PDB-3lrc: Structure of E. coli AdiC (P1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lrc

タイトル

Structure of E. coli AdiC (P1)

要素

Arginine/agmatine antiporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / AdiC / transporter / antiporter / Amino-acid transport / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Transmembrane / Transport

機能・相同性

: / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / antiporter activity / amino acid transport / identical protein binding / plasma membrane / Arginine/agmatine antiporter

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.004 Å

データ登録者

Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of an amino acid antiporter
著者: Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Dang, S. / Sun, L. / Li, X. / Wang, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2010年2月23日	ID: 3H6B
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lrc.cif.gz	642.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lrc.ent.gz	539.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lrbC 3h5m PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lrb-d 6f8c-d 6f88-d 4it0-d 5j4n-d 3l1l-1 7nqr-d 6f85-d 4mhx-d 5j4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginine/agmatine antiporter

B: Arginine/agmatine antiporter

C: Arginine/agmatine antiporter

D: Arginine/agmatine antiporter

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginine/agmatine antiporter

B: Arginine/agmatine antiporter

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Arginine/agmatine antiporter

D: Arginine/agmatine antiporter

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.88, 111.67, 113.76
Angle α, β, γ (deg.)	80.03, 74.34, 68.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	chain A and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	A	A	6 - 252	6 - 252
1	2	THR	THR	PRO	PRO	chain A and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	A	A	273 - 435	273 - 435
2	1	ASP	ASP	ASN	ASN	chain B and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	B	B	6 - 252	6 - 252
2	2	THR	THR	PRO	PRO	chain B and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	B	B	273 - 435	273 - 435
3	1	ASP	ASP	ASN	ASN	chain C and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	C	C	6 - 252	6 - 252
3	2	THR	THR	PRO	PRO	chain C and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	C	C	273 - 435	273 - 435
4	1	ASP	ASP	ASN	ASN	chain D and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	D	D	6 - 252	6 - 252
4	2	THR	THR	PRO	PRO	chain D and (resseq 6:252 or resseq 273:435 )	D	D	273 - 435	273 - 435

#1: タンパク質	Arginine/agmatine antiporter 分子量: 46869.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: adiC, Z5717, ECs5097 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60063

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 400, 100mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4→30 Å / Num. all: 64533 / Num. obs: 58157 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.1 % / B_iso Wilson estimate: 297 Å² / R_merge(I) obs: 0.042
反射シェル	解像度: 4→4.2 Å / 冗長度: 1.1 % / R_merge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. unique all: 3097 / R_sym value: 0.213 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H5M

3h5m
PDB 未公開エントリ

解像度: 4.004→30 Å / SU ML: 0.64 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.65 / 位相誤差: 43.84 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Friedel pairs exist in SF file under I_Plus/minus and F_Plus/minus columns.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3312	2908	5.01 %	Thin Shell
R_work	0.3194	-	-	-
obs	0.32	58026	95.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 190.45 Å² / k_sol: 0.23 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 301.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	35.891 Å²	40.789 Å²	-0.487 Å²
2-	-	-32.932 Å²	0.123 Å²
3-	-	-	-2.959 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.004→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12144	0	0	0	12144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.032	13132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.731	17728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.638	7340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2056

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3036	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	2	B	3036	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	3036	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	D	3036	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.0041-4.0696		0	0.3963	2557	X-RAY DIFFRACTION	89
4.0696-4.1397		0	0.3721	2833	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1397-4.2148		0	0.3472	2771	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2148-4.2957		0	0.3458	2852	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2957-4.3832		0	0.3336	2776	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3832-4.4782	0.3457	1320	0.3488	1524	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4782-4.5821		0	0.308	2795	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5821-4.6964		0	0.2808	2799	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6964-4.8229		0	0.3045	2775	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8229-4.9644		0	0.3014	2792	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9644-5.124		0	0.3083	2819	X-RAY DIFFRACTION	97
5.124-5.3063		0	0.3238	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
5.3063-5.5178		0	0.3701	2867	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5178-5.7676	0.384	969	0.3488	1857	X-RAY DIFFRACTION	97
5.7676-6.0697	0.3456	50	0.3117	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0697-6.4472		0	0.2683	2824	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4472-6.9404		0	0.2833	2844	X-RAY DIFFRACTION	98
6.9404-7.6304		0	0.2834	2809	X-RAY DIFFRACTION	97
7.6304-8.7153		0	0.2425	2838	X-RAY DIFFRACTION	98
8.7153-10.909	0.256	569	0.2217	2179	X-RAY DIFFRACTION	96
10.909-32.2017		0	0.3196	2106	X-RAY DIFFRACTION	73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-1.3478	-2.5555	0.9442	2.3585	1.186	1.946	-1.0215	-1.1659	-0.2991	3.088	1.3855	-0.8676	-0.1203	0.652	-0.031	2.1857	0.2941	-0.6187	1.8053	-0.2004	1.3341	25.6403	72.4476	64.2806
2	-1.1774	-3.789	-0.0243	6.0194	0.9765	1.994	1.0045	0.1071	0.7458	-2.0066	-0.6393	-2.0332	-0.9331	1.4354	0.0404	0.3384	-0.5585	0.2894	1.0476	-0.1446	0.9262	29.9451	63.7984	24.8815
3	-0.5709	-4.1015	-0.8434	3.5622	-0.7531	2.057	-0.8008	-0.2837	0.7602	1.6631	0.834	-1.2814	-0.4615	1.5369	0.0839	0.4564	-0.4471	-0.279	1.2186	-0.2113	1.2304	47.516	15.6158	43.8101
4	-1.3824	-3.0072	-1.8959	1.4928	-1.2581	1.8732	0.6871	0.609	0.9898	-2.1589	-0.7397	-0.36	-0.0728	0.5494	-0.1281	1.9496	0.1287	0.3258	1.5177	0.2712	1.1042	54.2546	8.2373	4.4761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	6 - 435
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 435
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	6 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	6 - 435

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