUGLYGLYEE216 - 227191 - 202
117PROPROASNASNAA231 - 238206 - 213
217PROPROASNASNBB231 - 238206 - 213
317PROPROASNASNCC231 - 238206 - 213
417PROPROASNASNDD231 - 238206 - 213
517PROPROASNASNEE231 - 238206 - 213
118LEULEUASPASPAA244 - 246219 - 221
218LEULEUASPASPBB244 - 246219 - 221
318LEULEUASPASPCC244 - 246219 - 221
418LEULEUASPASPDD244 - 246219 - 221
518LEULEUASPASPEE244 - 246219 - 221
119GLYGLYLEULEUAA251 - 253226 - 228
219GLYGLYLEULEUBB251 - 253226 - 228
319GLYGLYLEULEUCC251 - 253226 - 228
419GLYGLYLEULEUDD251 - 253226 - 228
519GLYGLYLEULEUEE251 - 253226 - 228
120SERSERSERSERAA258 - 273233 - 248
220SERSERSERSERBB258 - 273233 - 248
320SERSERSERSERCC258 - 273233 - 248
420SERSERSERSERDD258 - 273233 - 248
520SERSERSERSEREE258 - 273233 - 248
121GLNGLNLYSLYSAA277 - 287252 - 262
221GLNGLNLYSLYSBB277 - 287252 - 262
321GLNGLNLYSLYSCC277 - 287252 - 262
421GLNGLNLYSLYSDD277 - 287252 - 262
521GLNGLNLYSLYSEE277 - 287252 - 262
122PHEPHEASPASPAA75 - 7850 - 53
222PHEPHEASPASPBB75 - 7850 - 53
322PHEPHEASPASPCC75 - 7850 - 53
422PHEPHEASPASPDD75 - 7850 - 53
522PHEPHEASPASPEE75 - 7850 - 53

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
VP1 capsid protein


分子量: 30261.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BK polyomavirus (ウイルス) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q85235, UniProt: P03088*PLUS

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 924.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-3/a4-b1_b3-c2_c8-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 600.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1/a8-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 762.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2/a3-b2_b8-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 1292分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-18 % PEG 3,350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25 M LiCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年2月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 154229 / Num. obs: 154169 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Net I/σ(I): 19.44
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 11266 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native BK Polyomavirus VP1

