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万見
- PDB-4mhx: Crystal Structure of Sulfamidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhx
タイトルCrystal Structure of Sulfamidase
要素N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
キーワードHYDROLASE / sulfatase fold / heparan / heparin / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


N-sulfoglucosamine sulfohydrolase / N-sulfoglucosamine sulfohydrolase activity / MPS IIIA - Sanfilippo syndrome A / glycosaminoglycan catabolic process / sulfuric ester hydrolase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / motor behavior / lysosomal lumen / determination of adult lifespan ...N-sulfoglucosamine sulfohydrolase / N-sulfoglucosamine sulfohydrolase activity / MPS IIIA - Sanfilippo syndrome A / glycosaminoglycan catabolic process / sulfuric ester hydrolase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / motor behavior / lysosomal lumen / determination of adult lifespan / lysosome / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily ...N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sidhu, N.S. / Uson, I. / Schreiber, K. / Proepper, K. / Becker, S. / Gaertner, J. / Kraetzner, R. / Steinfeld, R. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of sulfamidase provides insight into the molecular pathology of mucopolysaccharidosis IIIA.
著者: Sidhu, N.S. / Schreiber, K. / Propper, K. / Becker, S. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Gartner, J. / Kratzner, R. / Steinfeld, R.
履歴
登録2013年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
B: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,53614
ポリマ－115,8242
非ポリマー2,71112
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.380, 107.900, 79.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A22 - 69
2010B22 - 69
1020A71 - 502
2020B71 - 502

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-sulphoglucosamine sulphohydrolase / Sulfoglucosamine sulfamidase / Sulphamidase


分子量: 57912.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGSH, HSS / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51688, N-sulfoglucosamine sulfohydrolase

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糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 209分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AUTHORS STATE THAT THE CYS->FGP CONFLICT IS DUE TO A NATURAL REACTION THAT FIRST CHANGED CYS TO A ...AUTHORS STATE THAT THE CYS->FGP CONFLICT IS DUE TO A NATURAL REACTION THAT FIRST CHANGED CYS TO A FORMYLGLYCINE RESIDUE. THE LATTER THEN APPARENTLY PICKED UP A PHOSPHATE FROM THE PURIFICATION BUFFER TO BECOME FGP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM MgCl2 and 100 mM HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.99 Å / Num. obs: 134186 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 45.081 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.99-2.041.0626028898688.8
2.04-2.11.4633604974699.7
2.1-2.161.8532844943999.8
2.16-2.232.331862922899.7
2.23-2.32.8529909898799.7
2.3-2.383.4628144864299.8
2.38-2.474.229263832099.7
2.47-2.575.0828542806999.8
2.57-2.696.2226772770499.8
2.69-2.827.3624251735699.7
2.82-2.978.9723683702099.7
2.97-3.1511.2423565659899.7
3.15-3.3713.4621910625599.6
3.37-3.6415.6819110576398.8
3.64-3.9818.2117505528499.2
3.98-4.4520.0516605477698.9
4.45-5.1420.3114020421498.9
5.14-6.320.1111556355198.5
6.3-8.9121.759530277199.3
8.9122.624760147797.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.26 Å
Translation2.5 Å44.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2376 / WRfactor Rwork: 0.1965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7948 / SU B: 12.694 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.1937 / SU Rfree: 0.1648 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 3447 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1939 67884 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.49 Å2 / Biso mean: 44.9877 Å2 / Biso min: 20.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å2-0 Å2-1.44 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7591 0 172 205 7968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.97111027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0273.00116597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.48523.14363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06151135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4491550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6642.5063867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6642.5063866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4853.7584821
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A19010.09
12B19010.09
21A247350.07
22B247350.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 240 -
Rwork0.389 4699 -
all-4939 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55130.37820.47011.65290.22221.20940.0702-0.04240.03340.3712-0.0778-0.18610.01630.13460.00760.1232-0.05-0.01280.15680.03140.09293.894212.234867.1744
21.5592-1.30443.17882.1916-2.62568.66440.2537-0.09520.05630.3365-0.21470.37930.81-0.4353-0.03890.348-0.17090.20070.2767-0.05590.1961-16.43255.779269.1613
32.9413-0.59840.2811.67610.06921.24190.1262-0.0915-0.19170.4347-0.0452-0.19470.45040.1623-0.0810.2991-0.0021-0.06840.1001-0.01030.10682.5631-11.655461.4295
40.75352.12450.408811.7641.60836.83310.1498-0.25020.00420.9906-0.28081.00031.0388-0.43960.1310.217-0.07710.11570.23390.01910.1937-15.2063-15.188649.3141
50.81710.34560.40371.25860.42020.9489-0.10490.06920.1081-0.2764-0.0080.2526-0.34-0.11360.11290.17590.0047-0.03150.14150.01110.1201-15.75852.206122.8712
60.87140.4970.23231.80843.58039.7621-0.32010.14430.0328-0.16350.2545-0.0725-0.29881.37890.06560.333-0.19540.01770.47980.10780.11844.43758.70721.3835
71.99641.6990.03182.82970.21671.7188-0.0230.1582-0.204-0.04550.0823-0.24880.25230.2578-0.05920.04110.04070.00850.13840.00340.1145-1.0303-15.07232.3851
84.8396-5.47361.08666.577-3.00679.07560.32920.28890.5825-0.5131-0.5945-0.78030.76881.54960.26520.12090.06210.05060.4129-0.02490.389214.5461-5.229343.7277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2A328 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3A359 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4A478 - 504
5X-RAY DIFFRACTION5B22 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6B328 - 358
7X-RAY DIFFRACTION7B359 - 477
8X-RAY DIFFRACTION8B478 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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