PDB-4mi4: Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mi4

タイトル

Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in complex with spermine

要素

Spermidine n1-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / spermidine / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine catabolic process / spermine catabolic process / spermidine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A Novel Polyamine Allosteric Site of SpeG from Vibrio cholerae Is Revealed by Its Dodecameric Structure.
著者: Filippova, E.V. / Kuhn, M.L. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Ballicora, M.A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2013年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Atomic model
改定 1.2	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mi4.cif.gz	239.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mi4.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/4mi4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jjxC 4mhdC 4nczC 4r57C 4r87C 3eg7 PDB 未公開エントリS 4jly 5cnp C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mj8-1 6e1x-1 4mhd-1 7kwj-1 7ky4-1 6e1x-2 6cy6-1 6vfn-d 7ky3-1 5zfq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp01616

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

70.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase

B: Spermidine n1-acetyltransferase

C: Spermidine n1-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
284 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.633, 135.898, 140.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Spermidine n1-acetyltransferase 分子量: 23447.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris HCl, 20% Ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.848→30 Å / Num. all: 59130 / Num. obs: 59130 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 38.8
反射シェル	解像度: 1.848→1.88 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.848→28.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.097 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	2975	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14936	-	-	-
obs	0.15115	55591	99.23 %	-
all	-	55591	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.563 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→28.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4300	0	42	547	4889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.94	6141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	9861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.267	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.945	23.81	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.177	15	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.358	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.615	2.048	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.615	2.048	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.342	3.051	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.341	3.051	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.153	2.426	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.152	2.427	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.729	3.501	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.796	18.581	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.629	17.586	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	215	-
R_work	0.175	3829	-
obs	-	-	93.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1619	0.054	0.0546	1.5679	0.126	1.6025	-0.0451	-0.0143	-0.0164	-0.054	0.0803	-0.1291	0.0115	-0.0187	-0.0352	0.0272	0.0049	-0.0061	0.0559	-0.0286	0.0642	20.5051	-53.3998	-24.612
2	0.2775	-0.2546	-0.0453	0.2482	0.1448	1.0415	0.0101	-0.0432	0.0402	0.0057	0.0489	-0.0492	0.0236	0.0726	-0.0589	0.0385	-0.0031	-0.0115	0.0315	-0.0006	0.0818	15.0362	-57.0552	-25.8981
3	0.4291	0.0173	0.0713	0.5404	0.0843	0.1865	-0.025	0.0122	-0.0216	-0.1113	0.0532	-0.1091	-0.009	-0.0292	-0.0282	0.0492	-0.0167	0.0328	0.031	-0.0002	0.0883	13.5625	-53.4036	-40.2783
4	0.1014	0.1685	0.1279	1.0613	-0.2919	0.5717	-0.0665	-0.0014	-0.0121	-0.263	0.0494	-0.0184	-0.0389	0.0574	0.0171	0.0917	-0.0301	0.0132	0.088	0.0076	0.0846	7.041	-46.5818	-38.4048
5	0.1509	-0.1046	-0.2156	0.5831	-0.1897	0.8623	-0.0108	0.0303	-0.0303	0.0067	-0.0269	-0.0266	-0.0543	-0.1231	0.0377	0.0522	-0.0029	0.0001	0.0902	-0.0303	0.0458	-16.6344	-42.8182	-0.197
6	3.1834	0.0421	-0.7745	0.5636	0.5593	0.8	0.0065	0.2687	0.0257	-0.0199	-0.0818	0.0615	-0.0663	-0.1842	0.0753	0.0622	0.0331	-0.0235	0.0936	0.0088	0.0664	-18.185	-33.66	6.5844
7	0.1925	0.1182	-0.344	0.2493	-0.0999	1.5805	0.0237	0.0188	-0.0202	0.0108	-0.0039	0.035	-0.1595	-0.1871	-0.0198	0.0561	0.035	-0.019	0.0478	0.0056	0.0652	-9.9155	-25.3319	3.1479
8	0.5655	-0.1053	-0.2719	1.9404	0.7562	0.3994	0.1661	0.0403	0.0439	-0.0764	-0.1746	0.1467	-0.1463	-0.0753	0.0085	0.2354	0.0319	0.007	0.0364	-0.006	0.0848	-7.4387	-23.3481	4.9503
9	0.1694	0.1005	0.0491	1.3543	0.4521	0.8428	-0.036	-0.0103	-0.0182	0.0378	-0.0259	0.1664	0.0066	-0.003	0.0618	0.0423	0.001	0.0313	0.0137	-0.0092	0.0917	-16.4329	-55.7592	-21.7056
10	2.0449	-0.472	0.0203	1.5974	-0.0931	0.079	-0.0038	0.0465	-0.1653	-0.0006	-0.0283	0.3235	-0.0363	-0.0465	0.0321	0.0337	0.0072	-0.0127	0.0979	-0.0281	0.1205	-18.2531	-45.1661	-26.2399
11	0.1321	-0.2339	-0.0855	1.0578	0.2988	0.2252	0.0134	-0.0185	-0.0344	-0.0979	-0.0567	0.1013	-0.0368	-0.0753	0.0434	0.0427	0.0046	-0.0234	0.0684	-0.0069	0.0712	-9.1242	-44.5118	-35.9527
12	4.2056	-6.9852	0.6241	15.4444	-3.1157	1.218	-0.1215	0.026	-0.067	0.0535	0.1294	0.1319	0.0651	-0.0859	-0.008	0.0954	0.0321	-0.028	0.0289	-0.0003	0.0857	-10.3435	-27.1031	-30.5488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	142 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	60 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	106 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	154 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	4 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	60 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	106 - 165
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	166 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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