解像度: 1.7→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.554 / SU ML: 0.053 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1769 5395 3.5 %RANDOM
Rwork0.14969 ---
all0.15064 154166 --
obs0.15064 148771 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10008 0 244 1280 11532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.98314620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.829317460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.28651373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44624.745470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.807151685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0831556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.25446615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.59142665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.877510752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33664071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.38873830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A963medium positional0.110.5
B963medium positional0.090.5
C963medium positional0.070.5
D963medium positional0.090.5
E963medium positional0.080.5
A1134loose positional0.195
B1134loose positional0.185
C1134loose positional0.155
D1134loose positional0.185
E1134loose positional0.235
A963medium thermal0.62
B963medium thermal0.592
C963medium thermal0.692
D963medium thermal0.822
E963medium thermal0.752
A1134loose thermal0.6310
B1134loose thermal0.5710
C1134loose thermal0.6410
D1134loose thermal0.7410
E1134loose thermal0.710
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 391 -
Rwork0.231 10860 -
obs-11251 99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0270.2258-0.11070.89770.06981.5070.0457-0.0080.14690.05540.02590.04-0.3325-0.0458-0.07170.09740.04110.02180.0482-0.00180.095127.973949.19622.1119
21.5021-0.74561.98081.3992-1.55064.4079-0.0017-0.10250.0284-0.03680.07110.06140.0344-0.1548-0.06940.0344-0.01870.04030.0246-0.02130.068336.570747.840617.0507
31.69160.555-0.52771.0392-0.25751.79520.02390.02990.05590.01030.02810.0938-0.0854-0.1197-0.0520.06020.01510.01570.01280.00180.041722.603440.708318.7996
40.9101-0.18340.36471.1331-1.32044.91850.01310.05670.0397-0.06460.02050.0256-0.0542-0.0536-0.03350.0418-0.00010.02610.0065-0.00260.045731.845946.955913.977
51.9236-0.3750.06211.4763-0.07610.51840.0386-0.09080.18650.02790.0154-0.2159-0.13220.2757-0.0540.077-0.0677-0.00820.1576-0.03940.125560.630644.379525.5845
61.12250.4106-0.40482.9614-2.16533.30910.0180.07550.07950.02440.0562-0.0898-0.049-0.0761-0.07420.00280.0084-0.0090.0686-0.05160.101161.954836.006918.4778
71.5088-0.4546-0.55211.21160.23681.79910.03080.00840.1165-0.00330.0252-0.0463-0.13240.0363-0.0560.037-0.0275-0.00520.0559-0.00670.067451.169847.045521.122
81.21850.2286-0.86721.7678-1.36474.69720.0160.16330.0831-0.14920.0422-0.0796-0.0183-0.0428-0.05810.024-0.01510.0070.0709-0.01590.079459.777941.85814.7287
91.47640.45050.53892.7163-0.41560.4380.05650.1685-0.2137-0.0681-0.0098-0.50310.15720.1967-0.04660.13420.1163-0.0550.1917-0.04780.254267.171811.195421.0887
102.98241.2626-2.85091.8839-1.26935.21930.1083-0.0745-0.04870.1244-0.0109-0.0993-0.1188-0.0664-0.09740.04520.0068-0.05530.02720.00210.082749.96757.252324.0416
111.26350.84710.52581.88630.58021.4306-0.0090.0188-0.0864-0.02250.0416-0.238-0.01230.1318-0.03270.03290.0139-0.00430.0648-0.00070.139665.753721.972319.1909
121.57720.302-1.01621.5929-0.16086.07020.00090.1909-0.0438-0.25680.0915-0.3445-0.11290.1735-0.09240.0586-0.00870.0240.0525-0.03590.166762.498713.063412.042
131.27230.317-2.0710.2541.164320.3140.00950.31630.0925-0.00680.00720.05490.3441-1.4005-0.01670.2444-0.0329-0.03590.18420.00710.142628.0853-0.9092-3.6463
141.0763-0.26-0.23430.76020.03770.87130.0057-0.0261-0.09260.02880.0197-0.08960.0923-0.006-0.02540.0644-0.0142-0.02020.0160.0040.075640.8099-0.17916.8907
153.70494.0606-1.131425.018-5.17628.07270.06530.0453-0.2418-0.456-0.2532-1.5419-0.15940.56440.18790.10480.01110.03710.1204-0.02680.114145.19690.7661-6.3489
160.5789-0.1226-0.08491.41590.82564.87340.03540.0827-0.0559-0.14240.0201-0.0581-0.14320.026-0.05550.0202-0.0036-0.00730.01850.00280.038235.57860.96449.9885
179.8214-1.5649-1.977224.9321-3.755117.51210.01970.23960.1350.06070.13650.6185-0.2908-0.6636-0.15620.09240.00480.02390.20420.03140.027115.238420.7598-15.4705
181.1503-0.1948-0.01341.2968-0.31781.63860.01520.035-0.0104-0.00240.05330.17180.0018-0.3431-0.06850.0223-0.01080.00820.10450.01110.076211.038718.82617.0175
190.5558-0.05210.11741.01010.14051.17630.01660.0226-0.06120.00060.01940.01780.043-0.04-0.03590.0050.00560.00610.05410.01530.033119.788217.739416.3484
205.8709-3.7752-1.68498.82079.953922.7031-0.00310.4092-0.0334-0.1615-0.43370.440.4681-0.84860.43680.10370.00030.0030.15150.02360.044413.704220.4562-11.4247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A145 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4A247 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B33 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6B94 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7B145 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8B247 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 109
10X-RAY DIFFRACTION10C110 - 144
11X-RAY DIFFRACTION11C145 - 246
12X-RAY DIFFRACTION12C247 - 295
13X-RAY DIFFRACTION13D32 - 52
14X-RAY DIFFRACTION14D53 - 246
15X-RAY DIFFRACTION15D247 - 255
16X-RAY DIFFRACTION16D256 - 298
17X-RAY DIFFRACTION17E32 - 44
18X-RAY DIFFRACTION18E45 - 107
19X-RAY DIFFRACTION19E108 - 288
20X-RAY DIFFRACTION20E289 - 298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る