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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mht | ||||||
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タイトル | TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH NATIVE DNA AND ADOHCY | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE-DNA) / TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / RESTRICTION SYSTEM / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus haemolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Enzymatic C5-cytosine methylation of DNA: mechanistic implications of new crystal structures for HhaL methyltransferase-DNA-AdoHcy complexes. 著者: O'Gara, M. / Klimasauskas, S. / Roberts, R.J. / Cheng, X. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994 タイトル: HhaI Methyltransferase Flips its Target Base Out of the DNA Helix 著者: Klimasauskas, S. / Kumar, S. / Roberts, R.J. / Cheng, X. #2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of the HhaI DNA Methyltransferase Complexed with S-Adenosyl- L-Methionine 著者: Cheng, X. / Kumar, S. / Posfai, J. / Pflugrath, J.W. / Roberts, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mht.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mht.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mht_validation.pdf.gz | 467.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mht_full_validation.pdf.gz | 490.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4mht_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mht_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/4mht | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3676.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3980.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 37042.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haemophilus haemolyticus (バクテリア) / 参照: UniProt: P05102 |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 5.6 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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